Kết quả phân tích đối với dữ liệu trình tự gen Cytb mtDNA của 22 cá thể của
A. fuciphagus (20 cá thể từ nghiên cứu hiện tại gồm 19 cá thể yến đảo và yến nhà ở
Khánh Hòa; 1 cá thể ở Đồng Nai và 2 cá thể từ nhóm ngoại trên Genbank) dựa trên 3 phương pháp MP, ML, NJ cho kết quả tương tự về cây đa dạng di truyền loài chim yến A. fuciphagus (Hình 3.7). Giá trị bootstrap (BT) và giá trị tin cậy (PP) của thuật toán MP, ML và NJ được biểu hiện trên các nhánh.
Nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài giữa các loài yến ở Việt Nam với các loài trên thế giới, chúng tôi đã phân tích sử dụng trình tự Cytb mtDNA của 19 haplotype của loài chim yến Aerodramus spp. (từ nghiên cứu hiện tại và từ Genbank). Loài Apus apus và Amazilia tzacatl được sử dụng làm nhóm ngoại. Khi so sánh và dóng hàng các trình tự gen này, chỉ có 214 bp được sử dụng cho phân tích di truyền. Trong đó 149 nucleotide không đổi (characters are constant); 40 nucleotide không mang thông tin (veriable characters are parsimony uninformative) và 25 nucleotide có mang thông tin (parsimony informative). Mô hình tối ưu là TrN+I với tần số các base nitơ là A= 0,3080; C= 0,4077; G= 0,0808; T= 0,2035 (Bảng 2.4)
Hình 3.6: Cây đa dạng loài dựa trên gen Cytb mtDNA của chim yến
Aerodramus fuciphagus xây dựng theo phương pháp maximum parsimony (MP), maximum likelihood (ML) và Neighbor Joining (NJ).
Kết quả được trình bày ở Hình 3.8 với cây đa dạng di truyền thu được từ phân tích MP, ML giá trị bootstrap (BT) và giá trị tin cậy (PP) của thuật toán MP, ML được biểu hiện trên các nhánh. Đối với thuật toán MP, cây đa dạng loài với 101 bước (Consistency index (CI) = 0,8416; Homoplasy index (HI) =0,1584; chỉ số thay đổi tỷ lệ nhất quán (Rescalted consistency index_RC) = 0,7707; chỉ số duy trì (Retention index_RI)= 0,9158).
Phương pháp ML cho kết quả cây phân loài khá rõ ràng, yến đảo và yến nhà ở Khánh Hòa phân thành 2 nhóm riêng biệt, kiểm tra các trình tự tương đồng của 2 nhóm này trên BLAST chúng tôi tạm gọi nhóm yến đảo và yến nhà là loài A. fuciphagus nhưng chúng cùng nằm trong nhóm yến của Việt Nam đã được Viện
Sinh thái và Tài nguyên sinh vật Hà Nội định danh đến phân loài A. f. germane.
Nhóm A. fuciphagus tại Việt Nam lại có mối quan hệ gần gũi với các loài A. salangana, A. francicus, A. elaphrus ở USA (giá trị bootstrap 56/100). Các nhóm
yến A. fuciphagus lấy từ Thái Lan, Malaysia và Sumatra, Hồng Kông, Hà Lan tách hẳn ra một nhánh riêng, là nhánh có quan hệ gần gũi với các loài ở Việt Nam (giá trị bootstrap 46/100). Cá thể yến thu ở Trảng Bom-Đồng Nai xếp chung với các loài A.
fuciphagus ở Thái Lan, Malaysia_Sumatra và Hồng Kông. Mặc khác, khi tìm kiếm
các trình tự tương đồng trên BLAST của trình tự yến ở Trảng Bom- Đồng Nai cho kết quả đến phân loài là A. f. vestitus. Chi Hydrochous gigas là trung gian giữa A. fuciphagus (bộ lông nhẵn bóng, có định vị bằng tiếng vang) với loài A. maximus (bộ
lông khô khốc, không định vị bằng tiếng vang) được thể hiện rõ trên cây phân loài, điều này giống với kết quả nghiên cứu của Brooke [11].
Hình 3.7: Cây đa dạng loài dựa trên gen Cytb mtDNA của chim yến A. fuciphagus thu tại Khánh Hòa, Việt Nam và một số khu vực khác trên thế giới; Apus apus và Amazilia tzacatl là nhóm ngoại (outgroup). Các giá trị bootstrap (phân tích ML)