Tế bào gốc tạo máu người có đặc tính thải trừ một số thuốc nhuộm DNA như Rhodamine-123 và Hoechst-33342 [36]. Trong mô tạo máu, các tế bào Hoechst-/low tồn tại như một quần thể phụ (side-population cells) có các dấu ấn giống như tế bào gốc, nhưng có thêm dấu ấn của protein chống ung thư phế quản BCRP+. Các tế bào này có khả năng tăng sinh rất cao khi ghép vào cơ thể. Trong tủy xương người, quần thể này không mang dấu ấn CD34 và Lin. Ở máu ngoại vi huy động hay máu dây rốn quần thể này có thể mang dấu ấn CD34+ hoặc không [23]. Khả năng tái tạo của các tế bào này ở người đang tiếp tục được nghiên cứu.
Một số hệ thống nuôi cấy đã được phát triển và áp dụng đểđếm các tế bào gốc ở chuột và người, bao gồm kỹ thuật tạo cụm tế bào (CFC), kỹ thuật tạo cụm các tế bào có khả năng tăng sinh cao (HPPCFC), kỹ thuật nuôi cấy tế bào dài hạn (LTC-ICs) và cải tiến (E-LTC-ICs). Kỹ thuật nuôi cấy tế bào dài hạn cải tiến xác định dưới nhóm các quần thể tế bào sau quá trình nuôi cấy dài hạn, có khả năng tăng sinh rất cao và duy trì đến 18 tuần.
Ứng dụng kỹ thuật nuôi cấy có thể giúp đếm các tế bào gốc tạo máu đa tiềm năng ở người. Nguyên lý của kỹ thuật này là lựa chọn quần thể tế bào gốc nguyên phát, nuôi cấy trong điều kiện có đầy đủ các yếu tố kích thích tăng sinh dòng, tạo điều kiện cho quá trình biệt hoá theo hướng dòng tuỷ hoặc dòng lympho. Tuy nhiên kỹ thuật này không đánh giá được khả năng tái cư trú của các tế bào gốc trở lại tuỷ xương mà. Khả năng này chỉ đánh giá được trong quá trình ghép [23],[156].