Theo điều 3 Luật kế toán số 88/2015/QH13: “Chứng từ kế toán là những giấy tờ và vật mang tin phản ánh nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh đã hoàn thành, làm căn cứ ghi sổ kế toán”[25].
Tổ chức hệ thống chứng từ kế toán là công việc khởi đầu của tổ chức công tác kế toán và có ý nghĩa quyết định đối với tính trung thực, khách quan của số liệu kế toán và báo cáo kế toán, đồng thời thông tin kế toán ban đầu là căn cứ kiểm tra, kiểm soát các hoạt động kinh tế, tài chính của đơn vị. Nhu vậy, tổ chức hệ thống chứng từ kế toán chính là công việc tổ chức thu nhận thông tin về nội dung các nghiệp vụ kinh tế tài chính phát sinh tại đơn vị và kiểm tra tính hợp pháp, hợp lý, hợp lệ của các nghiệp vụ và giao dịch đó. Từ những phân tích trên có thể thấy vai trò của tổ chức hệ thống chứng từ kế toán đuợc xác định là khâu công việc quan trọng đối với toàn bộ quy trình kế toán bởi nó cung cấp nguyên liệu đầu vào - các thông tin ban đầu về các đối tuợng kế toán. Do đó, khi tổ chức hệ thống chứng từ kế toán trong các đơn vị SNCL bao gồm những công việc nhu sau:
Thứ nhất, xác định danh mục chứng từ kế toán áp dụng ở đơn vị.
Danh mục chứng từ đuợc thiết kế phải đạt các yêu cầu tính pháp lý, đầy đủ và hợp lý khi đuợc vận dụng. Trên cơ sở các quy định, chế độ kế toán, các đơn vị sự nghiệp thiết lập danh mục chứng từ sử dụng cho kế toán tài chính. Bên cạnh đó, căn cứ vào nhu cầu thông tin phục vụ quản trị nội bộ, đơn vị có thể xác định một số loại chứng từ cần thiết cho công tác kế toán quản trị. Với những chứng từ kế toán này, đơn vị phải tự thiết kế mẫu biểu, nội dung và phuơng pháp ghi chép trên cơ sở đảm bảo sự thống nhất trong kỳ hạch toán. Đối với các đơn vị SNCL triển khai áp dụng cơ chế tự chủ tài chính, vấn đề xác định danh mục chứng từ kế toán là hết sức cần thiết để xây dựng hệ thống thông tin ban đầu phục vụ quản lý thu chi, quản lý tài chính trong điều kiện tự chủ. Hiện nay, các đơn vị SNCL căn cứ vào danh mục chứng từ kế toán do Bộ Tài chính ban hành kèm theo Thông tu số 107/2017/TT- BTC ngày 10/10/2017 thay thế chế độ kế toán hành chính sự nghiệp ban hành kèm theo Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/03/2006 và Thông tu 185/2010/TT- BTC ngày 15/11/2010 về sửa đổi, bổ sung quyết định số 19/2006/QĐ-BTC. Điểm
mới của thông tư 107/2017/TT-BTC là chứng từ kế toán được phân loại và quy định cụ thể thành 2 loại là chứng từ bắt buộc (Phiếu thu, Phiếu chi, Giấy đề nghị thanh toán tạm ứng, Biên lai thu tiền) và chứng từ được tự thiết kế; còn theo quyết định 19/2006/QĐ-BTC thì phải sử dụng thống nhất mẫu theo quy định và không được tự thiết kế và sử dụng mẫu chứng từ khi chưa được Bộ Tài chính chấp thuận. Theo đó, mỗi đơn vị SNCL lựa chọn loại chứng từ kế toán phù hợp với đặc điểm vận động của các đối tượng kế toán, đặc điểm hoạt động và yêu cầu quản lý cụ thể của đơn vị. Việc vận dụng hệ thống chứng từ do Bộ Tài chính ban hành phải thực hiện đúng nguyên tắc, căn cứ, quy trình lập và mẫu biểu theo quy định đối với chứng từ bắt buộc; còn các chứng từ hướng dẫn thì các đơn vị SNCL có thể vận dụng linh hoạt cho phù hợp và thuận lợi cho công tác kế toán.
Thứ hai, tổ chức lập chứng từ kế toán.
