Nhìn chung các qui định về miễn giảm thuế TNCN ở nước ta được quy định khá hợp lý và thể hiện nhiều điểm tiến bộ so với Pháp lệnh trước đây. Tuy nhiên, thực tiễn áp dụng quy định miễn, giảm thuế TNCN trên địa bàn tỉnh Đồng Tháp vẫn còn một số hạn chế sau:
Tại Điều 3 Luật thuế thu nhập cá nhân 2007 qui định thu nhập từ tiền lương tiền công và các khoản có tính chất tiền lương, tiền công được xác định là thu nhập chịu thuế, trừ một số khoản phụ cấp, trợ cấp qui định tại điểm b khoản 2 Điều 3 Luật thuế thu nhập cá nhân như:
Các khoản phụ cấp, trợ cấp, trừ các khoản: phụ cấp, trợ cấp theo quy định của pháp luật về ưu đãi người có công; phụ cấp quốc phòng, an ninh; phụ cấp độc hại, nguy hiểm đối với ngành, nghề hoặc công việc ở nơi làm việc có yếu tố độc hại, nguy hiểm; phụ cấp thu hút, phụ cấp khu vực theo quy định của pháp luật; trợ cấp khó khăn đột xuất, trợ cấp tai nạn lao động, bệnh nghề nghiệp, trợ cấp một lần khi sinh con hoặc nhận nuôi con nuôi, trợ cấp do suy giảm khả năng lao động, trợ cấp hưu trí một lần, tiền tuất hàng tháng và các khoản trợ cấp khác theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội; trợ cấp thôi việc, trợ cấp mất việc làm theo quy định của Bộ luật lao động, các khoản trợ cấp khác do Bảo hiểm xã hội chi trả, trợ cấp giải quyết tệ nạn xã hội.
Những qui định tại Luật thuế thu nhập cá nhân cho thấy số lượng các khoản phụ cấp, trợ cấp được miễn thuế là khá nhiều làm giảm đi tính công bằng giữa các thu nhập chịu thuế hay giảm tính công bằng ngay trong cùng một loại thu nhập chịu thuế.
(ii) Đối với thuế thu nhập cá nhân từ chuyển nhượng bất động sản còn phát sinh một số hạn chế như sau:
Khoản 1 và 4 Điều 4 Luật Thuế thu nhập cá nhân năm 2007:
Thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản giữa vợ với chồng, cha đẻ, mẹ đẻ với con đẻ; cha nuôi, mẹ nuôi với con nuôi; cha chồng, mẹ chồng với con dâu; cha vợ, mẹ vợ với con rể; ông nội, bà nội với cháu nội; ông ngoại, bà ngoại với cháu ngoại; anh chị em ruột với nhau và thu nhập từ nhận thừa kế, quà tặng là bất động sản giữa vợ với chồng; cha đẻ, mẹ đẻ với con đẻ; cha nuôi, mẹ nuôi với con nuôi; cha chồng, mẹ chồng với con dâu; cha vợ, mẹ vợ với con rể; ông nội, bà nội với cháu nội; ông ngoại, bà ngoại với cháu ngoại; anh, chị, em ruột với nhau.
Thì được miễn thuế thu nhập cá nhân. Do đó, tình trạng chuyển nhượng/tặng cho bắc cầu để được miễn thuế thu nhập cá nhân là rất phổ biến.
Khoản 2 Điều 4 Luật Thuế thu nhập cá nhân năm 2007 qui định “thu nhập từ chuyển nhượng nhà ở, quyền sử dụng đất ở và tài sản gắn liền với đất ở của cá nhân trong trường hợp cá nhân chỉ có một nhà ở, đất ở duy nhất” thì được miễn thuế thu nhập cá nhân. Hiện nay, việc xác nhận trường hợp cá nhân có tài sản duy nhất vẫn chưa có quy định cụ thể, các hướng dẫn hiện tại đều không yêu cầu người nộp thuế có hộ khẩu tại địa chỉ khác với căn nhà duy nhất phải chứng minh mình không sở hữu nhiều hơn một căn nhà. Nhưng cơ quan thuế chưa có cơ sở để biết được đó có phải là căn nhà duy nhất không?
