Khối tứ cực (Q) được sử dụng nhiều nhất cho nguồn ion hĩa ESI và APCI. Ưu điểm: giá thành thấp, cĩ khả năng phân tích định tính và định lượng. Nhược điểm: độ phân giải thấp, yêu cầu mẫu tương đối tinh khiết và các tạp chất khơng ảnh hưởng đến khả năng phân giải. Khối tứ cực quadrupol kép cĩ hai hoặc ba quadrupol cĩ độ nhạy cao trong phân tích định lượng một chất đã biết, tạo được nhiều phân mảnh trong chế độ MS/MS, cĩ thể làm được kiểu đo mất phân tử trung hịa, thích hợp cho phân tích vi lượng các chất đã biết trước cấu trúc. Tuy nhiên khĩ giải thích cơ chế phân mảnh MS/MS.
Nguyên tắc hoạt động của kỹ thuật IT là các ion trước hết được bắt hoặc “mắc bẫy” trong một khoảng thời gian nhất định rồi được phân tích bằng MS hoặc MS/MS.
Ưu điểm: cĩ khả năng tích luỹ các ion, phân tích khối, phân lập ion và phân giã ion bằng va chạm, do vậy đây là phương tiện rất thuận lợi cho việc nghiên cứu cơ chế phân mảnh. Thiết bị cĩ giá thấp, độ nhạy tương đối cao và khả năng MS/MS phù hợp với hợp chất cĩ khối lượng phân tử lớn như protein và peptide.
Nhược điểm: độ chính xác trong phân tích định lượng khơng cao do chỉ cĩ một số lượng khá hạn chế các ion cĩ thể tích lũy vào tâm điểm trước khi được tích điện trong khơng gian, do vậy cĩ thể phản ánh sai lệch sự phân bố và phép đo. Do đĩ người ta tiến hành cải tiến kỹ thuật này bằng sự phát triển các bẫy ion “tuyến tính” hoặc “hai chiều” khi những ion được tập hợp trong một thể tích hình ống lớn hơn bẫy ion ba chiều truyền thống, cho phép làm tăng độ nhạy, độ phân giải và độ chính xác [76,77].