Các quy định về xác định TQXX đã được quy định cụ thể trong BLTTHS, đồng thời cũng có các thơng tư hướng dẫn chi tiết để thuận tiện trong quá trình áp dụng, tuy nhiên, trên thực tế, đơi lúc vẫn cịn xảy ra các tranh chấp trong việc xác định TQXX. Do đó, việc quy định thẩm quyền giải quyết việc tranh chấp về TQXX là điều cần thiết.
Điều 175 BLTTHS quy định: “Việc giải quyết tranh chấp về thẩm quyền xét
xử do Chánh án Tòa án cấp trên trực tiếp quyết định”. Đây là quy định được áp
dụng chung cho TAQS và TAND. Theo đó, các TAQS khu vực trên cùng một quân khu xảy ra việc tranh chấp về TQXX thì Chánh án TAQS cấp quân khu đó giải quyết. Tương tự, các TAQS cấp quân khu xảy ra tranh chấp TQXX thì sẽ do Chánh án TAQS Trung ương giải quyết. Trong trường hợp, tranh chấp TQXX giữa các Tòa khu vực ở các quân khu khác nhau thì thẩm quyền giải quyết tranh chấp do Chánh án TAQS Trung ương quyết định.
Vấn đề giải quyết tranh chấp về TQXX giữa TAND và TAQS do Chánh án nhân dân tối cao quyết định. Trong trường hợp vụ án vừa có bị cáo hoặc tội phạm thuộc TQXX của TAQS, vừa có bị cáo hoặc tội phạm thuộc TQXX của TAND thì TQXX được thực hiện như sau:
- Trong trường hợp có thể tách vụ án ra thì TAQS xét xử những bị cáo và tội phạm theo quy định tại khoản 1 Điều 3 và Điều 4 của Pháp lệnh tổ chức TAQS; những bị cáo và tội phạm khác thuộc TQXX của TAND.
- Trong trường hợp khơng thể tách vụ án thì TAQS xét xử toàn bộ vụ án. Tuy nhiên, chỉ được tách vụ án để điều tra, truy tố, xét xử riêng, nếu việc tách đó khơng ảnh hưởng đến việc xác định sự thật khách quan và toàn diện của vụ án. Nếu khi xét thấy cần tách vụ án ra để xét xử riêng thì TAQS đã thụ lý vụ án trao đổi với Viện kiểm sát quân sự có nhiệm vụ thực hành quyền cơng tố tại phiên tịa về việc đó. Nếu Viện kiểm sát quân sự thống nhất với ý kiến của Tòa quân sự thì TAQS chuyển trả hồ sơ cho Viện kiểm sát quân sự để giải quyết theo thẩm quyền. Trong trường hợp Viện kiểm sát quân sự khơng thống nhất với ý kiến của TAQS thì TAQS phải xét xử tồn bộ vụ án.