Bệnh viện TWQĐ 108 là Bệnh viện hạng đặc biệt của Quốc gia với chức năng nhiệm vụ:
- Khám, cấp cứu thu dung điều trị cho các đối tượng bệnh nhân: quân nhân tại chức, bảo hiểm quân và nhân dân thuộc diện thu một phần viện phí.
- Nghiên cứu khoa học Y dược lâm sàng.
- Là cơ sở đào tạo sau đại học: Chuyên khoa I, Chuyên khoa II, Tiến sỹ thuộc các chuyên ngành: Truyền nhiễm, Chấn thương chỉnh hình, Răng Hàm Mặt- Tạo hình, Gây mê- Hồi sức, Tim mạch, Nội Tiêu hoá, Ngoại Tiêu hóa, Nội Thần kinh, Ngoại Lồng ngực, Nội Hô hấp, Da liễu, Chẩn đoán hình ảnh.
- Thành viên Y tế Chuyên sâu của cả nước. Tham gia bảo vệ chăm sóc sức khoẻ cán bộ cao cấp của Đảng, Nhà nước và làm nhiệm vụ Quốc tế với Lào, Campuchia. Quản lý Nhà Tang lễ Quốc gia.
- Là một bệnh viện tuyến cuối toàn quân, bệnh viện TWQĐ 108 có nhiệm vụ sẵn sàng chiến đấu. Bên cạnh việc thực hiện nhiệm vụ trung tâm khám, chữa bệnh và
điều trị cho người bệnh, bệnh viện 108 còn phải thực hiện nhiệm vụ sẵn sàng chiến đấu. Công tác sẵn sàng chiến đấu là một trong các nhiệm vụ gắn liền với các nhiệm vụ
thường xuyên và các nhiệm vụ đột xuất trên giao. Các nhiệm vụ này mang tính đặc thù
của Quân đội nói chung, cơ quan, đơn vị, trong đó có bệnh viện nói riêng như: Công tác sẵn sàng chiến đấu theo nhiệm vụ tác chiến A2 (phòng, chống bạo loạn, bạo động,
khủng bố,...); công tác phòng dịch; công tác diễn tập tìm kiếm cứu nạn; công tác bảo đảm quân y cho các sự kiện của Đảng, Nhà nước, Quân đội...
- Ngoài ra, bệnh viện còn thực hiện nhiệm vụ chỉ đạo tuyến. Đây là một trong các nhiệm vụ do các bệnh viện quân y thực hiện theo sự chỉ đạo của cấp trên hoặc trong các chương trình, phong trào cụ thể. Theo đó, các hoạt động mang ý nghĩa lớn về giá trị đạo đức ngành y trong nâng cao chất lượng cuộc sống. Chẳng hạn như, tổ chức các đoàn khám, chữa bệnh cho nhân dân vùng sâu, vùng xa; hướng dẫn khám, chữa bệnh cho các bệnh xá ở các đơn vị thuộc tuyến của bệnh viện; công tác chuyển giao kỹ thuật cho các Bệnh viện liên kết...