Xác định và điều trị nguyên nhân nhiễm khuẩn là hết sức cần thiết. Kiểm soát nhiễm khuẩn là một tiêu chuẩn, là mục đích can thiệp trong điều trị nhiễm khuẩn nặng và sốc nhiễm khuẩn [62], [136].
1.6.1.1. Xác định phạm vi nhiễm khuẩn.
Thăm khám lâm sàng và bệnh sử cẩn thận sẽ cung cấp tốt nhất nguồn gốc nhiễm khuẩn và giúp đánh giá vi khuẩn sau này. Nhuộm Gram sớm và soi tươi các chất dịch nghi ngờ giúp đánh giá sơ bộ vi khuẩn trong khi đó vẫn chờ kết quả cấy tìm vi khuẩn. Nên làm thường quy cấy nước tiểu, chất đờm, dịch ổ bụng trong phẫu thuật, hoặc chọc lấy dịch ổ bụng, và đặc biệt chú ý tới các ban phỏng hoại tử trên da. Cấy máu trước sử dụng kháng sinh. Cấy máu phải làm cả hai phương pháp hiếu khí và kỵ khí [52], [62], [63], [136].
1.6.1.2.Loại bỏổ nhiễm khuẩn.
Đây là một động tác quan trọng giúp thành công trong điều trị SNK. Vì nếu không loại bỏ ổ nhiễm khuẩn thì tình trạng viêm lan tràn và sốc sẽ tiến triển, sử dụng kháng sinh sẽ không hiệu quả.
Tuy nhiên cũng còn phụ thuộc loại ổ nhiễm khuẩn, thời điểm can thiệp, biểu hiện lâm sàng của bệnh nhân. Một số tác giả gợi ý thời điểm can thiệp tốt nhất vào khoảng 3 - 12 giờ sau khi vào viện. Khi huyết động tạm thời ổn định. Trong quá trình loại bỏ ổ nhiễm khuẩn cần chú ý đến cách thức làm, nên chọc hút qua da các ổ áp xe hơn là dẫn lưu ngoại khoa, hay là can thiệp nội soi tốt hơn mổ mở. Các đường mạch máu xâm nhập nghi là nguyên nhân gây nhiễm khuẩn cần phải rút bỏ. Các vị trí nhiễm khuẩn sâu như áp xe trong ổ bụng, thủng đường tiêu hoá, viêm đường mật, viêm mủ đài bể thận, viêm hoại tử ruột, viêm mủ khớp... cần phải kiểm soát càng sớm càng tốt ngay sau khi huyết động ổn định [63], [110].