Như chúng ta đã biết, kiểm soát nội bộ là xem xét, đối chiếu và đánh giá tính tuân thủ của các hoạt động, nghiệp vụ, quyết định, chính sách… so với luật và các
quy định của cơ quan quản lý nhà nước. Tại các TCTD, kiểm soát nội bộ là tổng thể hệ thống các văn bản và các quy định về ngân hàng, các cơ chế kiểm soát được cài đặt trong tất cả các nghiệp vụ thuộc hệ điều hành của ngân hàng, hệ thống thông tin báo cáo. Cơ chế kiểm soát nội bộ được thiết lập do nhu cầu kiểm soát các hoạt động quản lý, điều hành, tác nghiệp và đảm bảo tính tuân thủ nhằm hạn chế và kiểm soát những rủi ro có thể phát sinh trong quy trình nghiệp vụ và hoạt động của ngân hàng.
Hiện nay, hoạt động kiểm tra, kiểm soát nội bộ tại các NHTM nói chung và tại chi nhánh nói riêng vẫn còn nhiều bất cập so với các chuẩn mực kiểm soát nội bộ quốc tế. Trong các văn bản liên quan đến hoạt động kiểm tra, kiểm toán vẫn chưa cụ thể hóa nhiệm vụ, quyền hạn của kiểm tra nội bộ và kiểm toán nội bộ trong hệ thống giám sát; chưa phân định rõ các khái niệm liên quan đến hoạt động kiểm tra, kiểm toán nội bộ; các luật và văn bản luật đều quy định bộ máy kiểm toán nội bộ trực thuộc Tổng giám đốc, trong khi Tổng giám đốc và ban điều hành đều là đối tượng của kiểm soát nội bộ.
Cần áp dụng nhiều phương thức kiểm tra để đem lại hiệu quả tốt nhất, cụ thể như sau:
Các cán bộ làm công tác kiểm soát nội bộ có trách nhiệm kiểm tra chéo việc áp dụng nghiệp vụ theo đúng quy trình.
Mỗi quy trình phải có sự tham gia ít nhất là hai người, phân công trách nhiệm kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ và chi tiết cho từng nhân viên khi tham gia quy trình.