Cuối tháng 9/1998, Quốc hội Nhật Bản đã thông qua Luật khôi phục hệ thống NH nhằm giải quyết khoản nợ khổng lồ. Nội dung cơ bản của luật này gồm: Lập một ủy ban khôi phục tài chính; Các NH thua lỗ bị phá sản theo Luật Phá sản và đặt dƣới sự quản lý của Nhà nƣớc theo 2 cách, hoặc là Chính phủ mua cổ phiếu của các NH bị phá sản, hoặc chuyển thành các NH cầu nối cho đến khi khu vực tƣ nhân mua lại; Cho phép NH Nhật mua lại NH phá sản hoặc Chính phủ sẽ tạm thời quốc hữu hóa,…
Ngày 12/10/1998, 8 dự án luật liên quan tới các NH bị phá sản đã đƣợc Quốc hội Nhật Bản phê chuẩn. Theo đó, Chính phủ có thể bơm tiền vào một số NH với một số điều kiện nhất định: Nếu NH có tỷ lệ vốn chủ sở hữu trên tổng tài sản cao hơn 4% thì Chính phủ có thể mua cổ phiếu thƣờng hay cổ phiếu ƣu đãi của NH nhƣng giám đốc của NH sẽ buộc phải từ chức, NH phải giảm số chi nhánh và phải đóng cửa chi nhánh ở nƣớc ngoài. Nếu tỷ lệ vốn chủ sở hữu trên tổng tài sản của NH thấp hơn 4% thì NH sẽ tạm thời bị quốc hữu hóa, sau đó phải ngừng hoạt động, sáp nhập với NH khác hoặc cắt giảm mạnh quy mô hoạt động.
Khoảng 18 nghìn tỷ yên từ công quỹ đƣợc chi ra để xử lý những NH bị phá sản theo quy định của các luật này và 25 nghìn tỷ yên nữa đƣợc rót vào các NH khỏe mạnh. Thủ tƣớng Nhật Bản Kenzo Obuchi hy vọng, các cuộc cải tổ NH sẽ đặt nền móng cho sự hồi phục của nền kinh tế đất nƣớc.
Chính phủ Nhật Bản bắt đầu phân chia các ngân hàng nƣớc này thành 2 nhóm: nhóm thứ nhất là các ngân hàng cho vay lành mạnh, sắp giải quyết dứt điểm các khoản nợ khó đòi; nhóm thứ hai là các ngân hàng đang phải vật lộn với nợ xấu. Mặc dù quy mô thực tế của nhóm thứ nhất nhỏ hơn rất nhiều so với nhóm thứ hai,
song nó là nơi tập trung những ngân hàng khổng lồ, khỏe mạnh nhất nhƣ Bank of Tokyo Mitshubishi Ltd., Sumitomo Bank Ltd., Sanwa Bank Ltd., Asahi Bank Ltd., Tokai Bank Ltd., là điểm tựa cho quá trình phục hồi của toàn bộ hệ thống này.
Sự phân chia này, theo các nhà phân tích, sẽ tạo ra sự phân cực rõ ràng, nhất là trong hoạt động kinh doanh chứng khoán, mà kết quả của sự phân cực này là các ngân hàng nhỏ sẽ ngày càng khó khăn hơn trên Thị trƣờng chứng khoán. Bank of Tokyo Mitsubishi Ltd., ngân hàng lớn nhất Nhật Bản và lớn thứ 2 thế giới cũng đã phải sa thải 1/6 số cán bộ và bán đi một phần chi nhánh Union Bank of Califonia tại Mỹ.
Bên cạnh việc xin bơm vốn, các ngân hàng cũng thành lập các liên minh. Chẳng hạn, Ngân hàng Sumitomo Trust với Công ty Sumitomo; Daiichi Kangyo và Fuji sáp nhập các công ty con trong lĩnh vực ngân hàng và có kế hoạch mua công ty quản lý tài sản của Yasuda Trust. Trƣớc khi Ngân hàng Tín dụng Nhật Bản bị quốc hữu hóa, họ đã có kế hoạch sáp nhập với Chuo Trust and Banking, đây cũng là một hƣớng đi khả thi về lâu dài.