a. PCR đơn mồi (Monoplex PCR)
PCR chỉ sử dụng có một cặp mồi đặc hiệu để khuếch đại một đoạn DNA đích đặc hiệu từ vi sinh vật muốn phát hiện.
Hình 3.2. Minh họa nguyên tắc PCR đơn mồi (Phạm Hùng Vân, 2009)
b. PCR đa mồi (Multiplex PCR)
PCR sử dụng nhiều cặp mồi đặc hiệu cho các đoạn DNA đích đặc hiệu.
(Trích dẫn Phạm Hùng Vân, 2009)
Hình 3.3. Minh họa nguyên tắc PCR đa mồi phát hiện hai tác nhân vi sinh cùng lúc
c. PCR tổ (nested PCR): gồm hai giai đoạn
(Trích dẫn Phạm Hùng Vân, 2009)
Hình 3.1. (A) Máy PCR;
182 Giai đoạn đầu PCR dùng cặp mồi ngoài để khuyếch đại một đoạn DNA có chứa các trình tự đặc hiệu muốn tìm. Giai đoạn sau dùng sản phẩm PCR vịng ngồi này làm khuôn cho vào ống PCR có cặp mồi trong để khuyếch đại trình tự đặc hiệu muốn tìm này. Tác dụng PCR này là giúp làm tăng độ nhạy PCR khi mà mồi cho trình tự đặc hiệu muốn tìm có độ nhạy thấp.
(Trích dẫn Phạm Hùng Vân, 2009)
Hình 3.4. Minh họa nguyên tắc (1) nested PCR và (2) semi-nested/hemi- nested PCR
d. PCR tổ không dừng (non-stop nested PCR)
Là PCR tổ nhưng được thiết kế để cả hai giai đoạn PCR vịng ngồi và PCR vòng trong đều được thực hiện trong một ống PCR.
(Trích dẫn Phạm Hùng Vân, 2009)
e. Touch-down PCR
183 Là PCR có chương trình ln nhiệt có nhiệt độ bắt cặp giảm dần trong 10 hay 20 chu kỳ đầu, cứ sau mỗi chu kỳ giảm 0,5-10C để đạt đến nhiệt độ bắt cặp thích hợp nhất của mồi.
(A)
(B)
(Trích dẫn Phạm Hùng Vân, 2009)
Hình 3.6. (A) Chương trình luân nhiệt Touch-Down PCR với nhiệt độ bắt cặp giảm dần
(B) Chương trình luân nhiệt Touch-Down PCR với nhiệt độ bắt cặp giảm 2 bước
f. RT-PCR (reverse transcription PCR)
Là phương pháp PCR mà nucleic acid đích cần phải phát hiện RNA (ribonucleic acid). Để có thể thực hiện thì trước hết RNA đích phải được phiên mã ngược thành cDNA rồi sau đó sẽ dùng PCR để khuyếch đại trình tự đích trong cDNA bằng cặp mồi đặc hiệu cho trình tự này.
(A) (B)
(Phạm Hùng Vân, 2009)
Hình 3.7. (A) RT-PCR với giai đoạn RT dùng mồi đặc hiệu (B) RT-PCR với giai đoạn RT dùng mồi ngẫu nhiên
184
g. Kỹ thuật PCR định lượng (real-time PCR)
Là phương pháp khuyếch đại gene trong đó cả hai q trình khuyếch đại gene và đọc kết quả được thực hiện trong cùng một ống hay một giếng mẫu. Kỹ thuật này cho phép giảm thời gian chẩn đoán xét nghiệm do không phải thực hiện công đoạn chạy gene để phát hiện sản phẩm khuyếch đại, đồng thời hạn chế được sự vấy nhiễm hóa chất.