Việc xác định mục tiêu là rất quan trọng để đưa ra một hệ thống QTRR thuế trong doanh nghiệp. Để giúp doanh nghiệp có thể nhận diện sớm từ đó có biện pháp để kiểm soát và giảm thiểu rủi ro có thể xảy ra, cần hướng tới loại mục tiêu tuân thủ là chấp hành và tuân theo các chính sách, pháp luật của nhà nước, thực hiện tốt nghĩa
vụ về thuế của mình. Mục tiêu chung này của doanh nghiệp cần được phổ biến, nêu rõ và coi đó là kim chỉ nan trong toàn doanh nghiệp như vậy mới có được sự thống nhất, ủng hộ và tác động lên cách thức hoạt động từ tất cả các bộ phận, phòng ban từ cấp quản lý tới cấp dưới, những người trực tiếp thực hiện trong một doanh nghiệp.
Trong những tình huống phát sinh cụ thể, cần có kế hoạch để xác định mục tiêu riêng nhằm mục đích tối thiểu hóa chi chí nhờ cân bằng giữa lợi ích doanh nghiệp
đạt được và chi phí tuân thủ đối với các trường hợp phát sinh riêng đó. Có thể lấy ví dụ như trong hoạt động của doanh nghiệp có những trường hợp doanh nghiệp không muốn hàng về trước, hóa đơn về sau, nhưng có thể có tình huống họ muốn kiểm tra chất lượng hàng hóa rồi sau đó mới nhập kho, trong trường hợp này việc xuất hóa đơn sau khi kiểm tra chất lượng lô hàng là sai theo quy định, nhưng để cân đối với lợi ích của doanh nghiệp, doanh nghiệp nên xử lý bằng cách yêu cầu người bán xuất hóa đơn ghi rõ là xuất hóa đơn cho lô hàng ngày nào, tránh giải quyết bằng các hành vi phạm pháp như đi mua hóa đơn... khi đó bên bán chịu vi phạm xuất hóa đơn sai thời điểm có thể bị phạt từ 4 triệu - 8 triệu đồng, tuy nhiên bên mua có thể chịu chấp nhận hy sinh số tiền này để thỏa thuận với bên bán, giúp cứu khoản chi phí lớn của doanh nghiệp và giúp cho doanh nghiệp được an toàn.
Để có thể lập kế hoạch xác định các mục tiêu cụ thể như trên trước hết cần phân tích rõ về các đặc điểm của doanh nghiệp mình như loại hình của doanh nghiệp là gì? Lĩnh vực, mặt hàng kinh doanh? Phạm vi hoạt động?... Để đảm bảo có thể bao quát và kiểm soát được toàn bộ, việc lập kế hoạch này sẽ hiệu quả hơn khi bám sát theo các các quy trình hoạt động đã được xây dựng thực hiện trước đó của doanh nghiệp như các quy trình của hoạt động SXKD trong doanh nghiệp đồng thời cần có một hệ thống thông tin truyền thông theo định kì từ các bộ phận trực tiếp thực hiện để đảm bảo có những điều chỉnh kịp thời cho cấp trên. Cần lưu ý quán triệt rõ ràng55
lợi ích và chi phí giúp tối ưu hóa cho doanh nghiệp tránh việc xây dựng mục tiêu theo
hướng nhằm lách thuế, trốn thuế. Điều này sẽ càng khiến doanh nghiệp gặp phải những rủi ro nghiêm trọng hơn.