Các chủ đầu tư là người quản lý, sử dụng cơng trình, sở hữu vốn đầu tư hoặc là người được giao quản lý và sử dụng vốn để ĐTXD, đồng thời trực tiếp quản lý điều hành các dự án ĐTXD, từ khi xin chủ trương đến việc lập dự án đầu tư, thiết kế bản vẽ thi công, dự tốn, tổ chức thực hiện xây lắp cơng trình và việc quyết tốn hồn thành cơng trình đưa vào khai thác sử dụng. Do đó, chủ đầu tư phải là người chịu trách nhiệm toàn diện đối với dự án đầu tư do mình đề xuất và quản lý. Trên thực tế trình độ năng lực quản lý dự án của các chủ đầu tư, các ban quản lý dự án (là người đại diện chủ đầu tư, giúp chủ đầu tư thực hiện các công việc thuộc trách nhiệm quản lý của chủ đầu tư; thay mặt chủ đầu tư giám sát thực hiện các nội dung công việc, thuê tư vấn, đơn vị thi công và giám sát việc thực hiện các quy định về quản lý ĐTXD) chưa đáp ứng được cơng việc được giao, chưa làm trịn chức năng, nhiệm vụ ở một số khâu như chuẩn bị đầu tư, thực hiện đầu tư, nghiệm thu đưa cơng trình vào sử dụng... Một số chủ đầu tư cung cấp các số liệu, lập đề bài, giao nhiệm vụ để tư vấn thiết kế thực hiện cịn thiếu chính xác hoặc thả nổi, mặc đơn vị tư vấn lo liệu. Việc nghiệm thu đầu vào của các loại vật liệu đưa vào cơng trình chưa thực hiện đúng quy định [37, tr.4]. Đặc biệt do năng lực và trách nhiệm của chủ đầu tư, ban quản lý còn yếu, chưa đáp ứng được yêu cầu nên đã hầu như khoán trắng mọi việc thuộc trách nhiệm của mình cho các đơn vị tư vấn hoặc đơn vị thầu xây dựng, chủ đầu tư chỉ việc ký vào dự án và các văn bản trình duyệt là xong, dẫn đến tình trạng chủ đầu tư không quản lý một cách
chặt chẽ, sâu sát, kỹ lưỡng các giai đoạn của dự án, làm giảm hiệu quả đầu tư hoặc gây TTLP vốn đầu tư.
Nhìn chung phần lớn các cơng trình xây dựng, đặc biệt là cơng trình có quy mơ nhỏ, đều do chủ đầu tư trực tiếp quản lý thông qua ban quản lý dự án. Bộ phận quản lý dự án thường là cán bộ kiêm nhiệm trong thời kỳ ĐTXD, trực tiếp điều hành quá trình thực hiện dự án theo tình hình thực tiễn của mình, sử dụng bộ máy sẵn có phục vụ u cầu của dự án, sau đó bố trí sử dụng hầu hết chuyên viên điều hành dự án vào khai thác sử dụng khi kết thúc đầu tư. Hình thức này chứa đựng những nhược điểm do cán bộ quản lý khơng chun nghiệp, khơng nắm vững trình tự, thủ tục, kỹ thuật xây dựng, nên thường không làm đầy đủ chức năng của Ban quản lý dự án, dễ bỏ sót trình tự trong quản lý, giám sát xây dựng hoặc gây ách tắc làm chậm tiến độ xây dựng, đặc biệt là khơng giám sát chặt chẽ chất lượng cơng trình, nên nhiều cơng trình thi cơng khơng đúng thiết kế hoặc chất lượng kém vẫn được nghiệm thu thanh toán. Năm 2005, qua kiểm tra 109 cơng trình xây dựng cho thấy, có tới 41% Ban quản lý dự án của chủ đầu tư không đủ năng lực chuyên môn để thực hiện nhiệm vụ điều hành dự án; 62,65% cơng trình cịn có khuyết điểm về chất lượng thi công cần phải xử lý, khắc phục. Riêng giá trị thu hồi do vi phạm chính sách, chế độ tại các cơng trình xây dựng ở Thanh Hố được thanh tra năm 2005 là 569 triệu đồng. Năm 2007 tỉnh Thanh Hoá yêu cầu xử lý 07 cơng trình khơng đảm bảo chất lượng.