Một trong những rủi ro tiềm ẩn của các hộ ni cá tra chính là sự bất định của giá tiêu thụ đầu ra. Trong cuộc khảo sát trực tiếp có tới 11,94% hộ ni nhận định giá cả bấp bênh là một trong những khó khăn lớn nhất hiện nay. Họ khó nắm bắt những biến động của thị trường và thường bị các công ty chế biến ép giá dựa vào việc đánh giá chất lượng sản phẩm. Trong giai đoạn 1998 - 2003, giá cá tra nguyên liệu trung bình khoảng 9.531 đồng/kg. Đến năm 2002 giá thu mua có xu hướng tăng và đạt cao nhất 11.000 đồng/kg. Nhưng bước sang năm 2003, giá cá nguyên liệu sụt giảm trầm trọng chỉ còn 7.792 đồng/kg. Giải thích cho hiện tượng này là do sự hấp dẫn của mức giá năm 2002, người nuôi đổ xô đào ao thả cá làm gia tăng diện tích ni một cách nhanh chóng (xem phụ lục 2) làm nguồn cung tăng mạnh. Trong khi đó thị trường xuất khẩu bị thu hẹp bởi vụ kiện chống bán phá giá của hiệp hội nông dân nuôi cá da trơn Mỹ. Hai nguyên nhân này đã trực tiếp làm giá cá nguyên liệu giảm. Tác động này kéo theo hiệu ứng giảm diện tích ni cá vào năm 2004. Tuy nhiên khi lượng cung giảm thì giá thu mua nguyên liệu bắt đầu hồi phục.
Giai đoạn 2006-2010, đánh dấu những bước tăng trưởng nhanh của ngành cá tra Việt Nam, khi giá trị kim ngạch xuất khẩu không ngừng gia tăng con số. Các doanh nghiệp chế biến mở rộng thị trường và xây dựng nhiều nhà máy chế biến với cơng suất lớn. Giá cá ngun liệu bình quân năm 2006 đạt 12.300 đồng/kg, năm 2007 tăng lên 13.800 đồng/kg, và 14.500 đồng/kg trong năm 2008. Gía cá nguyên liệu liên tục tăng cao vào những tháng cuối năm 2010 dẫn đến mức giá thu mua bình qn cả năm 17.312 đồng/kg.
Chính sự dao động giá này dẫn đến điệp khúc "thấy lời lao vào nuôi - dư thừa nguyên liệu, giá giảm - ngưng nuôi do lỗ lã - thiếu nguyên liệu, giá tăng cao" thường xuyên diễn ra, làm cho sự phát triển của chuỗi gia trị cá tra ĐBSCL không ổn định và luôn trong trạng thái bất an. Sự bất an này kéo theo sự xung đột giữa
nguy cơ mà cả hai bên đều chưa kiểm soát được. (phần này sẽ được phân tích kỹ ở mục kế tiếp)
Đồ thị 2.10. Biến động giá cá tra nguyên liệu từ 1998-3T/2011
Nguồn: Báo cáo phân tích thị trường Vinafood II