Thứ nhất, Công ty chƣa quan tâm đúng mức tới hoạt động nghiên cứu thị trƣờng. Điều này dẫn đến phòng kinh doanh của Mercury Vietnam còn bị lung túng trong việc lựa chọn khách hàng cũng nhƣ lập kế hoạch cho việc phát triển sản phẩm mới. Website của Công ty chƣa thực sự thể hiện đƣợc hình ảnh của mình đối với khách hàng. Điều này sẽ làm cho khách hàng mất ấn tƣợng ban đầu về một công ty Logistics chuyên nghiệp.
Thứ hai, nguồn nhân lực của Công ty chƣa qua đào tạo bài bản về Logistics. Nhân viên của Công ty chỉ đƣợc đào tạo ở trong nƣớc do đó thiếu các kiến thức chuyên sâu về Logistics và thụ động trong việc nắm bắt những quan điểm mới
của thế giới về Logistics. Qua đó kéo theo nghiệp vụ của nhân viên còn yếu, chƣa linh hoạt trong các tình huống phát sinh
Thứ ba, phƣơng tiện vận tải, bốc dỡ của Công ty vừa lạc hậu lại không đáp ứng đủ về số lƣợng. Các kho bãi diện tích nhỏ, chƣa đƣợc hiện đại hoá và còn diện tích của kho có mái che chƣa đủ lớn để thực hiện những đơn hàng lớn. Ngoài ra, việc phân bổ các đơn đặt hàng giữa các thời điểm không hợp lý, có thời điểm nhận quá nhiều, có thời điểm lại không có đơn hàng.
Thứ tƣ, Mercury Vietnam chƣa đủ tiềm lực tài chính để phát triển các dịch vụ Logistics trọn gói đầu vào và đầu ra nhƣ gói Logistics 2. Vì thế, đối với dịch vụ này thì Công ty thƣờng phải liên kết với các đối tác nƣớc ngoài để thực hiện do đó lợi ích đem lại cho Công ty chƣa cao.
Thứ năm, bộ máy quản lý Mercury Vietnam chƣa thực sự khoa học. Công ty chƣa có phòng Marketing riêng biệt nên vấn đề thu hút và tìm kiếm các đơn hàng mới sẽ bị hạn chế rất nhiều.
Thứ sáu, sự liên kết với các DN kinh doanh trong ngành còn lỏng lẻo. Hiện nay, các DN Logistics của Việt Nam còn hoạt động độc lập, thậm chí còn cạnh tranh gay gắt với nhau. Trong xu hƣớng Outsourcing, mỗi doanh nghiệp cần tập trung vào thế mạnh của mình và sẽ thuê ngoài các dịch vụ không phải thế mạnh. Điều đó để khẳng định rằng, việc liên kết với nhau giữa các DN với nhau là quan trọng hơn bao giờ hết.