Đây là quá trình sử dụng các chứng từ đã được lựa chọn trong danh mục chứng từ của đơn vị và các phương tiện phù hợp để ghi các nghiệp vụ kinh tế tài chính, thu, chi ngân sách phát sinh vào chứng từ. Các chứng từ sử dụng có thể tuân thủ thống nhất, không được sửa đổi nếu thuộc loại chứng từ bắt buộc hoặc tự bổ sung thêm các chỉ tiêu hoặc thay đổi hình thức mẫu biểu cho phù hợp với việc ghi chép và yêu cầu quản lý của đơn vị nếu thuộc loại chứng từ hướng dẫn, chứng từ phục vụ quản trị nội bộ. Tùy theo điều kiện của từng đơn vị chứng từ có thể lập thủ công bằng tay hoặc bằng máy. Tuy nhiên trong thời đại công nghệ thông tin phát triển và các phương tiện máy móc hiện đại, các đơn vị sự nghiệp có thể thiết kế các mẫu chứng từ có sẵn để phản ánh nghiệp vụ kịp thời và tiện cho việc ghi nhận các nghiệp vụ kinh tế phát sinh.
Thứ ba, tổ chức kiểm tra chứng từ kế toán.
Đây là việc xác nhận tính chính xác, đúng đắn của các thông tin ghi trên chứng từ kế toán, đảm bảo tính trung thực và đáng tin cậy của thông tin kế toán trên chứng từ.Bộ phận kế toán cần tổ chức kiểm tra chặt chẽ toàn bộ chứng từ đã thu nhận trước khi ghi sổ kế toán và phải quy định rõ trách nhiệm của từng bộ phận, từng nhân viên kế toán trong việc kiểm tra thông tin trên chứng từ kế toán. Kiểm tra thông
tin trên chứng từ kế toán cần kiểm tra các nội dung sau: Kiểm tra tính hợp pháp, hợp lý của nghiệp vụ kinh tế tài chính; kiểm tra tính trung thực, chính xác chỉ tiêu số luợng và giá trị của các nghiệp vụ kinh tế tài chính phát sinh; kiểm tra việc ghi chép đầy đủ các yếu tố của chứng từ nhằm đảm bảo tính pháp lý của chứng từ kế toán.
Thứ tư, tổ chức sử dụng chứng từ cho việc ghi sổ kế toán.
Sau khi đuợc kiểm tra, các chứng từ kế toán đuợc phân loại theo địa điểm phát sịnh, theo tính chất của các khoản thu, chi... Việc ghi sổ kế toán phụ thuộc vào hình thức tổ chức sổ kế toán tại đơn vị.
Thứ năm, tổ chức luân chuyển chứng từ kế toán.
Chứng từ kế toán sau khi đuợc kiểm tra và hoàn chỉnh cần phải xây dựng quy trình luân chuyển chứng từ cho từng loại nghiệp vụphát sinh để đảm bảo cho các bộ phận quản lý, bộ phận kế toán có liên quan có thể thực hiện việc kiểm tra nội dung nghiệp vụ phản ánh trong chứng từ để thực hiện việc ghi sổ kế toán, đảm bảo cung cấp thông tin kịp thời phục vụ lãnh đạo và quản lý hoạt động ở đơn vị. Để đảm bảo việc luân chuyển chứng từ kế toán nhanh và phù hợp cần xác định chức trách, nhiệm vụ của các bộ phận chức năng trong đơn vị nhằm giảm bớt những thủ tục, những chứng từ kế toán không cần thiết và tiết kiệm thời gian.
Thứ sáu, tổ chức bảo quản, lưu trữ và tiêu hủy chứng từ kế toán.
Theo điều 41 Luật kế toán số 88/2015/QH13, sau khi ghi sổ kế toán, chứng từ phải đuợc bảo quản đầy đủ, an toàn tại phòng kế toán của các đơn vị SNCL để phục vụ cho việc kiểm tra, đối chiếu số liệu. Khi kết thúc kỳ kế toán năm, chứng từ đuợc chuyển sang luu trữ theo từng loại và theo thứ tự thời gian phát sinh. Tùy theo từng loại tài liệu mà thời gian luu trữ quy định có thể khác nhau. Khi hết thời hạn luu trữ, chứng từ đuợc phép tiêu hủy theo quy định.