Khi trình tự toàn bộ hệ gen ty thể gia cầm được công bố lần đầu tiên năm 1990, việc nghiên cứu DNA ty thể chim được phát triển tương đối rộng rãi với hàng trăm trình tự được đăng kí trên GenBank. Trình tự hệ gen ty thể đã được sử dụng thành công trong việc xác định đa dạng di truyền của các quần thể chim trên thế giới. Những dữ liệu này đã góp phần giúp hiểu rõ hơn về mối quan hệ di truyền giữa các loài chim. Dưới đây là một vài nghiên cứu cụ thể được tiến hành trên một số loài thuộc Bộ Chim (Apodiformes).
Kocher và CS (1989) sử dụng kĩ thuật PCR khuếch đại đoạn DNA ty thể từ 100 loài động vật: động vật có vú, chim, lưỡng cư, cá và một số động vật không xương sống.
Patricia và CS (1996) đã xây dựng một phát sinh học độc lập bằng cách sử dụng chuỗi DNA ty thể cytochrome b từ chim yến và các loài cùng họ yến để kiểm tra độ tin cậy của những đặc điểm tập tính, hình thái, khả năng định vị bằng tiếng vang.
Phillip và CS (1998), đã tách chiết và khuếch đại chuỗi DNA từ lông cho trình tự DNA chất lượng cao. Nghiên cứu nhằm sử dụng một đoạn trình tự DNA của gen DNA ty thể cytochrome b nơi có nhiều thay đổi và xây dựng cây phát sinh loài.
Năm 2005, Henri và CS xây dựng phát sinh loài chim yến bằng phân tích riêng biệt và kết hợp ba trình tự: ty thể 12S rRNA, Fib 7 và Cytb của 6 chim yến lớn, 2 chim yến nhỏ và một nhóm của loài chim ruồi. Kết quả là loài Hydrochous gigas xếp gần gũi với nhánh Aerodramus và các nhóm yến tạo thành nhánh đồng
nhất (monophyletic group) [31].
Thomassen và CS (2005) nghiên cứu tiếng vang (âm thanh lách cách) của chim yến và sự xướng âm các quần thể khác nhau giữa các loài có thể được dùng trong phát sinh loài. Nghiên cứu đã kết hợp tiếng vang lách cách của 8 loài chim yến và sự xướng âm quần thể của 27 loài yến nhỏ không có âm dội và yến lớn có âm dội. Nghiên cứu dựa trên thuật toán Maximum parsimony_ MP và lập bản đồ đặc trưng để điều tra tín hiệu phát sinh loài và các mô hình tiến hóa của sự xướng âm chim yến. Kết quả, sự xướng âm không là thông tin phát sinh loài. Lập bản đồ đặc điểm sự xướng âm dựa trên cây MP cho thấy mô hình phát sinh loài không phù hợp [30].
Aowphol và CS (2008) nghiên cứu khảo sát mô hình của sự khác biệt di truyền trong hai gen DNA ty thể (Cytb và ND2) và 8 chỉ thị microsatellites (lặp lại trình tự đơn giản) giữa và trong các quần đàn của A. fuciphagus từ đàn nhân tạo mới thành lập ở Thái Lan. Lấy mẫu 10 đàn chim yến làm tổ trắng dọc theo bờ biển của Vịnh Thái Lan và biển Andaman ở Thái Lan trong thời gian 2003-2006. Sự đa dạng di truyền của mtDNA là rất thấp và giá trị Phist đáng kể đã được tìm thấy giữa các cặp của đàn. Phân tích mối quan hệ haplotype không cho thấy cấu trúc di truyền qua phân phối mẫu. Mức độ đa dạng di truyền cho các chỉ thị microsatellites là cao, nhưng giá trị Fst là không đáng kể. Việc thiếu sự khác biệt di truyền giữa các đàn chim yến nhà có thể là kết quả của di chuyển gen cao giữa các bầy đàn và quy mô quần thể lớn. Kết quả nghiên cứu cho rằng A. fuciphagus sống nhân tạo gần đây đã thành lập đàn ở Thái Lan nên được xem là thành viên của một quần thể giao phối ngẫu nhiên. Mở ra hướng nghiên cứu mới là xác định xem sự giao phối ngẫu nhiên này là ổn định hay chỉ là kết quả tạm thời của sự phát triển số lượng các đàn. Và so
sánh với các đàn tự nhiên có thể cung cấp thông tin về cơ chế sản xuất thiếu của cấu trúc di truyền trong các đàn yến nhà [60].