Bên cạnh những kết quả mà VCB Huế đã đạt được, hoạt động kinh doanh thẻ vẫn còn tồn tại một số hạn chế sau:
- Thị phần thẻ của VCB Huế ngày càng bị thu hẹp trong những năm gần đây thể hiện ở cả thị phần thẻ quốc tế và cả thẻ nội địa. Chi nhánh ngân hàng TMCP Ngoại thương Huế đang mất dần lợi thế cạnh tranh vào tay các đối thủ cạnh tranh trên cùng địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế.
- Tình hình thanh toán thẻ tín dụng quốc tế tuy có tăng trưởng trong năm 2007 nhưng sang đến năm 2008 lại bị giảm sút về doanh số. Trong năm 2008, duy chỉ có thẻ VISA tăng doanh số thanh toán, còn lại các loại thẻ như MASTER, AMEX đều giảm sút về doanh số. Tỷ trọng thanh toán của thẻ VISA chiếm tỷ lệ quá cao trong tổng doanh số thanh toán. Năm 2007 mặc dù có sự thay đổi tích cực trong cơ cấu doanh số thanh toán, tuy nhiên sang đến năm 2008, sự giảm sút doanh số của các loại thẻ MASTER, AMEX dẫn đến sự mất cân đối nghiêm trọng trong cơ cấu thanh toán thẻ tín dụng quốc tế.
- Khác với tình hình thanh toán thẻ tín dụng quốc tế, tình hình thanh toán thẻ Connect 24 có dấu hiệu tích cực hơn là sự tăng trưởng liên tục trong thời gian 2006 – 2008, tuy nhiên có thể thấy tốc độ tăng của tổng giá trị giao dịch năm 2008 thấp hơn tốc độ tăng của năm 2007. Đây là dấu hiệu mà ngân hàng cần quan tâm để có những điều chỉnh kịp thời. Thêm vào đó trong tổng giá trị giao dịch qua hệ thống ATM thì doanh số rút tiền chiếm tỷ trọng gần như tuyệt đối. Đây là thực tế không mong muốn đối với ngành kinh doanh thẻ của VCB do sản phẩm thẻ Connect 24 của VCB ngoài chức năng cơ bản rút tiền thì còn có chức năng thanh toán và chuyển khoản… Một hạn chế nữa đối với tình hình thanh toán qua hệ thống ATM của VCB đó là tốc độ tăng của máy ATM qua các năm liên tục cao hơn so với tốc độ tăng của tổng giá trị giao dịch cũng như của các doanh số thành phần. Biểu hiện này cho thấy hiệu quả của các máy ATM của VCB Huế chưa cao nên mặc dù VCB Huế liên tục bổ sung thêm máy ATM qua các năm nhưng kết quả thu được còn nhiều hạn chế.
- Thu nhập từ hoạt động kinh doanh thẻ của VCB Huế qua các năm đều tăng trưởng dương ở mức cao, tuy nhiên có thể nhận thấy hạn chế đó là tốc độ tăng thu nhập của năm 2008 thấp hơn nhiều so với năm 2007. Thêm vào đó, trong các khoản thu từ hoạt động kinh doanh thẻ, thu phí thẻ phát hành chiếm tỷ trọng quá cao so với thu từ phí thanh toán và thu từ các dịch vụ đi kèm khác. Đây là một hạn chế đối với VCB Huế, vì thu nhập từ các dịch vụ thanh toán và dịch vụ đi kèm theo thẻ mới là nguồn thu mà các ngân hàng nhắm tới khi phát hành các sản phẩm thẻ của mình.
- Vẫn còn một bộ phận khách hàng vẫn chưa thực sự hài lòng về VCB Huế, thể hiện ở những đánh giá thông qua các phiếu thăm dò ý kiến khách hàng.