NHNo&PTNT VN là một ngân hàng của Nhà nước do đó có nhiệm vụ thực hiện kế hoạch đầu tư được Nhà nước giao. Tuy nhiên hoạt động ĐTT của NHNo&PTNT VN hiện nay đang bị chi phối quá nhiều bởi các cơ quan chính phủ, Bộ Tài chính, Bộ Đầu tư, NHNN với các chỉ tiêu, chiến lược, chính sách đang ảnh hưởng xấu đến tính độc lập trong công tác thẩm định tại ngân hàng. Một khi hoạt động ĐTT còn chịu ảnh hưởng chi phối trực tiếp của các kế hoạch, chiến lược trên thì không thể nói đến nâng cao chất lượng thẩm định dự án. Do đó Chính phủ cũng cần đẩy mạnh việc cải cách hệ thống tài chính ngân hàng theo hướng trao quyền độc lập và tự chủ hơn nữa tạo điều kiện cho hoạt động ĐTT của ngân hàng độc lập hơn.
Bên cạnh đó, Chính phủ cần chỉ đạo các doanh nghiệp nghiêm túc thực hiện chế độ thống kê, kế toán, kiểm toán và báo cáo thông tin đồng thời xây
dựng và ban hành những quy định ràng buộc trách nhiệm của doanh nghiệp, những chế tài áp dụng đối với những doanh nghiệp không thực hiện đúng những chế độ đó. Như vậy, những thông tin do khách hàng cung cấp cho các ngân hàng sẽ trung thực hơn và có độ tin cậy cao hơn, tạo điều thuận lợi cho ngân hàng thẩm định. Ngoài ra, Chính phủ cần đồng bộ hoá hệ thống văn bản quy định có liên quan tới hoạt động tín dụng của ngân hàng như luật đất đai, các quy định về việc phát mại tài sản... sao cho chúng không mâu thuẫn, trái ngược nhau, gây khó khăn cho hoạt động tín dụng nói chung cũng như hoạt động ĐTT nói riêng.
Mặt khác, Chính phủ và các Bộ ngành cần nghiên cứu thành lập hoặc khuyến khích thành lập các tổ chức, doanh nghiệp tư vấn đầu tư chuyên thu thập, đánh giá thông tin về doanh nghiệp và thị trường trong nước và quốc tế, xếp hạng doanh nghiệp, cũng như khuyến khích phát triển và nâng cao chất lượng hoạt động của các công ty dịch vụ đánh giá lại tài sản thế chấp, công ty kiểm toán.… đồng thời ban hành các văn bản pháp luật quy định về việc mua bán thông tin, dịch vụ tư vấn và trách nhiệm của các bên liên quan.
Ngoài ra, cần phải có sự phối hợp chặt chẽ giữa các Bộ ngành, các chính quyền địa phương có liên quan trong việc thẩm định, phê duyệt dự án nhằm nâng cao chất lượng và độ tin cậy của các báo cáo nghiên cứu khả thi cũng như các quyết định phê duyệt đầu tư của các cấp làm cơ sở pháp lý quan trọng và thực sự có giá trị cho các ngân hàng. Các cơ quan, ban ngành, chính quyền địa phương cần phối hợp, trao đổi thông tin thường xuyên về các lĩnh vực đầu tư và các doanh nghiệp thuộc ngành mình, địa phương mình quản lý để có định hướng, quy hoạch cho phù hợp tránh tình trạng có lĩnh vực thì đầu tư tràn lan, có lĩnh vực thì đầu tư quá ít không đáp ứng được nhu cầu thực tế. Các cơ quan, ban ngành, chính quyền địa cần coi việc phối hợp cung cấp thông tin một cách khách quan, trung thực cho các ngân hàng là một nhiệm vụ của mình vì quyền lợi chung của ngành và của toàn bộ nền kinh tế quốc dân.