Cục Hải quan Lạng Sơn là Cục hải quan tỉnh, nằm trong hệ thống tổ chức bộ máy của Hải quan Việt Nam. Với tổng biên chế tính đến hết tháng 8 năm 2011 hiện có 335 cơng chức, 47 nhân viên hợp đồng lao động theo quy định tại nghị định 68/NĐ-CP. Về trình độ đào tạo trên đại học có 09 cơng chức, đại học có 238 cơng chức, cao đẳng có 58 cơng chức, trung cấp có 24 cơng chức, trình độ khác có 53 (chủ yếu là nhân viên hợp đồng). Căn cứ theo cơ cấu ngạch bậc thì có 23 cơng chức xếp ngạch Kiểm tra viên chính Hải quan, 185 cơng chức xếp ngạch Kiểm tra viên Hải quan, 82 công chức xếp ngạch Kiểm tra viên trung cấp Hải quan và 92 nhân viên Hải quan.
Cấp cục Hải quan tỉnh, gồm: lãnh đạo cục (01 Cục trưởng và 03 Phó Cục trưởng); các phòng tham mưu, giúp việc của lãnh đạo Cục có: Văn phịng; Phịng giám sát quản lý về Hải quan; Phòng thuế xuất nhập khẩu; Phòng tham mưu chống bn lậu và xử lý; Phịng tổ chức cán bộ; Phòng thanh tra; Phòng quản lý rủ ro; Phòng tài vụ-quản trị; Trung tâm dữ liệu và công nghệ thông tin, thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Quyết định số 1170/QĐ-TCHQ ngày 09/6/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quy định nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác của các đơn vị tham mưu giúp Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố và Chi cục kiểm tra sau thông quan, nhiệm vụ, quyền hạn được quy định tại Quyết định
số 1166/QĐ-TCHQ ngày 09/6/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục kiểm tra sau thông quan thuộc Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố.
Các đơn vị cấp Chi cục và tương đương thuộc Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn gồm:
- Chi cục Hải quan Cửa khẩu quốc tế Hữu Nghị; - Chi cục Hải quan Cửa khẩu Chi Ma;
- Chi cục Hải quan Tân Thanh; - Chi cục Hải quan Cốc Nam;
- Chi cục Hải quan quản lý các khu công nghiệp tỉnh Bắc Giang;
- Chi cục Hải quan cửa khẩu đường sắt quốc tế ga Đồng Đăng. Các Chi cục triển khai thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Quyết định số 1169/QĐ- TCHQ ngày 09/6/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi cục Hải quan trực thuộc Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố.
- Đội kiểm soát Hải quan. Nhiệm vụ, quyền hạn được quy định tại Quyết định số 1167/QĐ-TCHQ ngày 09/6/2010 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Đội kiểm soát Hải quan trực thuộc Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố. và cịn có một bộ phận cơng chức Hải quan (06 công chức) tham gia cơng tác tại Trạm Kiểm sốt liên ngành Dốc Quýt, xã Phú Xá, huyện Cao Lộc, hoạt động theo quy chế của Ủy ban nhân dân tỉnh.
Lực lượng chống buôn lậu của Cục Hải quan Lạng Sơn được bố trí, sắp xếp như sau:
Phịng tham mưu chống bn lậu và sử lý có 08 biên chế (01 Trưởng phịng và 01 Phó trưởng phịng).
Đội Kiểm soát Hải quan trực thuộc Cục, trụ sở tại Dốc quýt - xã Phú Xá - huyện Cao Lộc có 15 biên chế (01 Đội trưởng, 02 Phó Đội trưởng. Có Tổ Tham mưu và Tổ Kiểm sốt cơ động).
Tại các Chi cục Hải quan Chi Ma, Tân Thanh, Cốc Nam thành lập Đội Kiểm soát trực thuộc Chi cục. Có 01 Đội trưởng, đến 02 Phó Đội trưởng và từ 10 đến 15 biên chế. Còn các Chi cục Hải quan Hữu Nghị, Ga đường sắt Đồng Đăng, Hải quan quản lý các khu công nghiệp tỉnh Bắc Giang không thành lập Đội Kiểm sốt mà cơng tác chống bn lậu, gian lận thương mại do Đội nghiệp vụ thực hiện. (Lược đồ vị trí các đơn vị Hải quan tại tỉnh Lạng Sơn
xem, Phụ lục 1)