Trước đây, việc nhiễm Agrobacterium đã được thực hiện bằng cách nhỏ trực tiếp dịch treo lỏng Agrobacterium vào các cụm FEC trên môi trường rắn [19]. Tuy nhiên, trong nghiên cứu này, việc nhiễm Agrobacterium đã được sửa đổi bằng cách ngâm FEC trong dịch treo tế bào Agrobacterium trong 2-4 phút ở nhiệt độ phòng. Điều này cho phép Agrobacterium tiếp xúc hiệu quả cho quá trình lây nhiễm tiếp theo trên tế bào FEC tương tự như báo cáo của Nyaboga và cs (2013) và trong các cây trồng khác như chuối [70].
Khả năng chuyển gen thông qua vi khuẩn A. tumefaciens phụ thuộc khá nhiều vào đối tượng cây trồng và nguồn mẫu lây nhiễm. Một số cây trồng, đã sản sinh ra phytoxic trong quá trình sinh trưởng, chất này có khả năng ức chế rất mạnh sự sinh trưởng đối với vi khuẩn [37]. Khi được đồng nuôi cấy với FEC của sắn, sự sinh trưởng của vi khuẩn A. tumefaciens là khá mạnh và không phụ thuộc vào phương pháp lây nhiễm. Rõ ràng, trên đối tượng này, vi khuẩn A. tumefaciens dễ dàng sinh trưởng và
phát triển. Đây là một thuận lợi cho quá trình lây nhiễm nhưng lại là khó khăn ở giai đoạn kế tiếp. Thông thường, nếu vi khuẩn sinh trưởng và phát triển mạnh trong quá trình đồng nuôi cấy, quá trình phục hồi cũng như chọn lọc sau này sẽ rất khó khăn để loại bỏ được chính vi khuẩn này. Sau khi đồng nuôi cấy các vi khuẩn nên được loại bỏ để dừng quá trình chuyển gen nếu không các mô sẹo sẽ bị chết [23]. Vì vậy, cần xác định được mật độ khuẩn thích hợp cho chuyển gen và nồng độ kháng sinh thích hợp cho việc loại khuẩn thừa sau biến nạp.