Nguyên nhân đối với tình trạng thất thu thuế TNCN từ chuyển nhượng bất động sản trên địa bàn tỉnh Đồng Tháp xuất phát từ các nguyên nhân sau:
Do nhận thức của một số người dân còn thấp nên nhiều hợp đồng mua bán, chuyển nhượng bất động sản vẫn còn tồn tại hình thức viết tay. Điều này không những tiềm ẩn nhiều rủi ro cho các bên tham gia giao dịch, gây thất thu thuế cho nhà nước mà còn khiến cho cơ quan thuế khó xác định người thực hiện giao dịch sở hữu bao nhiêu bất động sản.
Chính sách miễn thuế thu nhập cá nhân trong chuyển nhượng/tặng cho bất động sản đối với những người có quan hệ huyết thống, hôn nhân và nuôi dưỡng vô hình chung đã tạo điều kiện cho một số cá nhân lợi dụng chính sách này để thực hiện thủ tục chuyển nhượng/tặng cho từng bước theo từng mối quan hệ của người nộp thuế, nhằm tránh nộp thuế thu nhập cá nhân khi thực hiện các giao dịch chuyển nhượng bất động sản mà đáng lẽ ra nếu họ không thực hiện thủ tục chuyển nhượng từng bước theo từng mối quan hệ được miễn thuế thì phải thực hiện nghĩa vụ nộp thuế thu nhập cá nhân.
(iii) Ba là, việc thực thi chính sách miễn, giảm thuế thu nhập cá nhân còn khá phức tạp, liên quan đến nhiều thủ tục hành chính. Việc miễn, giảm thuế thu nhập qui định rất nhiều giấy tờ, thủ tục xác nhận cần khoảng hơn 30
loại giấy tờ. Nhiều chuyên gia nhận xét: “Nếu một người nộp thuế phải tham gia tất cả quy trình trên thì có lẽ "cả năm chỉ đi lo thủ tục thuế". Sẽ là quá bất cập, nhiêu khê, phức tạp khi một người có thu nhập, sau khi giảm trừ gia cảnh thì không còn phải nộp thuế TNCN, nhưng lại vẫn phải đáp ứng đầy đủ các loại giấy tờ, thủ tục như trên và rõ ràng cơ quan thuế cũng mất nhiều công sức mà thực chất không thu được một đồng tiền thuế nào” [18, tr.26].
(iv) Bốn là, do chính sách thuế TNCN đặt quá nhiều tham vọng và mục tiêu khác nhau đối với từng loại ưu đãi như khuyến khích sản xuất, phát triển kinh tế xã hội, điều tiết thu nhập, đảm bảo sự công bằng,… nên đôi khi còn sự xung đột lẫn nhau. Điều này được lý giải do các chính sách thuế TNCN cũng có các qui định khác nhau về phạm vi, đối tượng nộp thuế, thu nhập chịu thuế, các khoản khấu trừ, miễn giảm… Điều này dẫn đến tỷ lệ động viên thuế TNCN còn chưa công bằng giữa các loại thu nhập chịu thuế khác nhau.
(v) Năm là, ưu đãi về miễn, giảm thuế và thuế suất giảm TNCN nằm trong số các hình thức ưu đãi kém hiệu quả nhất. Chính sách miễn giảm thuế TNCN không khuyến khích các công ty nước ngoài ở Việt Nam đề bạt trả lương cao cho người Việt Nam vì nếu họ trả lương cao thì số tiền đó sẽ vào ngân sách nhà nước chứ không phải người lao động. Bên cạnh đó, do mức thuế quá cao nên không khuyến khích người lao động khai thuế một cách trung thực. Nói cách khác, người ta sẽ bỏ nhiều thời gian để làm sao tránh thuế hơn là để nộp thuế làm cho ngân sách bị thâm hụt.