Khi ngân hàng phát triển với quy mô lớn, số lượng chi nhánh được mở rộng, tính chất công việc phức tạp hơn, mô hình tổ chức phân quyền theo hội đồng quản trị và các phòng ban nghiệp vụ từ hội sở chính, chi nhánh bộc lộ nhiều hạn chế, không đem lại kết quả kinh doanh hiệu quả nhất. Mô hình tổ chức cũ chỉ phù hợp với điều kiện quy mô hoạt động nhỏ, mức độ tập trung quyền lực cao. Việc tái cấu trúc mô hình tổ chức ngân hàng là điều tất yếu, tạo ra hướng đi mới và quyết định sự phát triển ngân hàng. Sau khi thực hiện tái cấu trúc, mô hình tổ chức Vietcombank là mô hình quản lý hai cấp, phân biệt chủ yếu theo 2 chức năng với hai cơ cấu quyền lực là cấp quản trị điều hành và cấp quản lý kinh doanh.
VCB tiến hành cổ phần hoá ngân hàng vào ngày 02/06/2008. Ngân hàng thực hiện tái cơ cấu lại mô hình tổ chức. Đứng đầu VCB là Đại hội đồng cổ đông, hội đồng quản trị và ban kiểm soát. Dưới ban kiểm soát là giám đốc hoạt động và kiểm toán nội bộ. Dưới hội đồng quản trị là Uỷ ban quản trị rủi ro và Tổng Giám Đốc. VCB hiện có 7 Phó Tổng Giám Đốc phụ trách các mảng hoạt động khác nhau. Duới đây là chức năng, nhiệm vụ của một số phòng ban chính:
Đại hội đồng cổ đông: là cơ quan quyết định cao nhất của ngân hàng, bao gồm tất cả cổ đông có quyền biểu quyết. Quyền hạn và nhiệm vụ của Đại hội đồng cổ đông (ĐHĐCĐ) bao gồm: quyết định mức cổ tức hàng năm của từng loại cổ phần, thông qua định hướng phát triển của ngân hàng, quyết định loại cổ phần và tổng số cổ phần của từng loại được quyền chào bán, trừ trường hợp Điều lệ ngân hàng có quy định khác, bầu, miễn nhiệm, bãi nhiệm thành viên Hội đồng quản trị, thành viên Ban kiểm soát, quyết định đầu tư hoặc bán số tài sản có giá trị bằng hoặc lớn hơn 50% tổng giá trị tài sản được ghi trong báo cáo tài chính gần nhất của ngân hàng, quyết định sửa đổi, bổ sung Điều lệ ngân hàng, thông qua báo cáo tài chính hàng năm, xem xét và xử lý các vi phạm của Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát gây thiệt hại cho công ty và cổ đông công ty.
Hội đồng quản trị: là cơ quan quản lý Ngân hàng. Hội đồng quản trị có toàn quyền nhân danh Ngân hàng quyết định thực hiện chức năng quản lý và kiểm tra giám sát hoạt động của Ngân hàng, tạo mọi điều kiện thuận lợi cho Giám đốc thực hiện Nghị quyết, quyết định của Hội đồng quản trị.
Ban kiểm soát: là tổ chức thay mặt cổ đông để kiểm soát mọi hoạt động kinh doanh quản lý và điều hành của Ngân hàng. Hoạt động của Ban kiểm soát phải đảm bảo trung thực, khách quan, chấp hành nghiêm chỉnh pháp luật, chế độ chính sách Nhà nước, Điều lệ, quy chế của Ngân hàng và các nghị quyết, quyết định của Hội đồng quản trị. Ban kiểm soát có nhiệm vụ thực hiện chức năng kiểm tra, giám sát hoạt động của Ngân hàng: bao gồm kiểm soát tính hợp lý, hợp pháp trong quản lý điều hành hoạt động sản xuất kinh doanh trong ghi chép sổ kế toán, báo cáo tài chính và kiến nghị khắc phục các sai phạm (nếu có).
