Như đã nêu trên, nhiều cơ quan khác ngoài Tổng cục Hải quan cũng đóng vai trò đáng kể trong quản lý nhà nước về hàng hóa xuất nhập khẩu và quá cảnh tại Việt Nam. Các cơ quan này bao gồm, và không chỉ là Bộ Công Thương, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ Văn hóa và Thông tin, Bộ Y tế, Bộ Công an, và Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Một yếu tố ngày càng quan trọng quyết định khả năng cạnh tranh của các quốc gia đang phát triển ở các thị trường nước ngoài là khả năng của các nhà xuất khẩu trong việc đáp ứng các tiêu chuẩn và yêu cầu kỹ thuật của bên mua. Những yêu cầu đó bao gồm các chuẩn mực về an toàn và sức khỏe do chính phủ của các quốc gia nhập khẩu đề ra và thực thi. Điều này đòi hỏi phải có một hệ thống đánh giá tuân thủ, bao gồm kiểm tra, thí nghiệm, xác minh, và chứng nhận. Sự phức tạp và đa dạng của các chuẩn mực ngày càng tăng nhằm đảm bảo chất lượng hàng hoá giao thương, đồng thời cũng làm tăng đáng kể các chi phí liên quan đến đánh giá tuân thủ. Các chuẩn mực này có thể tạo thành các rào cản thương mại, nếu thiếu sự minh bạch và được áp dụng theo cách phân biệt đối xử. Hiệp định về Hàng rào Kỹ thuật trong thương mại (hiệp định TBT) và Hiệp định về các Biện pháp Vệ sinh An toàn Thực phẩm và Kiểm dịch Động thực vật (hiệp định SPS) của WTO là những hướng dẫn quan trọng trong lĩnh vực này. Tuy nhiên, việc triển khai hiệu quả nhất những công cụ này đòi hỏi sự phối hợp giữa các cơ quan liên quan.
Trong khi chính phủ và các đối tác phát triển hết sức quan tâm đến các cơ chế về rào cản kỹ thuật trong thương mại (TBT) và các biện pháp Vệ sinh An toàn Thực phẩm và Kiểm dịch Động thực vật(SPS) của Việt Nam, hiện tại Việt Nam mới chú trọng tăng cường kiểm soát và năng lực thể chế, và còn thiếu quan tâm đến việc xử lý gánh nặng hành chính liên quan đến việc đáp ứng các yêu cầu cụ thể. Mặc dù không nên nhân nhượng các mục tiêu chính đáng của quốc gia, có nhiều cách để tăng cường sự tuân thủ và đồng thời giảm chi phí giao dịch và thời gian chậm chễ hành chính. Ví dụ, các nỗ lực nhằm cải thiện các hệ thống quản lý rủi ro và phân tích hồ sơ tuân thủ có thể đem lại mong muốn nâng cao mức độ tuân thủ. Đồng thời, chi phí thực thi hiệu lực sẽ giảm xuống qua kiểm tra có chọn lọc và cấp phép theo thời gian cụ thể thay vì theo từng lô hàng và sử dụng các kỹ thuật lấy mẫu hợp lý thay vì kiểm tra chung chung, vừa tốn kém vừa mất thời gian. Mặc dù cơ chế kiểm soát chất lượng thủy sản của chính phủ đã nhận được nhiều quan tâm và được coi như mô hình cho các mặt hàng khác tại Việt Nam, chắc chắn việc xét nghiệm khắt khe trong phòng thí nghiệm sẽ làm gia tăng đáng kể chi phí đối với xuất khẩu thủy sản (mặt hàng vốn chịu sự cạnh tranh gay gắt từ phía Thái Lan) và làm kéo dài thời gian đóng gói và giao hàng. Hơn nữa, các tiêu chuẩn sản phẩm khắt khe cũng được các nước nhập khẩu và người mua áp dụng, tạo động lực lớn cho việc tự đưa ra chính sách đảm bảo chất lượng sản phẩm. Do vậy, Việt Nam cần tập trung hơn nữa vào nâng cao nhận thức của các nhà sản xuất và xuất khẩu trong nước về sản phẩm cũng như hiểu biết về các yêu cầu của nhà nhập khẩu.
Những phỏng vấn được thực hiện trong một nghiên cứu gần đây của NHTG cho thấy hầu hết các cơ quan phi hải quan vẫn chưa tự động hóa và vẫn đang sử dụng các quy trình thủ công tốn kém và mất thời gian trong việc tiếp nhận, xử lý và cấp giấy phép và môn bài theo yêu cầu. Điều này cho thấy chính phủ cần quan tâm đổi mới và hiện đại hóa cơ quan hải quan để đảm bảo cân đối hiệu quả giữa các chức năng kiểm soát và thu ngân sách với vai trò tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại. Đối với các bộ và các cơ quan khác liên quan tới các quy định trong quản lý thương mại biên giới thì chức năng tạo thuận lợi thương mại cần được chú trọng. Một điểm khởi đầu hữu ích là khâu xuất khẩu, nơi mà vai trò của Hải quan được hạn chế một cách hợp lý, và cũng là nơi các biện pháp kiểm soát theo quy định đem lại tác động đáng kể về năng lực cạnh tranh quốc gia, đặc biệt trong các lĩnh vực nhạy cảm với chi phí thương mại.
