Tính đồng bộ của hệ thống pháp luật thể hiện sự thống nhất của nó. Khi xem xét mức độ hồn thiện của một hệ thống pháp luật cần phải chú ý xem xét giữa các bộ phận của hệ thống đó có trùng lặp, chồng chéo hay mâu thuẫn hay khơng [103, tr.407]. Trên cơ sở đó, tính đồng bộ thống nhất của pháp luật KTSTQ được thể hiện:
- Pháp luật về KTSTQ phải đảm bảo sự đồng bộ với toàn bộ hệ thống pháp luật; sự thống nhất giữa văn bản Luật và các văn bản dưới Luật hướng dẫn thi hành; thống nhất giữa pháp luật hải quan nói chung, pháp luật về KTSTQ nói riêng với các lĩnh vực pháp luật khác như: pháp luật về thuế, pháp luật về sở hữu trí tuệ, pháp luật về xuất xứ hàng hóa, pháp luật doanh nghiệp, pháp luật tài chính - ngân hàng, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính, tố tụng hành chính, hình sự, tố tụng hình sự...
- Trong xu thế hội nhập quốc tế, hội nhập hải quan, hoàn thiện pháp luật KTSTQ phải tính đến sự tương đồng, hạn chế sự khác biệt với thông lệ quốc tế và pháp luật của các quốc gia khác, đặc biệt là các quốc gia trong khu vực. Pháp luật về KTSTQ phải tiệm cận với sự phù hợp chuẩn mực pháp lý quốc tế mà các nước ký kết hoặc tham gia.
Các chuẩn mực quốc tế về KTSTQ được WCO nêu tại Cơng ước Kyoto ngày 18/5/1973, có hiệu lực ngày 25/9/1974. Cho đến những năm sau này, trong quá trình nghiên cứu áp dụng biện pháp quản lý mới tại một số nước theo yêu cầu của hải quan hiện đại thì hoạt động nghiệp vụ này mới được WCO đưa vào chương trình chính thức tại Cơng ước Kyoto sửa đổi tháng 9/1999 với tên gọi là kiểm tốn sau thơng quan. WCO đã khuyến nghị các nước thành viên nhanh chóng hồn chỉnh và tiến tới áp dụng rộng rãi hệ thống kiểm tra hàng hóa sau khi thơng quan nhằm tạo thuận lợi nhất cho thương mại [46].
Đối với các nước trong khối ASEAN, xuất phát điểm mang tính pháp lý đầu tiên về quan hệ hợp tác Hải quan trong ASEAN là việc các nước thành
viên tham gia ký kết Hiệp định Hải quan ASEAN năm 1997, được thay thế bằng Hiệp định Hải quan ASEAN năm 2012. Trên cơ sở đó, cơ quan Hải quan các nước ASEAN thực hiện chương trình hợp tác về Hải quan và những chương trình khác theo các cam kết liên quan đến hợp tác kinh tế của các nước thành viên, nhằm thiết lập một mơi trường hải quan hài hịa để thúc đẩy các hoạt động thương mại. Về KTSTQ, mục đích của cộng đồng Hải quan ASEAN là hài hịa hóa các thơng lệ và thủ tục KTSTQ để tạo thuận lợi cho thương mại và bảo vệ hiệu quả số thu thuế do Hải quan đảm nhiệm. Nhằm thực hiện được mục đích đó, các hoạt động cần thiết mà Hải quan các nước thành viên phải tiến hành trên cơ sở thống nhất nội dung là thúc đẩy và duy trì chuẩn mực Hướng dẫn thực hiện KTSTQ ASEAN; Đưa các quy định và quy tắc cơ bản vào khung pháp lý của cơ quan Hải quan các nước thành viên; Hài hịa hóa thủ tục KTSTQ và các hoạt động thực tiễn ở cấp khu vực; Xây dựng và duy trì các module đào tạo về KTSTQ. Trên cơ sở thống nhất chung về các nội dung tiến hành, cộng đồng Hải quan ASEAN đã xây dựng chuẩn mực Hướng dẫn thực hiện KTSTQ (ASEAN PCA Manual), có tính bắt buộc đối với các nước thành viên.
Như vậy, để đảm bảo cho pháp luật về KTSTQ thực sự là một hệ thống hoàn thiện, các quốc gia trong quá trình xây dựng pháp luật phải đảm bảo việc nội luật hóa chuẩn mực hải quan quốc tế và khu vực trong lĩnh vực hải quan nói chung và KTSTQ nói riêng. Đó là tiêu chí thiết yếu để hoàn thiện pháp luật KTSTQ đối với bất kỳ một quốc gia nào.