Như đã đề cập ở phần trên, tại ĐBSCL, bốn tuyến kênh chính đều nhập vào một tuyến kênh duy nhất là kênh Chợ Gạo nối vào các cảng trên sông Sài Gòn. Kênh Chợ Gạo dài 28,5 km trong đó có đoạn giữa dài 11,7km với bề rộng đáy 25m và chiều sâu 2,5m. Lưu lượng giao thông trung bình trên kênh Chợ Gạo là 1,350 lượt tàu/xà lan và 15 lượt tàu khách. Từ năm 2009, Bộ GTVT đã cho lập các trạm điều tiết trên tuyến, do đó ùn tắc giảm nhưng vẫn còn tồn tại ảnh hưởng nghiêm trọng đến chuỗi cung ứng gạo (xem hộp 4.1).
Nguồn: Báo cáo kỹ thuật, Đề xuất Dự án nâng cấp kênh Chợ Gạo, Ngân Hàng Thế Giới 2012.
Hộp 4.1: Kênh Chợ Gạo
Kênh Chợ Gạo là một trong những tuyến đường thủy có lưu lượng giao thông cao nhất tại Việt Nam, kết nối vùng ĐBSCL với TPHCM. Kênh được xây dựng năm 1877 và bắt đầu đi vào hoạt động đầu những năm 1900, dài 28,6km. Kênh Chợ Gạo hẹp, nhưng có vị trí trọng yếu nối các sông rộng và có năng lực cao hơn rất nhiều là sông Tiền và sông Vàm Cỏ ở hai đầu kênh. Việc lưu lượng vận tải và kích cỡ tàu vận chuyển tăng mạnh trong những năm vừa qua làm cho kênh trở thành điểm nghẽn trọng yếu đối với vận tải hàng hóa đường thủy trong vùng. Tắc nghẽn giao thông do điểm nghẽn này không những làm tăng chi phí logistics đối với các hãng tàu xuất-nhập khẩu và trong vùng mà còn dẫn đến mất an toàn cho tàu bè qua lại (ví dụ tăng tỷ lệ va đập và va vào vật trôi nổi) và sạt lở bờ kênh (với các hậu quả xã hội và môi trường nghiêm trọng). Năm 2001, trong khuôn khổ Dự án khôi phục cảng và đường thủy nội địa Việt Nam do Ngân hàng Thế giới tài trợ, tuyến kênh đã được nạo vét và cải tạo đạt tiêu chuẩn quốc gia cấp III. Từ khi dự án hoàn thành, lưu lượng vận tải qua kênh tăng từ 16,9 triệu tấn năm 1995 lên 65 triệu tấn năm 2010. Hiện tại, hàng ngày có khoảng 1,400 lượt tàu thuyền với trọng tải từ 200 DWT đến 1000 DWT đi lại trên tuyến kênh, những ngày cao điểm có thể lên tới 1,800 tàu thuyền. Ngoài những hạn chế về năng lực trên tuyến kênh Chợ Gạo, các tuyến vận tải đường thủy khác từ/đến TPHCM và Cần Thơ còn xa mới thỏa mãn nhu cầu vận tải. Một lựa chọn khác cho các hãng vận tải là bỏ qua các cảng TPHCM và sử dụng Cần Thơ làm cửa ngõ giao thương khu vực ĐBSCL. Tuy nhiên, các tàu lớn không vào được cảng Cần Thơ do cửa Định An bị sa bồi. Việc nâng cấp tuyến kênh Chợ Gạo lên cấp II (Chiều rộng đáy luồng B = 80m, chiều sâu chạy tàu H = 4m, bán kính cong tối thiểu R = 500m, tĩnh không T = 9m) được ước tính khoảng 4,221 tỷ VND (tương đương 211 triệu USD). Ba năm sau khi dự án được phê duyệt, mới có rất ít công việc được thực hiện và đó là lý do Ngân hàng được yêu cầu trợ giúp. Câu hỏi đặt ra và hiện vẫn đang được Ngân hàng Thế giới nghiên cứu là vấn đề có thể sẽ rộng hơn nhiều và cần tiếp cận trên cả mạng lưới để tránh tình trạng điểm tắc nghẽn sẽ lại dịch chuyển sang vị trí khác.