Chi phí sản xuất và giá thành sản phẩm là hai mặt biểu hiện của quá trình sản xuất, chúng có mối quan hệ gắn bó chặt chẽ với nhau. Điều này được thể hiện ở chỗ: chi phí sản xuất là cơ sở tạo nên giá thành sản phẩm, còn giá thành sản phẩm là thước đo chi phí sản xuất đã bỏ ra để có được sản phẩm đó. Trong quan hệ này chi phí sản xuất và giá thành sản phẩm vừa có điểm giống nhau vừa có điểm khác nhau. Chi phí sản xuất và giá thành sản phẩm giống nhau về chất vì đều cùng biểu hiện bằng tiền những hao phí về lao động sống và lao động vật hóa mà doanh nghiệp đã bỏ ra trong quá trình sản xuất. Tuy nhiên, chúng có sự khác nhau về mặt lượng và thời gian thể hiện ở các điểm sau: CPSX dược phẩm là những chi phí mà doanh nghiệp đã chi ra để sản ra dược phẩm trong một thời kỳ nhất định không phân biệt loại dược phẩm nào, đã hoàn thành hay chưa, còn khi nói đến giá thành dược phẩm sản xuất ra là xác định một lượng chi phí sản xuất nhất định, tính cho một đại lượng kết quả hoàn thành nhất định. CPSX bao gồm toàn bộ chi phí sản xuất dược phẩm hoàn thành, dược phẩm làm dở còn giá thành dược phẩm chỉ bao gồm những chi phí liên quan đến dược phẩm hoàn thành. Tại thời điểm tính giá thành có thể có một khối lượng dược phẩm chưa hoàn thành, chứa đựng một lượng chi phí cho nó đó là CPSX dở dang cuối kỳ và đầu kỳ có thể có một khối lượng dược phẩm sản xuất
chưa hoàn thành ở kỳ trước chuyển sang để tiếp tục sản xuất, như vậy giá thành sản phẩm hoàn thành trong kỳ bao gồm chi phí sản xuất của kỳ trước chuyển sang và không bao gồm chi phí của sản phẩm làm dở cuối kỳ.
Chi phí sản xuất là cơ sở để tính giá thành sản phẩm và tập hợp chi phí sản xuất cũng giúp cho công tác tính giá thành sản phẩm từng giai đoạn để xem xét, đánh giá tình hình tiết kiệm hay lãng phí, sản xuất chi có hợp lý hay không. Giá thành sản phẩm là chỉ tiêu kinh tế tổng hợp phản ánh kết quả việc sử dụng các tài sản trong quá trình sản xuất kinh doanh cũng như tính đúng đắn của những quyết định của nhà quản lý trong mục tiêu tiết kiệm chi phí, hạ thấp giá thành và nâng cao lợi nhuận.