Pháp luật là một trong những nhân tố quan trọng ảnh hƣởng đến tình hình quản lý thu nộp thuế xuất khẩu, nhập khẩu của Hải quan. Pháp luật đầy đủ, thống nhất, chính xác, minh bạch, rõ ràng tạo thuận lợi cho cơ quan quản lý thu nộp thuế một cách nhanh nhất và tiện lợi nhất. Bên cạnh đó các quy phạm pháp luật về thủ tục hải quan, thủ tục quản lý thu thuế,…phải khoa học, hiện đại theo phƣơng pháp quản lý rủi ro, tạo thuận lợi cho thƣơng mại và đầu tƣ, thông quan nhanh, chính xác dựa trên tính tuân thủ của ngƣời khai hải quan, ngƣời nộp thuế; Cơ quan Hải quan quản lý đối tƣợng dựa trên cơ sở dữ liệu thông tin, thông qua đại lý khai thuê, phù hợp với các cam kết quốc tế, khu vực.
Thực hiện thu, nộp thuế xuất nhập khẩu bằng phƣơng thức điện tử qua hệ thống ngân hàng không những chịu sự điều chỉnh bởi quy phạm pháp luật về thủ tục
hải quan, thủ tục quản lý thu thuế mà còn chịu sự tác động bởi các văn bản quy phạm pháp luật về luật giao dịch điện tử. Pháp luật về giao dịch điên tử phải bảo vệ đƣợc ngƣời sử dụng, xây dựng hệ thống pháp lý chặt chẽ bảo vệ bí mật thông tin cá nhân, tạo niềm tin khi thực hiện các giao dịch điện tử là rất quan trọng. Ở nƣớc ta, công nghệ thông tin chỉ mới phát triển rầm rộ gần đây, nên hệ thống các quy định pháp luật về giao dịch, an ninh mạng, tính pháp lý trong giao dịch điện tử thật sự chƣa hoàn chỉnh. Ngoài ra các quy định của chỉnh phủ về thuế thay đổi sẽ dẫn đến yêu cầu thƣờng xuyên cập nhật mới thông tin khai thuế, điều này làm cơ quan hải quan, ngƣời nộp thuế, và đơn vị cung ứng dịch vụ phải đầu tƣ nhiều thời gian tìm hiểu để vận dụng vào khai thuế điện tử. Những quy định khác mang tính pháp lý khi thực hiện khai thuế qua mạng nhƣ: hình thức phạt vi phạm nếu nộp hồ sơ chậm, tính pháp lý đối với các chứng từ giao dịch điện tử giữa cơ quan hải quan, ngân hàng thƣơng mại với ngƣời nộp tiền, quy định ràng buộc về mặt pháp lý đối với các tổ chức cung cấp dịch vụ đi kèm.