Việc tuyển chọn nhân sự vào Thái Y viện cực kỳ chặt chẽ và nghiêm túc. Ban đầu là triều đình ban dụ tuyển chọn, sau đó các quan địa phương sẽ chọn và lập danh sách gửi về Bộ Lễ. Những người này sẽ được triệu về kinh đô để triều đình tổ chức sát hạch. Hội đồng sát hạch gồm có Nội Các, Cơ Mật viện, Thị vệ xứ và Thái Y viện. Trường hợp phát hiện ra chuyện lừa dối trong chuyện này thì các quan địa phương sẽ bị xử tội rất nặng, vậy nên không ai dám tiến cử thầy thuốc giả, yếu nghề và khơng có đạo đức.
Tổ chức của Thái Y viện cũng từ cao đến thấp. Đứng đầu là Viện sứ, tức Viện trưởng của Viện Thái y. Tiếp theo là một vị Chánh Ngự y, hai vị Phó Chánh Ngự y,
hai viện Viện phán lo sổ sách ghi chép, sau đó là bậc Y chánh, Y phó, Y Sinh và một số thuộc viên. Từ bậc Y phó trở lên mới được giao nhiệm vụ chữa bệnh cho vua và hồng cung. Cứ hai năm một lần triều đình lại tổ chức định kỳ kiểm tra sát hạch năng lực chữa bệnh của các y quan. Ai khơng đạt sẽ bị sa thải để tìm kiếm người giỏi hơn.
Sử sách nhà Nguyễn ghi rằng, có lần vì sơ suất mà Thái Y viện dâng thuốc có con mọt trong bát, lập tức hai Y phó dâng thuốc bị giáng xuống 4 cấp. Lần khác, Thái Y viện kê thuốc trị bệnh nhưng thấy sức khỏe không tiến triển, vua Minh Mạng xuống dụ quở trách đại thần Cơ Mật viện là Nguyễn Kim Bảng và Trương Đăng Quế. Trường hợp nếu vua uống thuốc mà vẫn trọng bệnh hoặc qua đời, các quan Ngự y sẽ trở thành trọng tội, bị tống giam. Sách Đại Nam thực lục đệ tam kỷ, cuốn 183, có chép: “Giam hai thầy thuốc là Hoàng Đức Hạ và Đặng Công Tuấn vào ngục. Khi trước, Thánh tổ Nhân hoàng đế yếu nặng, bọn Hạ chữa thuốc khơng cơng hiệu, đưa xuống đình thần bàn xét, đều nói là bọn Hạ biết mà khơng nói là bất trung, dám tự theo ý mình, là
bất kính. Tội bất trung và bất kính khơng gì to bằng. Khép vào tội chém giam hậu”.