Trong quá trình toàn cầu hóa, ngày càng có nhiều thỏa thuận khu vực và các hiệp định tự do mậu dịch (FTA) tạo động lực hoạt động thương mại cho một số đối tác nhất định. Xét về mặt hành chính, tình hình đang trở nên phức tạp do có quá nhiều loại Giấy chứng nhận Xuất xứ Hàng hóa với nhiều thủ đoạn gian lận về quốc gia xuất xứ. Để giải quyết hiệu quả vấn đề này, cần có sự hợp tác của các cơ quan cấp Giấy chứng nhận Xuất xứ Hàng hóa và hải quan là cơ quan chấp nhận và xác minh Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá. Một dẫn chứng về sự hợp tác giữa các cơ quan hữu quan của các nước xuất và nhập khẩu là sáng kiến gần đây về tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa. Điều này đòi hỏi nhiều nỗ lực cũng như sự phối hợp hơn nữa giữa các cơ quan quản lý biên mậu trong việc cân bằng thách thức giữa kiểm soát và thuận lợi hóa lĩnh vực quản lý biên giới.
Việc thực hiện quyền sở hữu trí tuệ (IPR) theo WTO đòi hỏi sự quyết tâm của chính phủ cũng như các cơ quan hữu quan. Hàng hóa vi phạm quyền sở hữu trí tuệ như hàng giả và hàng lậu, v.v, đã đặt ra các mối nguy hại lớn đối với sản xuất trong nước và xuất khẩu cũng như đe dọa tới sức khỏe và sự an toàn của người dân. Các cơ quan quản lý biên giới có vị thế tốt nhất để giải quyết vấn đề này. Các cơ quan này cần hợp tác chặt chẽ và thiết lập cơ sở dữ liệu chung về hàng hóa vi phạm quyền sở hữu trí tuệ để có thể áp dụng các kỹ thuật quản lý rủi ro nhằm kiểm soát vi phạm. Định hướng này đã được chính thức hóa trong chương trình Thực thi Chuẩn mực Hải quan Đồng bộ (SECURE) do Tổ chức Hải quan Thế giới khởi xướng.
5.7 Kết luận
Phần đánh giá tổng quát này đã trình bày chi tiết những thách thức trong việc đảm bảo tính hiệu quả của khuôn khổ quy định về thương mại qua biên giới. Các thách thức này phát sinh do sự gia tăng về lượng giao dịch biên mậu bất tương xứng với sự gia tăng về nguồn nhân lực và các nguồn lực khác dành cho công tác quản lý biên giới. Kết quả là chậm trễ kéo dài và tham nhũng -- bên cạnh các yếu tố khác như thiếu minh bạch và thiếu thông tin về thủ tục. Tình trạng trở nên xấu hơn do hệ thống công nghệ thông tin chưa đủ khả năng xử lý các quy trình theo chuẩn mực quốc tế. Một hệ thống hải quan hiện đại và được tự động hoá đầy đủ chính là điều kiện cần thiết để triển khai hiệu quả Cơ chế Hải quan Một cửa Quốc gia và Cơ chế Hải quan Một cửa ASEAN mà Việt Nam cam kết thực hiện. Việc xây dựng một hệ thống như vậy không chỉ đòi hỏi sự phối hợp giữa các cơ quan liên quan mà còn cần sự tham gia của các cơ quan này. Tầm quan trọng của việc phối hợp này nhấn mạnh rằng cơ quan hải quan không phải là đơn vị duy nhất chịu trách nhiệm vấn đề. Ví dụ, tất cả các cơ quan quản lý biên mậu đều đóng vai trò quan trọng trong việc thực hiện quyền sở hữu trí tuệ.
Một khuôn khổ quy định hiệu quả không thể tồn tại nếu thiếu các thể chế hỗ trợ mạnh tương xứng. Mặc dù các cơ quan liên quan cũng thuộc khuôn khổ các quy định, nhưng khuôn khổ thể chế còn bao hàm các chính sách mà các cơ quan liên quan phải thực hiện. Khuôn khổ thể chế này sẽ được bàn luận trong Chương 7.
Yếu kém trong chuỗi cung ứng hàng công nghiệp chế biến và sản phẩm nông nghiệp khiến cho Việt Nam khó có thể giảm chi phí xuất khẩu và thu được giá trị gia tăng cao hơn. Sự phụ thuộc quá nhiều vào nguyên liệu nhập khẩu đã tác động tiêu cực tới việc cắt giảm thời gian chờ và khả năng đáp ứng linh hoạt những thay đổi trên thị trường thế giới. Một yếu kém khác là khả năng tìm nguồn nguyên liệu, vốn chịu tác động bởi hạn chế pháp lý liên quan đến việc phát triển các tổ hợp sản xuất công-nông nghiệp quy mô lớn. Đặc biệt, xuất khẩu gạo theo Hợp đồng Chính phủ (G2G) đang chiếm ưu thế đã không khuyến khích sản xuất gạo chất lượng cao và đa dạng hóa sản phẩm. Phát triển các ngành phụ trợ, tuy mất nhiều thời gian hơn, nhưng sẽ giúp loại bỏ các hạn chế nêu trên. Tuy vậy, vấn đề tái cơ cấu và phát triển các trung tâm sản xuất hoặc phát triển ngành phụ trợ nhằm giảm chi phí nhằm nâng cao giá trị gia tăng vẫn chưa có được sự chú ý thích đáng.