Việc định giá giao dịch là một nội dung quan trọng của quy trình thực hiện M&A ngân hàng bởi nó là yếu tố phản ánh chi phí mà các bên tham gia phải bỏ ra. Ngân hàng bên mua thƣơng vụ M&A sẽ phải tiến hành định giá giao dịch sau khi xác định đƣợc ngân hàng mục tiêu. Định giá giao dịch phải đảm bảo xác định đƣợc mức giá phù hợp trả cho mỗi cổ đông của ngân hàng mục tiêu. Việc định giá trong các thƣơng vụ M&A ngân hàng đƣợc đánh giá là khá khó khăn, phức tạp do đặc thù hoạt động ngân hàng là trung gian tài chính, tài sản thƣờng là tài sản tài chính, tài sản vô hình…Để hạn chế rủi ro trong quá trình định giá, bên mua thƣờng thuê các tổ chức định giá độc lập nhiều kinh nghiệm nhằm đƣa ra đƣợc mức giá phù hợp, khách quan.
Nguyên tắc định giá trong thƣơng vụ M&A ngân hàng là phải xác định đƣợc giá trị thực của ngân hàng ở hiện tại cũng nhƣ những giá trị cộng hƣởng mang lại sau khi thực hiện M&A. Giá trị thực đƣợc định giá thông qua việc ƣớc lƣợng giá trị tổ chức trên cơ sở đánh giá các chính sách hiện tại trong đầu tƣ tài chính và cổ tức, thƣờng áp dụng phƣơng pháp chiết khấu dòng tiền, phƣơng pháp hệ số giá/thu nhập hoặc phƣơng pháp tài sản. Giá trị cộng hƣởng từ thƣơng vụ M&A đƣợc hiểu là giá trị gia tăng cho ngân hàng sau khi thƣơng vụ thành công. Robert G Eccles và cộng sự (1999) đƣa ra 5 giá trị cộng hƣởng mang lại cho bên mua gồm tiết kiệm chi phí, tăng doanh thu, cải tiến quy trình hoạt động, lợi ích về tài chính và thuế.