Xúc tiến xuất khẩu là các hoạt động đòi hỏi nguồn kinh phí tương đối lớn, trong khi đó các doanh nghiệp kinh doanh xuất khẩu nông sản phần lớn là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, điều kiện tài chính hạn hẹp cộng với nhận thức về công tác xúc tiến xuất khẩu còn hạn chế nên việc đầu tư cho các hoạt động này chưa được coi trọng. Trong điều kiện đó, các doanh nghiệp thường trông chờ vào sự hỗ trợ từ nguồn ngân sách Nhà nước.
Hàng năm, ngân sách Nhà nước cũng được dành một phần để hỗ trợ cho các hoạt động xúc tiến thương mại, xúc tiến xuất khẩu ngành nông nghiệp.
Tuy nhiên, con số này hiện còn rất nhỏ so với nhu cầu của cộng đồng doanh nghiệp (khoảng 0,003% doanh thu xuất khẩu nông lâm thuỷ sản và thủ công mỹ nghệ hàng năm). Những năm qua, kinh phí của nhà nước dành cho hoạt động hỗ trợ Chương trình XTXK quốc gia đối với nhóm hàng nông sản ngày càng hạn hẹp và không đáp ứng đủ nhu cầu ngày càng cao. Do nguồn kinh phí hạn chế nên các chương trình xúc tiến của ngành nông nghiệp chưa thực sự có qui mô, xứng tầm quốc gia và quốc tế, vì vậy, hiệu quả xúc tiến cũng chưa đạt được như kỳ vọng.
Xúc tiến xuất khẩu là hoạt động cần có sự đầu tư kinh phí lớn và lâu dài. Vì vậy, nguồn tài chính thiếu có ảnh hưởng rất lớn tới chất lượng, hiệu quả của các chương trình xúc tiến xuất khẩu.
c. Thiếu sự chỉ đạo thống nhất trong công tác xây dựng chương trình XTTK quốc gia đối với nhóm hàng nông sản giai đoạn 2006-2010 dẫn tới sự XTTK quốc gia đối với nhóm hàng nông sản giai đoạn 2006-2010 dẫn tới sự chồng chéo, trùng lắp
Do Chương trình XTXK quốc gia đối với nhóm hàng nông sản giai đoạn 2006-2010 được xây dựng trong khuôn khổ Chương trình XTTM quốc gia, dưới sự quản lý của Bộ Công Thương nên cơ chế gắn kết giữa các đơn vị chủ trì ngành nông nghiệp còn lỏng lẻo, việc xây dựng các hoạt động XTXK đôi khi còn chồng chéo dẫn đến lãng phí nguồn lực, hiệu quả không cao. Ví dụ: Năm 2006, Hiệp hội lương thực Việt Nam và Trung tâm tiếp thị, triển lãm NN&PTNT (nay là Trung tâm xúc tiến thương mại NN&PTNT) cùng tổ chức các khoá đào tạo với nội dung nâng cao kỹ năng xúc tiến thương mại và xúc tiến xuất khẩu cho các doanh nghiệp; Năm 2008, Trung tâm tiếp thị triển lãm NN&PTNT, Hiệp hội xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam (VASEP), Tổng công ty rau quả, nông sản đều xây dựng đề án tham gia Hội chợ Sial Paris; Năm 2009, Tổng công ty rau quả nông sản và Hiệp hội rau quả Việt Nam đều đề xuất chương trình khảo sát thị trường Trung Quốc trong khi hai đơn vị này có mặt hàng xuất khẩu tương đồng và thực
tế là các doanh nghiệp thành viên của Tổng công ty rau quả nông sản cũng là hội viên của Hiệp hội rau quả Việt Nam, …. Do đó, các đơn vị chủ trì cần có sự phối hợp chặt chẽ để xây dựng chương trình một cách hiệu quả, theo định hướng thống nhất của Bộ NN&PTNT.