Theo Nghị định 16/NĐ-CP, các cơ sở KCB sẽ hoạt động theo mô hình đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ về tài chính. Với mô hình quản lý này việc quản lý tài chính của các cơ sở KCB trong nền kinh tế có những nét tương đồng với quản lý tài chính doanh nghiệp. Tuy nhiên, các BVQĐ trong đó có BV108 có những nét đặc thù riêng nên có khác với phương thức quản lý tài chính của các bệnh viện khác trong nền kinh tế. Những đặc điểm đó là:
- Các BVQĐ không chỉ đơn thuần là một cơ sở KCB mà còn là một bộ phận quan trọng, không thể thiếu được của quân đội, thực hiện những nhiệm vụ có liên quan đến quân sự quốc phòng, an ninh của quân đội trong từng thời kỳ. Vì vậy về các nguồn tài chính của BVQĐ cũng có nét khác, vẫn có nguồn từ NSNN bảo đảm cho một đơn vị quân đội, phương thức quản lý có sự kết hợp giữa quản lý của một đơn vị SNCL ngành y tế với phương thức quản lý một đơn vị dự toán quân đội.
- Mục đích hoạt động của các BVQĐ không vì mục tiêu lợi nhuận mà nhằm thực hiện các chính sách chăm sóc sức khỏe cho các đối tượng trong quân đội, thực
hiện công tác quân y và các nhiệm vụ khác quân đội giao cho đồng thời tham gia KCB cho các đối tượng khác của nền kinh tế. Ngược lại đối với các doanh nghiệp, lợi nhuận là mục đích chính của hoạt động kinh doanh và hoạt động tài chính. Tuy nhiên, để nâng cao hiệu quả sử dụng các nguồn kinh phí, trong hoạt động tài chính của các BVQĐ cũng phải tính toán chi phí đầu vào, đầu ra, chênh lệch đầu vào đầu ra...
- Cơ chế quản lý tài chính của các BVQĐ chịu sự tác động của mô hình tổ chức của một đơn vị quân đội: về hệ thống tổ chức; về cơ chế lãnh đạo của Đảng đối với quân đội trong đó có công tác tài chính; về nhân sự.v.v.. Cơ chế này có tính hai mặt, nó vừa có tác động tích cực trong quản lý tài chính, nâng cao hiệu quả hoạt động của tài chính, đặc biệt trong việc phòng chống tiêu cực, nhưng nếu xử lý không cẩn thận sẽ tạo ra sự trì trệ, cứng nhắc và không năng động trong các quy định của hoạt động tài chính.
Theo quán triệt của chỉ thị 85/CT - BQP ngày 13/2/2018 về việc tự chủ về tài chính đối với các bệnh viện và các cơ sở khám chữa bệnh trong Quân đội, Bệnh viện TWQĐ 108 đang từng bước thực hiện tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính. Để chủ động sử dụng nguồn kinh phí hoạt động thường xuyên được giao đúng mục đích, tiết kiệm và hiệu quả, Bệnh viện đã ban hành Quy chế chi tiêu nội bộ theo quyết định số 2688-QĐBV , ngày 3/6/2019. Mục đích xây dựng qui chế chi tiêu nội bộ :
- Làm căn cứ để quản lý và chi tiêu, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí, sử dụng hiệu quả, công khai minh bạch các nguồn kinh phí, các nguồn tài chính và tài sản của Bệnh viện. Từ đó đảm bảo nâng cao chất lượng hoạt động, hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao và đảm bảo sự ổn định, phát triển của Bệnh viện.
- Đảm bảo cho bệnh viện được chủ động trong việc quản lý tài chính. Thực hiện quản lý tài chính theo qui của Nhà nước
- Là căn cứ các Viện, Trung tâm, Khoa, Phòng, Ban chức năng, đơn vị thuộc Bệnh viện và các đơn vị liên quan áp dụng trong việc quản lý, thanh toán các khoản chi tiêu, là cơ sở để thực hiện việc kiểm soát của Bệnh viện 108, Bộ quốc phòng, cơ quan tài chính và các cơ quan thanh tra, kiểm toán theo qui định
- Khuyến khích tăng thu tiết kiệm chi, thu hút và phát triển mọi nguồn lực đáp ứng nhu cầu ngày càng phát triển của Bệnh viện để nâng cao đời sống cho cán bộ nhân viên trong Bệnh viện.