Bên cạnh các điểm đạt được, công trình nghiên cứu này vẫn tồn tại những hạn chế nhất định, đề tài chỉ nghiên cứu trên nhóm NHTMCP chứ không phải là toàn bộ hệ thống ngân hàng ở Việt Nam nên cũng chỉ có tính đại diện chứ chưa phản ánh được đầy đủ cho cả hệ thống. Hơn nữa, trong mô hình nghiên cứu tác giả cũng chỉ mới sử dụng chỉ tiêu ROA để đo lường hiệu quả hoạt động của ngân hàng trong khi
đó ở phần cơ sở lý luận chúng ta cũng thấy để đo lường hiệu quả hoạt động có nhiều chỉ tiêu cũng như cách thức đo lường khác nhau và mỗi chỉ tiêu cũng chỉ đo lường hiệu quả ở một khía cạnh nhất định.
Do hạn chế trong việc thu thập dữ liệu, khi đo lường rủi ro tín dụng ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động ngân hàng, tác giả chỉ sử dụng chỉ tiêu cho vay ròng trên tổng tài sản (LAR) và bỏ qua các chỉ số khác như tỷ lệ nợ xấu trên tổng dư nợ, điều này khiến cho việc đánh giá rủi ro tín dụng chưa sâu xát và toàn diện.
Các nghiên cứu về hiệu quả hoạt động của ngân hàng đã có nhiều trên thế giới nhưng ở Việt Nam còn tương đối hạn chế nên tài liệu tham khảo cũng như các phương pháp luận trong nghiên cứu là một khó khăn không nhỏ đối với tác giả, ảnh hưởng đến quá trình thực hiện đề tài. Vì vậy những hạn chế trong đề tài là điều khó tránh khỏi.
Trong mô hình nghiên cứu đã đưa ra mặc dù đã kiểm định và rút ra được một số kết luận quan trọng để từ đó đưa ra một số kiến nghị nhằm cải thiện và nâng cao hiệu quả hoạt động của hệ thống NHTMCP Việt Nam. Tuy nhiên bên cạnh đó kết quả chạy mô hình cũng cho thấy các biến trong mô hình đưa ra chỉ mới giải thích được 79.22 % tức là khoảng 4/5 các yếu tố tác động lên hiệu quả ngân hàng. Như vậy mô hình còn bỏ qua một số các nhân tố tác động đến hiệu quả hoạt động của hệ thống NHTMCP Việt Nam. Nguyên nhân của hạn chế này do thời gian có hạn cũng như năng lực hiện tại còn hạn chế. Vì vậy tác giả mong muốn sẽ được nghiên cứu sâu hơn để đưa ra một thước đo đánh giá tổng quát hơn hiệu quả hoạt động của cả hệ thống ngân hàng Việt Nam cũng như xây dựng được một mô hình với cách kiểm định tốt hơn và xác định được nhiều hơn các yếu tố tác động lên hiệu quả hoạt động của ngân hàng để làm một tài liệu tham khảo hữu ích cho việc nghiên cứu của các bạn sinh viên cũng như là một tài liệu tham khảo hữu ích cho các ngân hàng trong việc đưa ra các chính sách nâng cao hiệu quả hoạt động.