Bên cạnh những kết quả đạt được, tổ chức công tác kế toán ở Trung tâm Y tế quận Hoàn Kiếm vẫn còn những tồn tại cần phải được giải quyết:
2.3.2.1. về tổ chức bộ máy kế toán
Đơn vị chưa quan tâm đến tổ chức và bố trí cán bộ nhân viên kế toán ở 2 PKĐK là PK 26 LNQ và PK 21 PCT thực hiện công việc để thu nhận, xử lý, kiểm tra, phân tích và cung cấp thông tin về các hoạt động sự nghiệp của từng PKĐK một cách cụ thể, phục vụ cho các nhà quản lý trong việc lập kế hoạch, điều hành, tổ chức thực hiện và quản lý các hoạt động sự nghiệp trong nội bộ đơn vị. Bên cạnh đó, nhiệm vụ của bộ máy kế toán chủ yếu là tạo lập hệ thống thông tin phục vụ cho việc lập BCTC và báo cáo quyết toán ngân sách. Trong khi đó, việc lập các báo cáo bộ phận, xây dựng hệ thống phân tích thông tin tài chính phục vụ hay các báo cáo quản trịra quyết định không được coi là nhiệm vụ thường xuyên của bộ máy kế toán. Đôi khi còn có sự chồng chéo công việc giữa các nhân viên kế toán.
2.3.2.2. về tổ chức hệ thống chứng từ kế toán
Tại Trung tâm Y tế quận Hoàn Kiếm có nhiều đơn vị trực thuộc bao gồm các khoa, phòng khám và 18 TYT phường nhưng chưa có sự thống nhất trong hệ thống biểu mẫu chứng từ. Một số đơn vị còn sử dụng mẫu chứng từ cũ như quyển Phiếu thu các phòng khám viết cho bệnh nhân vẫn là phiếu thu 2 liên mẫu số C30 - BB theo quyết định số: 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006.
về hóa đơn tại Trung tâm: Hiện tại Trung tâm vẫn sử dụng hóa đơn bán hàng mua tại Chi cục thuế Hoàn Kiếm. Các đơn vị trực thuộc Trung tâm sử dụng hóa đơn như Phòng khám Bác sĩ gia đình, 36 Ngô Quyền,... cuối mỗi tháng phải tiến hành lập báo cáo sử dụng hóa đơn để kế toán Trung tâm tổng hợp lại làm đơn đề nghịmua hóa đơn lên chi cục thuế. Việc này dẫn đến mất thời gian đi lại, thủ tục hành chính rườm rà và nhiều khi mua hóa đơn không kịp thời làm ảnh hưởng đến công việc của đơn vị.
Việc quyết toán với cơ quan BHXH: Thực trạng vấn đề thanh toán chi phí tiền khám chữa bệnh vẫn là hóa đơn giấy (hóa đơn bán hàng mua tại cơ quan thuế) đã gây một số trở ngại cho đơn vị trong việc thanh quyết toán kinh phí KCB BHYT.
2.3.2.3. Về tổ chức hệ thống tài khoản kế toán
Từ năm 2017 trở về truớc, tại đơn vị khoản thu từ khám dịch vụ theo yêu cầu ở các phòng khám, giá dịch vụ khám chữa bệnh là giá đuợc UBND thành phố cho phép thu cao hơn so với giá các dịch vụ theo quy định chung của bộ Y tế. Tuy nhiên kế toán lại hạch toán toàn bộ phần thu này vào TK 511 mà chua tách đuợc phần chênh lệch lớn hơn để đua vào tài khoản theo đúng quy định. Đơn vị cũng chua chi tiết thành các khoản thu - chi theo từng PKĐK. Các khoản thu ngoài nhu cho thuê mặt bằng để các cá nhân bên ngoài tổ chức các hoạt động dịch vụ kèm theo nhu quầy thuốc, trông xe. Các khoản thu từ hoạt động này thực chất là các khoản thu sản xuất, kinh doanh chứ không phải là các khoản thu sự nghiệp, vì thế, không thể theo dõi trên TK 5118 mà phải mở tài khoản khác theo dõi cho phù hợp. Sang năm 2018, thực hiện theo Thông tu 107 thay thế Quyết định 19, tất cả các khoản thu của đơn vị đã chuyển sang tài khoản 531. Điều đó là phù hợp nhung đơn vị vẫn chua tiến hành theo dõi các khoản thu - chi riêng của từng phòng khám. Qua đó, chua thể nhận thấy đuợc PKĐK nào hoạt động hiệu quả, không thể giúp ban lãnh đạo đua ra các biện pháp kịp thời.
Đối với TSCĐ hình thành từ nguồn NSNN dùng đồng thời cho cả hoạt động SXKD và hoạt động HCSN tại Trung tâm thì đơn vị vẫn đang trích khấu hao chung, không phân tách giữa hoạt động HCSN và hoạt động SXKD.
2.3.2.4. về tổ chức vận dụng hệ thống sổ kế toán và hình thức kế toán
Đơn vị sử dụng hình thức kế toán Nhật ký chung với việc sử dụng phần mềm kế toán “MISA Mimosa.Net 2019” do Công ty Misa cung cấp, chua quan tâm đến việc thiết kế mẫu sổ kế toán chi tiết phù hợp để phục vụ cho công tác kế toán. Ngoài ra, một số nghiệp vụ kinh tế đã phát sinh và có nhu cầu ghi nhận nhu các nghiệp vụ về góp vốn liên doanh, liên kết, theo dõi tình hình tăng giảm số vốn góp,... tại PK
chất lượng cao 36 Ngô Quyền nhưng chưa có quy định hướng dẫn nên đơn vị gặp khó khăn trong việc tổ chức thiết kế và ghi chép.
