Chưa có hệ thống chọn lọc, tiêu chuẩn hóa cho từng con giống, khiến cho quá trình nuôi trồng, sản xuất và chế biến sau này cho ra những thành phẩm kém chất lượng, không đồng đều. Còn nhiều cơ sở sản xuất giống chưa hoặc cố tình không chấp hành những quy định về điều kiện sản xuất, kinh doanh, hiên ngang vận chuyển nguồn giống trái phép chưa qua kiểm định trên địa bàn các tỉnh thành từ đó dẫn đến chất lượng sản phẩm sản xuất ra bị ảnh hưởng rất nhiều. Dan đến việc xuất khẩu ra các thị trường quốc tế trở nên khó khăn hơn và gây nên mất uy tín cho thủy sản Việt Nam.
Kế đến là sự thiếu hiểu biết và kỹ thuật hạn chế của người dân chăn nuôi trong việc sử dụng thức ăn thủy sản cũng dẫn đến thực trạng này. Mặc dù cũng đã có những biện pháp được triển khai nhưng chưa đồng b ộ, nhiều hộ dân vẫn sử dụng nguồn thức ăn rẻ, kém chất lượng để phục vụ cho quá trình chăn nuôi ở trên đại b àn các tỉnh nên không thể tránh khỏi tình trạng chất lượng sản phẩm thủy sản kém và ô nhiễm môi trường còn tồn tại. Và tất nhiên đến khi nào mà hiện tượng mua sản phẩm kém chất lượng để nuôi thủy sản vẫn còn tồn tại thì sẽ vẫn luôn còn những đơn vị kinh doanh thức ăn thủy sản thiếu trách nhiệm, giở “chiêu trò” giảm giá, khuyến mại để thu hút người dân dùng sản phẩm không đảm bảo chất lượng.
Còn về phía các chế phẩm sinh học, công tác quản lý mặt hàng này vẫn rất còn rất gian nan, tình trạng chế phẩm giả vẫn còn xuất hiện nên các cơ quan quản lý có liên quan cần phải có những biện pháp mạnh tay hơn nữa trong việc xử phạm các đơn vị kinh doanh chế phẩm kém chất lượng, giả mạo này để dần dần chất lượng nguồn giống được cải thiện hơn.
Nhiều doanh nghiệp chưa có kinh nghiệm trong việc tiếp thu các tiến bộ về khoa học kỹ thuật để áp dụng cho hoạt động sản xuất, nuôi trồng cũng là một trong những hạn chế chính cần phải khắc phục. Bên cạnh đó, cũng phái kể đến việc Việt Nam hiện nay chưa có nhiều các công trình nghiên cứu hay công nghệ mới mà áp dụng được vào thực tế để giảm chi phí cũng như giảm tác động tới môi trường.
Từ các hạn chế trên bản thân các doanh nghiệp kinh doanh trong lĩnh vực thủy sản, các bộ an ngành liên quan cũng như chính phủ cần phải tìm hiểu được nguyên nhân tạo ra những rào cản này để từ đó tìm hướng khắc phục và giải quyết.
Để phục vụ cho mục đích này, b ài khóa luận sẽ đưa ra một vài nguyên nhân dẫn đến những hạn chế đó góp phần phục vụ cho quá trình xanh hóa chuỗi cung ứng ngành thủy sản Việt Nam.