Tổng giám đốc: có chức năng và nhiệm vụ: thực hiện các nhiệm vụ và quyền hạn chung quy định tại Ngân hàng hiện hành, chỉ đạo toàn diện công tác đầu
tư phát triển; và các hoạt động tài chính của ngân hàng, quyết định tất cả những vấn đề thuộc thẩm quyền về quản lý hoạt động hàng ngày của Ngân hàng hoặc những nội dung theo ủy quyền của đại hội đồng cổ đồng và ban quản trị của ngân hàng. Bên cạnh đó, Tổng giám đốc có quyền đề nghị hội đồng quản trị bổ nhiệm, miễn nhiệm, bãi nhiệm, khen thưởng, kỷ luật, mức lương hoặc thù lao, các lợi ích và các điều khoản khác trong hợp đồng lao động đối với Phó Tổng giám đốc, Kế toán trưởng.
Phòng khách hàng: Đây là phòng thuộc sự quản lý trực tiếp của giám đốc, thực hiện công việc quan hệ với khách hàng nhằm mục đích huy động vốn và cho vay với khách hàng bao gồm: khách hàng cá nhân, khách hàng doanh nghiệp, … Ngoài ra, Phòng còn thực hiện công việc chăm sóc khách hàng, giúp nâng cao chất lượng phục vụ với khách hàng.
Phòng kế toán: Thuộc sự quản lý trực tiếp của phó giám đốc. Trực tiếp thực hiện các công việc về hạch toán kế toán theo chuẩn mực và nguyên tắc kế toán của ngân hàng Nhà nước, cân đối các khoản vốn huy động của chi nhánh với các khoản cho vay. Xây dựng các chế độ tài chính và các quỹ cho chi nhánh.
Phòng giao dịch: thuộc sự quản lý trực tiếp của phó giám đốc, có quan hệ giao dịch trực tiếp với khách hàng trong việc huy động vốn và cho vay cũng như cung ứng những sản phẩm dịch vụ khác. Tạo hình tượng của chi nhánh đối với khách hàng. Thực hiện các công việc của các phòng ban như phát hành thẻ, chuyển tiền, cho vay, thu nợ, dịch vụ thẻ.
Phòng hỗ trợ: Giúp phòng khách hàng giải quyết các phản hồi của khách hàng và nâng cao mối quan hệ giữa chi nhánh với khách hàng.
Phòng hành chính nhân sự: Có trách nhiệm đôn đốc các phòng ban làm việc và thực hiện các nhiệm vụ mà cấp trên đã giao cho. Quản lý tài sản, đảm bảo an ninh, … cho chi nhánh, tạo dựng một phong cách chu đáo tận tâm. Tư vấn pháp chế trong việc thực thi các nhiệm vụ cụ thể về giao kết hợp đồng, hoạt động tố tụng, tranh chấp dân sự, hình sự, kinh tế, lao động, hành chính liên quan đến cán bộ nhân viên và tài sản chi nhánh. Quan tâm đến đời sống của nhân viên chi nhánh như: vui chơi, giải trí…Tham mưu về nhân sự và trực tiếp tuyển nhân sự cho chi nhánh.
Phòng quản lý tín dụng: Thực hiện các công việc liên quan đến việc quyết định cho vay và thu nợ thông qua việc phân tích tài chính, tín dụng. Kết hợp với phòng marketing để mở thêm những dịch vụ mới nâng cao chất lượng phục vụ cho khách hàng, theo dõi khách hàng trong việc thực hiện hợp đồng trong quá trình vay tiền, tiến hành thu hồi nợ khi thấy xuất hiện rủi ro, giảm thiểu tổn thất cho ngân hàng.
Phòng Marketing: Hoạt động của phòng là hoạt động không thể thiếu trong kinh doanh của ngân hàng hiện nay. Kết hợp với các phòng khác nghiên cứu tạo ra sản phẩm mới cho chi nhánh để phục vụ cho tốt hơn cho khách hàng.