Vị trí ổ nhiễm khuẩn được xác định theo các cơ quan: hô hấp, tiêu hóa, thần kinh, tiết niệu, và tình trạng nhiễm khuẩn máu. Theo R.S. Watson và cộng sự nghiên cứu trên quần thể trẻ em Mỹ thì vị trí ổ nhiễm khuẩn chính gây NKN là đường hô hấp (37,2%), nhiễm khuẩn máu tiên phát là 25%[145]. Vị trí ổ nhiễm khuẩn theo nghiên cứu của A. Wolfler và cộng sự tại Italy ở trẻ em dưới 16 tuổi nằm tại 22 khoa Hồi sức Nhi thì thấy hệ hô hấp là cơ quan bị nhiễm khuẩn nhiều nhất (47,8%), nhiễm khuẩn máu chiếm tỷ lệ 24%, các cơ quan: TKTƯ là 16,2%, đường tiêu hóa 5,9%, các nơi khác 5,9% [148]. C. V. Tùng nghiên cứu 49 bệnh nhân SNK tại BVNTƯ trong 2 năm 1998-2000, hình ảnh ổ nhiễm khuẩn gặp ở cơ quan hô hấp là 34,7%, tiêu hóa 24,5%, da cơ 22,4%, không rõ ổ nhiễm khuẩn là 12,2% [22]. Nghiên cứu này thấy vị trí ổ nhiễm khuẩn cao nhất là cơ quan tiêu hóa 35,3%, sau đó là nhiễm khuẩn máu 31,4%, thần kinh 17,5%, và hô hấp là 15,7% (hình 3.1.1).
Kết quả cấy máu và các dịch (bảng 3.1.9), nghiên cứu xác định được 58 chủng vi khuẩn. Hình thái vi khuẩn gặp nhiều nhất là Klebsiella pneumonia, 22,4%, sau đó là Tụ cầu vàng 17,2%, tiếp theo lần lượt Trực khuẩn mủ xanh, Phế cầu, E.coli, H.influenza… (12,1%, 10,3%, 8,6%, 6,8%...). Các vi khuẩn được xác định trước 48 giờ nhập viện nhiều nhất là Tụ cầu vàng (10 trường
hợp), Klebsiella pneumonia (9), phế cầu (6), H.influenza (4)…Vi khuẩn xác định sau 48 giờ nhập viện là Trực khuẩn mủ xanh (4), Klebsiella pneumonia
(4), Acinetobacter (3), nấm Candida abbicans (1).
Cấy máu dương tính chiếm tỷ lệ 14,7%, dịch nội khí quản có 48% (13/27 trường hợp) dương tính sau 48 giờ liên quan đến nhiễm khuẩn bệnh viện.
Trên quần thể trẻ em trong nghiên cứu ở 7 bang của Mỹ, hình ảnh VK học của NKN và SNK hầu hết là tụ cầu (17,5%), đặc biệt ở nhóm trẻ dưói 1 tuổi chiếm 22,7%. Nhiễm não mô cầu ít gặp (1,2%) chủ yếu ở nhóm trẻ khoẻ (2,2%) ít gặp ở nhóm trẻ có bệnh phối hợp (0,2%), sự khác biệt này có ý nghĩa thống kê với p < 0,001. Ngược lại, nhiễm nấm lại hay gặp ở nhóm trẻ có bệnh phối hợp 14,9% so với trẻ khỏe 7,4% (p < 0,001), đặc biệt nhiễm nấm ở trẻ có HIV (47,4%). Tỷ lệ tử vong do NKN liên quan đến vi khuẩn cao nhất ở nhóm trẻ nhiễm phế cầu (14,5%) sau đó là nhiễm nấm (13%) [145].
Tại Việt nam, trong nghiên cứu theo dõi sự đề kháng kháng sinh của VK thường gặp trong 6 tháng đầu năm 2006 tại 10 bệnh viện của 3 miền Bắc - Trung – Nam, tổng số có 12949 chủng VK phân lập được thì 5 VK thường gặp nhất là : Klebsiella spp. (17,8%), E.Coli (16,0%), Acinetobacter spp. (12,2%), P.aeruginosa (11,5%), Tụ cầu vàng (9,8%). Cũng trong nghiên cứu này, tại BVNTƯ trên quần thể trẻ em thì tỷ lệ phân bố VK thường gặp nhất là : Klebsiella spp.(28,7%), E.Coli (12,5%), P.aeruginosa (10,8%), S.viridan
(9,6%), Enterococcus (5,6%). Cấy máu dương tính tại BVNTƯ chiếm tỷ lệ là 24,5% [23]. T.M. Điển và cộng sự [6] trong nghiên cứu về nhiễm khuẩn máu trẻ em 2 năm 1998-1999, tiêu chuẩn chọn bệnh nhân là cấy máu dương tính tại khoa HSCC, BVNTƯ thì hình ảnh VK thường gặp nhất là : Klebsiella spp