Cytb FW1/Cytb RV2
Trong đó, mẫu 1 đến mẫu 6: nồng độ cặp mồi Cytb FW1/Cytb RV1 theo thứ tự: 0,25 µl; 0,5µl; 0,75µl; 1µl; 1,25µl; 1,5µl; mẫu 7 đến mẫu 12 nồng độ cặp mồi
Cytb FW1/Cytb RV2 theo thứ tự: 0,25 µl; 0,5µl; 0,75µl; 1µl; 1,25µl; 1,5µl; MK: thang DNA.
Từ hình 3.3 ta thấy, đối với cặp mồi Cytb FW1/Cytb RV1: mẫu 1, 2 nồng độ mồi quá thấp không xuất hiện băng, mẫu 3 tại nồng độ mồi 0,75µl đã xuất hiện băng 500bp mờ, đến nồng độ 1µl trở đi băng ở 500bp đậm nét hơn. Tuy nhiên để tiết kiệm hóa chất chúng tơi chọn nồng độ mồi Cytb FW1/Cytb RV1cho phản ứng là 1µl; đối với cặp mồi Cytb FW1/Cytb RV2 thì các mẫu 7 khơng cho băng, mẫu 8 xuất hiện băng 700bp mờ ở nồng độ mồi 0,5µl, đến mẫu 9 trở đi băng ở 700bp đậm nét hơn nhưng để cho phản ứng tối ưu nhất chúng tơi dùng nồng độ 0,75µl ở mẫu 9. Như vậy, nồng độ cho cặp mồi Cytb FW1/Cytb RV2 được chọn là 0,75µl.
b) Khảo sát nhiệt độ lai của 2 cặp mồi Cytb FW1/Cytb RV1 và Cytb FW1/Cytb RV2
Chúng tôi chọn mẫu DNA tách chiết tổng số từ mơ cơ có chất lượng tốt nhất (cho băng điện di đậm nhất) với nồng độ tối ưu ở mỗi cặp mồi và các thành phần khác của phản ứng PCR là không đổi để khảo sát nhiệt độ lai của 2 cặp mồi Cytb FW1/Cytb RV1 và Cytb FW1/Cytb RV2.
Sau khi tiến hành các thí nghiệm PCR khảo sát nhiệt độ lai của 2 cặp mồi trên theo thứ tự: 51oC, 52oC, 53oC, 54oC, 55oC, 56oC, 57oC chúng tôi thu được kết quả như sau: tại tấc cả các nhiệt độ khảo sát mồi bắt cặp với DNA khuôn với mức độ hiệu quả khác nhau, tuy nhiên mẫu số 4 ở 54oC cho băng sáng và rõ nhất. Tại 54oC mồi bắt cặp với DNA khn tốt nhất do đó chúng tơi chọn 54oC là nhiệt độ lai tối ưu cho cả 2 cặp mồi (Hình 3.4).