Những hạn chế tồn tại chưa khắc phục được tại SGD xuất phát từ nhiều nguyên nhân. Nội bộ ngân hàng cố gắng áp dụng nhiều giải pháp để giảm thiểu rủi ro thanh toán nhập khẩu theo phương thức tín dụng chứng từ nhưng những yếu tố khách quan bên ngoài làm cho những kết quả mà SGD đạt được không được như mong muốn. Những yếu tố đó là những nguyên nhân khách quan.
Thứ nhất, cuộc khủng hoảng kinh tế tài chính ở Mỹ và khủng hoảng nợ công ở Châu Âu làm nền kinh tế bị ảnh hưởng rất lớn. Sự suy sụp của hệ thống ngân hàng khiến nền kinh tế thế giới rơi vào suy thoái, gây những ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động xuất nhập khẩu ở các nước trên thế giới nói chung và Việt Nam nói riêng, ảnh hưởng không nhỏ đến dịch vụ thanh toán nhập khẩu nói chung và theo phương thức thư tín dụng chứng từ nói riêng tại các ngân hàng thương mại trong đó sở giao dịch VCB.
Thứ hai, hệ thống pháp luật chưa hoàn chỉnh làm cho các bên tham gia trong quá trình thanh toán nhập khẩu có thể gặp nhiều rủi ro.
Tuy các ngân hàng Việt Nam được thành lập và đi vào hoạt động được một thời gian tương đối dài: Ngân hàng đầu tư và phát triển Việt Nam (26/04/1957), Ngân hàng Ngoại Thương Việt Nam (01/04/1963), Ngân hàng Công thương Việt Nam (1988). Nhưng mãi đến đầu năm 1998, Luật Ngân hàng mới ra đời nhưng vẫn còn nhiều điểm chung chung và khó thực hiện. Đối với dịch vụ thanh toán nhập khẩu chưa có 1 văn bản trong nước để điều chỉnh các chủ thể tham gia trong khi nhiều nước có luật hoặc các văn bản dưới luật quy định về giao dịch tín dụng chứng từ trên cơ sở thông lệ quốc tế nhưng vẫn mang tính chất đặc thù của nước họ.
UCP 600 được sử dụng để làm căn cứ quy định trách nhiệm, quyền hạn của các bên tham gia vào giao dịch thanh toán xuất nhập khẩu nhưng UCP 600 không quy định rõ cách thức xử lý khi có tranh chấp, vi phạm xảy ra. Những quy định để điều chỉnh mối quan hệ giữa hợp đồng thương mại giữa người nhập khẩu và xuất khẩu với ngân hàng chưa đầy đủ. Vì thế các bên phải tự thương lượng giải quyết với nhau nhưng cách thức này không đem lại hiệu quả tối ưu nhất.
Thứ ba,do tình trạng cán cân thanh toán quốc tế luôn rơi vào tình trạng thâm hụt và quy chế quản lý ngoại hối của Việt Nam còn nhiều điểm bất cập.
Trong điều kiện khủng hoảng kinh tế toàn cầu đặc biệt là cuộc khủng hoảng nợ công Châu Âu diễn ra từ năm 2010 đến nay ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động nhập khẩu. Việt Nam luôn ở trong tình trạng nhập siêu, lượng ngoại tệ di chuyển vào quốc gia giảm xuống đồng nghĩa với sự mất cân đối giữa cung và cầu ngoại tệ, gây ra nhiều rủi ro, ảnh hưởng đến khả năng chi ngoại tệ của các ngân hàng thương mại, các ngân hàng không có đủ lượng dự trữ ngoại hối kịp thời để chi trả cho các đối tác nước ngoài.
Các văn bản quy định về pháp lý ngoại hối chồng chéo. Việc chuyển tiền ra nước ngoài được quy định chặt chẽ với nhiều thủ tục làm hạn chế sự phát triển dịch
vụ thanh toán nhập khẩu, giảm hiệu quả của các hoạt động nhập khẩu hàng hoá, dịch vụ.
Thứ tư, nguyên nhân từ phía khách hàng. Đây có thể xem là nguyên nhân
quan trọng nhất dẫn đến những rủi ro thanh toán nhập khẩu theo phương thức tín dụng chứng từ tại sở giao dịch VCB. Vì đơn vị nhập khẩu là người xin mở L/C, nên từ đó nảy sinh nhiều tình huống khác nhau.
Trong các doanh nghiệp hoạt động NK trong hẳn doanh nghiệp nào cũng có kinh nghiệm trong ngoại thương nói chung và thanh toán nhập khẩu nói riêng. Đặc biệt trong điều kiện cạnh tranh ngày càng khốc liệt, những đối tác nước ngoài lại có nhiều kinh nghiệm hơn, khiến các doanh nghiệp không khỏi bỡ ngỡ, điều này gây ra những bất lợi khi tiến hành đàm phán hợp đồng thương mại. Doanh nghiệp thiếu kinh nghiệm trong lập thư tín dụng L/C gây mất thời gian sửa đổi bổ sung. Hơn nữa một số doanh nghiệp thường mắc sai lầm khi kiểm tra bộ chứng từ nên có trường hợp chấp nhận những bộ chứng từ là hoàn hảo trong khi nó ẩn chứa những sai sót, rủi ro doanh nghiệp không phát hiện ra được.
• Các doanh nghiệp đôi khi còn thiếu kinh nghiệm trong việc tìm hiểu kỹ bạn hàng. Hầu hết những nhà kinh doanh xuất nhập khẩu thường bị hạn chế về khoảng cách địa lý, khó có thể trực tiếp gặp nhau. Các thông tin về đối tác được tìm hiểu chủ yếu thông qua các trang website trên mạng. Nếu chỉ qua kênh thông tin này các doanh nghiệp đủ tin cậy để ký kết các hợp đồng đó là nguyên nhân giải thích tại sao các doanh nghiệp thường gặp rất nhiều rủi ro vì đối tác không cung cấp hàng khi đã thanh toán hết giá trị hợp đồng.