Bên cạnh những kết quả đã đạt được, xuất khẩu của tỉnh ta vẫn bộc lộ những hạn chế nhất định, đó là:
- Kim ngạch xuất nhập khẩu trong thời kỳ 2003 – 2008 tuy có xu hướng tăng, nhưng tăng chưa nhiều và chưa ổn định, kim ngạch xuất khẩu bình quân đầu người thấp, kết quả xuất nhập khẩu chưa tương xứng với tiềm
năng và thế mạnh của Tỉnh. Tốc độ tăng trưởng xuất khẩu chưa vững chắc, tình hình các năm khá chênh lệch.
- Nguồn hàng phục vụ cho chế biến xuất khẩu của tỉnh cịn ít, phân tán, chưa có khả năng cung cấp cho thị trường với số lượng lớn; chất lượng không ổn định chưa đáp ứng được nhu cầu sản xuất, chế biến phục vụ xuất khẩu; chi phí sản xuất cho hàng hóa phục vụ xuất khẩu cịn cao do vậy sức cạnh tranh của hàng hóa cịn thấp; Nhiều loại nông sản thực phẩm phục vụ cho chế biến xuất khẩu vẫn phải thu gom ngoài tỉnh; Hai nhóm mặt hàng xuất khẩu phù hợp với khả năng của địa phương hiện nay là nông sản thực phẩm và tiểu thủ cơng nghiệp khai thác chậm và ít hiệu quả, chưa tương xứng với tiềm năng xuất khẩu của địa phương.
- Mặt khác việc đầu tư cho sản xuất để tạo nguồn hàng có chất lượng cao cịn hạn chế, nhất là đầu tư vào sản xuất chế biến nông sản, thực phẩm… hàng hoá xuất khẩu của địa phương cơ bản vẫn ở dạng thô và sơ chế, do vậy giá trị gia tăng trong hàng hóa xuất khẩu cịn thấp; khâu bảo quản sau thu hoạch, chế biến nông lâm thuỷ sản chưa đáp ứng với yêu cầu của thị trường thế giới.
- Cơng tác xuất khẩu hàng nơng sản của tỉnh nói chung và Vải thiều nói riêng là đặc biệt quan trọng và hết sức khó khăn nhưng đến nay vẫn chưa có doanh nghiệp đầu mối thu mua. Tiêu thụ vải thiều mà chủ yếu do nông dân và các thương nhân kinh doanh một cách tự phát theo cơ chế thị trường.
- Thị trường xuất nhập khẩu các sản phẩm, hàng hoá đang từng bước được mở rộng. Nhưng đến nay, tỉnh vẫn chưa tạo được thị trường xuất khẩu ổn định. Việc mở rộng thị trường xuất khẩu vào EU, Mỹ và Trung Quốc hiện cịn nhiều khó khăn, thiếu ổn định và ln tiềm ẩn nguy cơ mất thị trường do các đối thủ cạnh tranh.
- Việc nhập khẩu tư liệu sản xuất phục vụ phát triển các ngành kinh tế trong tỉnh cịn ít, chủ yếu là nhập khẩu nguyên, phụ liệu ngành may phục vụ cho gia công may mặc xuất khẩu, chưa chú trọng đổi mới công nghệ phục vụ cho công nghiệp chế biến để nâng cao chất lượng hàng hóa xuất khẩu. [14], [18].