- Báo cáo thẩm định nhìn chung đã đề cập và phân tích đầy đủ mọi khía cạnh của dự án
- Các nội dung tại phần thẩm định phương diện tổ chức, quản lý dự án chưa đề cập đến những đánh giá về kinh nghiệm và năng lực tổ chức điều hành của chủ đầu tư. Báo cáo thẩm định chưa đánh giá về năng lực thi công, và uy tín của các nhà thầu thi công và chưa thể hiện chi tiết việc bố trí nhân lực đảm bảo cho việc thi công công trình thủy điện Bản Chát.
- Các nội dung thẩm định về phương diện kỹ thuật chỉ mang tính chất liệt kê, các thông số kỹ thuật đưa ra trên cơ sở báo cáo do EVN cung cấp. CBTĐ chưa có sự đánh giá về mức độ phù hợp của các thiết bị lựa chọn và các thông số kỹ thuật. Bên cạnh đó, CBTĐ nên có sự so sánh về giá cả và sự phù hợp của các thông số kỹ thuật của dự án thủy điện Bản Chát với các dự án có những đặc điểm tương tự về công suất thiết kế. CBTĐ tham gia vào hội đồng thẩm định chung đại điện cho các ngân hàng ĐTT đều là các cán bộ được đào tạo theo chuyên ngành tài chính ngân hàng do đó thiếu kiến thức về phương diện kỹ thuật dẫn đến sự đánh giá chưa sâu.
- Đánh giá về phương diện tác động đến môi trường và dân cư nhìn chung vẫn dựa vào số liệu chủ đầu tư cung cấp nên còn chưa khách quan.
- Phần thẩm định về tổng vốn đầu tư khá chi tiết, trong đó CBTĐ đã đưa ra quan điểm tính toán lại về tổng vốn đầu tư. Tuy nhiên báo cáo thẩm định chưa đi sâu vào thẩm định tính khả thi của các nguồn vốn cho dự án, cụ thể chưa đánh giá về khả năng thu xếp vốn đảm bảo đúng tiến độ của các ngân hàng ĐTT tham gia. Đây có thể là một bài học kinh nghiệm cho các dự án sau vì đối với các NHTMCP nhỏ thì khả năng thu xếp một lượng vốn lớn khó khăn hơn và cũng không ổn định bằng các ngân hàng lớn. Trên thực tế thì trong quá trình giải ngân dự án thủy điện Bản Chát có một NHTMCP đã ngừng giải ngân và phần vốn thiếu hụt cho dự án trên vẫn chưa được bù đắp, điều này làm ảnh hưởng không nhỏ đến tiến độ dự án.
- Phương pháp tính khấu hao áp dụng còn khá đơn giản là phương thức khấu hao đường thẳng. Ngoài ra, dự án có thể tính thêm một số chỉ tiêu bổ sung để có được kết luận chính xác về hiệu quả dự án như: chỉ tiêu cân đối lợi ích và chi phí B/C, tính toán điểm hòa vốn.
- Dự án mặc dù hiệu quả kinh tế khiêm tốn (IRR theo quan điểm chủ đầu tư là 11,12 % và theo quan điểm tổng đầu tư là 9,64% thấp hơn lãi suất cho vay tại thời điểm thẩm định là 12%) tuy nhiên dự án có vai trò quan trọng tích nước phát điện, tăng thêm lợi ích cho các nhà máy thủy điện ở bậc thang dưới và đem lại lợi ích kinh tế xã hội cho khu vực miền núi phía bắc. Dự án có khả năng phải sử dụng nguồn khác của EVN để trả nợ.
- Việc khảo sát độ nhạy của dự án đã đề cập đến sự biến động của các yếu tố có thể xảy ra trong tương lai như: Lãi suất biến động tăng, các chi phí cho dự án biến động tăng (trong đó phải kể đến sự tăng lên của chi phí bồi thường, di dân tái định cư), giá bán điện thay đổi. Cho đến thời điểm hiện tại thì lãi suất cho vay đối với dự án là cao hơn so với thời điểm thẩm định, đặc biệt trong năm 2011 và 2012 lãi suất cho vay có những thời điểm vượt 15%/Năm cao hơn rất nhiều so với thời điểm thẩm định cho vay điều đó cũng làm giảm hiệu quả dự án.