Ngồi việc quy định về tội bn lậu qua biên giới Luật tố tụng hình sự cịn quy định thủ tục trình tự xử lý hành vi bn lậu qua biên giới từ việc khởi tố; truy tố; đến xét xử các vụ án buôn lậu. Đồng thời việc phát hiện bắt giữ khởi tố các vụ buôn lậu cũng được pháp luật quy định về thẩm quyền của cơ quan Hải quan.
Điều 104- Quyết định khởi tố vụ án hình sự - Bộ luật tố tụng hình sự quy định:
1. Khi xác định có dấu hiệu tội phạm thì Cơ quan điều tra phải ra quyết định khởi tố vụ án hình sự. Thủ trưởng đơn vị Bộ đội biên phòng, cơ quan Hải
quan, Kiểm lâm, lực lượng Cảnh sát biển và thủ trưởng các cơ quan khác của Công an nhân dân, Quân đội nhân dân được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra ra quyết định khởi tố vụ án hình sự trong những trường hợp quy định tại Điều 111 của Bộ luật này.
Viện Kiểm sát ra quyết định khởi tố vụ án hình sự trong trường hợp Viện kiểm sát hủy bỏ quyết định không khởi tố vụ án của các cơ quan quy định tại khoản này trong trường hợp Hội đồng xét xử yêu cầu khởi tố vụ án.
Hội đồng xét xử ra quyết định khởi tố hoặc yêu cầu Viện kiểm sát khởi tố vụ án hình sự nếu qua xét xử tại phiên tòa mà phát hiện được tội phạm hoặc người phạm tội mới cần phải điều tra.
2. Quyết định khởi tố vụ án hình sự phải ghi rõ thời gian, căn cứ khởi tố, điều khoản của Bộ luật hình sự được áp dụng và họ tên, chức vụ người ra quyết định.
3. Trong thời hạn 24 giờ kể từ khi ra quyết định khởi tố vụ án hình sự, Viện kiểm sát phải gửi quyết định đó đến cơ quan điều tra để tiến hành điều tra; quyết định khởi tố kèm theo tài liệu liên quan đến khởi tố vụ án hình sự của cơ quan điều tra Bộ đội biên phòng, Hải quan, Kiểm lâm, lực lượng Cảnh sát biển, các cơ quan khác của Công an nhân dân, Quân đội nhân dân được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra phải được gửi tới Viện kiểm sát để kiểm sát việc khởi tố; quyết định khởi tố của Hội đồng xét xử phải được gửi tới Viện kiểm sát để xem xét, quyết định việc điều tra; yêu cầu khởi tố của Hội đồng xét xử được gửi cho Viện kiểm sát để xem xét, quyết định việc khởi tố [22, tr.82].
Như vậy, theo chức năng nhiệm vụ được giao cho lực lượng Hải quan khi thực hiện các hoạt động quản lý nhà nước về hải quan tại cửa khẩu biên giới, lực lượng hải quan có nhiệm vụ phát hiện các hành vi buôn lậu qua biên giới. Khi phát hiện có thẩm quyền khởi tố vụ án hình sự về tội danh buôn lậu. Việc khởi tố phải tuân thủ đẩy đủ các quy định của pháp luật tố tụng hình sự. Việc xử lý các
hành vi bn lậu được quy định chặt chẽ từ khởi tố đến truy tố và xét xử. Hình phạt đối với hành vi vi phạm pháp luật với tội danh buôn lậu được quy định tại Điều 153 - Bộ luật hình sự. Tuy nhiên pháp luật chỉ quy định cho cơ quan Hải quan có quyền điều tra theo tố tụng hình sự với 2 tội quy định tại điều 153 và 154 của Bộ luật Hình sự. Nhưng thực tế, trong thực thi nhiệm vụ quản lý nhà nước chuyên ngành trong phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, thì có rất nhiều loại tội phạm xảy ra thuộc nhiệm vụ quản lý của ngành Hải quan như: vận chuyển trái phép vũ khí, chất nổ, ma túy, các loại hóa chất nguy hiểm qua biên giới; trốn thuế, rửa tiền, vi phạm quyền sở hữu trí tuệ, hàng giả,… Do vậy pháp luật cần nghiên cứu, bổ sung thêm cho Hải quan thẩm quyền khởi tố, điều tra đối với những tội phạm trên. Quy định tiêu chuẩn đối với công chức hải quan được tiến hành các hoạt động điều tra hình sự và có văn bản bổ nhiệm Điều tra viên cho các công chức này theo hệ thống tư pháp.