2.3.2.5. Về tổ chức hệ thống báo cáo kế toán
Hệ thống BCTC ở đơn vị chỉ bao gồm các BCTC và quyết toán ngân sách nên mang tính pháp lệnh, tuân thủ cao. Một số báo cáo được lập như Bảng cân đối tài khoản, Thuyết minh báo cáo tài chính chưa phát huy được hiệu quả cung cấp thông tin về tình hình hoạt động và tình hình tài chính của đơn vị. Báo cáo lưu chuyển tiền tệ chưa được đơn vị biết đến.
Mặt khác, đơn vị chưa quan tâm đúng mức đến việc lập các báo cáo kế toán phục vụ cho việc cung cấp thông tin quản trị nội bộ.
Ngoài ra, đối với công tác công khai BCTC, mặc dù Luật Kế toán đã có quy định cụ thể về nội dung cũng như thời hạn công khai BCTC, song hầu hết đơn vị chưa thực hiện một cách nghiêm chỉnh đúng quy định của Luật Kế toán. Việc thực hiện công tác công khai tài chính trong các đơn vị chỉ mang tính hình thức, chiếu lệ. Có tồn tại này là do cán bộ kế toán chưa nhận thức được tầm quan trọng của việc công khai BCTC và hơn nữa các cơ quan cấp trên cũng chưa có biện pháp xử lý thích đáng đối với các đơn vị không thực hiện hoặc thực hiện chưa đầy đủ công tác công khai BCTC.
2.3.2.6. về tổ chức công tác kiểm tra kế toán
Trung tâm Y tế quận Hoàn Kiếm chưa thực hiện tốt việc kiểm tra kế toán, công tác kiểm tra còn buông lỏng, không mang tính thường xuyên và đồng bộ. Đa số khi thực hiện công tác kiểm tra, đơn vị đều không xây dựng kế hoạch và thường không tổ chức bộ phận kiểm tra kế toán riêng mà do các nhân viên kế toán phần hành tự kiểm tra trước khi ghi sổ kế toán, kế toán trưởng thường đảm nhiệm kiểm tra chung định kỳ trước khi lập BCTC. Nội dung tự kiểm tra kế toán thường bao gồm các vấn đề như kiểm tra quá trình ghi chép trên các chứng từ, sổ kế toán, quá trình thiết lập các BCTC; kiểm tra trách nhiệm, kết quả công việc của bộ máy kế toán; kiểm tra các chính sách quản lý tài sản và việc sử dụng các nguồn kinh phí của đơn vị,... Mặt khác, do phương pháp kiểm tra không khoa học, không hợp lý đã dẫn
đến tình trạng ở đơn vị còn xảy ra trường hợp số liệu kế toán phản ánh không trung thực, không khách quan, ghi chép không chính xác, tình trạng gây lãng phí, thất thoát vật tư còn phổ biến.
2.3.2.7. Về tổ chức phân tích thông tin kế toán
Thực tế cho thấy, đơn vị chưa thật sự chú trọng đúng mức đến công tác phân tích tài chính hoặc nội dung, quy trình phân tích tài chính còn đơn giản, chủ yếu tập trung vào phân tích tình hình kinh phí, quyết toán kinh phí và tình hình nguồn thu. Phương pháp phân tích chỉ mới dừng lại ở phương pháp so sánh giữa các năm. Chính vì thế, việc đánh giá tình hình thực hiện dự toán thu - chi, tình hình chấp hành các chế độ chi tiêu, chính sách quản lý tài chính của Nhà nước mang tính chất chung chung mà chưa đề ra những giải pháp cụ thể để tiết kiệm chi và nâng cao hiệu quả sử dụng các nguồn kinh phí kể cả trong ngắn hạn và dài hạn.
2.3.2.8. về tổ chức ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác kế toán
Thực tế do Trung tâm Y tế quận Hoàn Kiếm có nhiều đơn vị phụ thuộc, nhiều địa điểm khác nhau không tập trung một nơi nên việc áp dụng tin học ở đơn vị còn rời rạc, thông tin không liên kết với nhau từ đó dẫn đến nhiều bất cập. Công việc kế toán bị trùng lắp, công việc các phần hành, số liệu kế toán không có tính kế thừa, không được chuyển giao dữ liệu trong cùng một hệ thống phần mềm máy tính mà phải in ra giấy làm cơ sở đầu vào cho phần hành kế toán tiếp theo trên một phần mềm khác. Chẳng hạn như nhân viên khi thu viện phí ở phòng khám cập nhật số liệu thu viện phí từ các biên lai thu tiền được lập thủ công sau đó lập và in bảng kê chi tiết thu tiền cho kế toán hạch toán và xuất phiếu thu. Ngoài ra, phần mềm kế toán HCSN mà đơn vị đang sử dụng chủ yếu chỉ phục vụ cho việc lập các Báo cáo tài chính mà chưa chú trọng đến việc cung cấp, phân tích các thông tin phục vụ nhu cầu quản trị. Hầu hết các báo cáo phục vụ cho nhu cầu quản trị tại đơn vị nếu có thì cũng chỉ được lập thủ công.