Các công ty đều chỉ sử dụng phương pháp so sánh một cách hết sức đơn giản giữa số liệu của kỳ hiện hành với số liệu các kỳ trước. Số liệu so sánh thường chỉ sử dụng từ 2 đến 3 năm, chỉ vài công ty so sánh được số liệu trong thời gian 4, 5 năm. Với khoảng thời gian so sánh ngắn như vậy chưa thể có đánh giá được đầy đủ về xu hướng vận động của các chỉ tiêu. Mặt khác, hầu hết các công ty không so sánh được các chỉ tiêu phân tích với các công ty khác trong cùng ngành, cùng lĩnh vực vì thế khó có thể đánh giá đúng vị thế cũng như tính cạnh tranh của mình trong lĩnh vực hoặc ngành kinh doanh đó. Trong quá trình phân tích các DN chưa vận dụng các phương pháp phân tích như phương pháp chi tiết, phương pháp cân đối, đặc biệt là phương pháp Dupont để đánh giá mức độ ảnh hưởng của các nhân tố đến HQKD của DN. Bởi vậy, phần giải trình phân tích các công ty đều chưa có những cụ thể, hầu hết chưa trình bày hoặc trình bày hết sức sơ sài và chung chung, chưa giúp cho người sử dụng thông tin có được sự nhìn nhận đầy đủ về HQKD cũng như cơ hội, tiềm năng của DN.
Nguồn số liệu để phân tích chủ yếu được lấy từ các báo cáo tài chính. Nhưng cũng có những DN báo cáo tài chính chưa được kiểm toán, nên mức độ tin cậy của chỉ tiêu không cao. Mặt khác, các số liệu lấy từ báo cáo tài chính là các số liệu tài chính, còn các yếu tố phi tài chính khác có ảnh hưởng lớn đến HQKD của DN đều bị bỏ qua như môi trường kinh doanh, tỷ lệ lạm phát, tính chất thời vụ, diễn biến kinh tế, chính trị, như năng lực của người lãnh đạo, đặc điểm tổ chức sản xuất kinh doanh, trình độ, chuyên môn của người lao động, lợi thế cạnh tranh của DN chưa được các công ty đưa vào để đánh giá HQKD của mình…Hơn nữa, số liệu trên báo cáo tài chính mang tính chất lịch sử do phải đảm bảo nguyên tắc giá gốc nên những chỉ tiêu hiệu quả tính toán được mới chỉ phản ánh hiệu quả đã qua mà chưa thể dự đoán được hiệu quả cũng như những rủi ro tương lai của DN. Bên cạnh đó, số liệu trên báo cáo tài chính do chịu ảnh hưởng của các nguyên tắc kế toán nên nếu không hiểu được bản chất và nguyên tắc lập các chỉ tiêu trên báo cáo tài chính khi tính toán các chỉ tiêu phân tích lấy số liệu một cách máy móc từ các báo cáo tài chính sẽ dẫn đến kết quả tính toán bị sai lệch phản ánh không đúng thực tế. Ngoài ra, công ty có thể thay đổi chính sách kế toán, các ước tính kế toán giữa các kỳ như thay đổi phương pháp tính giá HTK, thay đổi phương pháp tính khấu hao TSCĐ dẫn việc so sánh các chỉ tiêu phân tích giữa các kỳ sẽ khập kiễng. Không kể công ty có thể lợi dụng việc áp dụng các nguyên tắc kế toán để chủ động tạo ra các chỉ tiêu phản ánh hiệu quả như ý dẫn đến đánh giá sai lệch về thực tế của DN.