Một trong những vấn đề thường được đề cập nhiều nhất hiện nay về khu công nghiệp, đó là công tác quy hoạch. Nhìn chung, chất lượng quy hoạch còn thấp, việc hình thành, phân bố các KCN còn dàn trải, xác định quỹ đất cần dùng thiếu căn cứ khoa học.
Kể từ năm 1993, cùng với việc ban hầnh Luật Bảo vệ môi trường, Nhà nước ta đã có nhiều nỗ lực để ngăn chặn ô nhiễm môi trường và cải thiện môi trường, nhất là ở các đô thị và các trung tâm công nghiệp lớn. Bên cạnh lý do nền kinh tế quá dựa vào việc khai thác tài nguyên thiên nhiên và những nguyên nhân khác, còn do những thiếu sót trong việc thiếu cân nhắc vấn đề bảo vệ môi trường vào ngay trong quá trình hoạch định các quy hoạch phát triển. Các quy hoạch phát triển nói chung, và quy hoạch phát triển KCN nói riêng thường quá chú trọng tới vấn đề tăng trưởng kinh tế, khai thác tài nguyên mà xem nhẹ yếu tố bảo vệ môi trường, xem nhẹ những tác động tới môi trường của các bản quy hoạch phát triển đó; chưa coi quy hoạch môi trường là một bộ phận không thể thiếu. Các yếu tố môi
trường chưa được phát hiện và đánh giá một cách toàn diện trên cơ sở phát triển bền vững; trong quy hoạch thì các vấn đề môi trường được đề cập đến không theo một trình tự và phương pháp thống nhất, mức độ, chiều sâu xử lý vấn đề không giống nhau, nhiều vấn đề môi trường bị bỏ sót.
Thực tế có nhiều dự án được triển khai phù hợp với quy hoạch phát triển của địa phương. Nhưng khi các nhà quản lý môi trường tiến hành thẩm định Báo cáo đánh giá tác động môi trường (ĐTM) mới thấy rằng các dự án này hoàn toàn không có lợi về mặt môi trường, thậm chí còn gây ra nhiều tác động xấu tới môi trường của địa phương đó. Mâu thuẫn giữa quy hoạch phát triển với các vấn đề phát triển của địa phương được thể hiện rõ.
Nói cách khác, trong các bản quy hoạch phát triển dường như chưa có sự cân nhắc tới cac yếu tố môi trường. Điều đó cũng cho thấy chúng ta mới chỉ xem xét tác động tới môi trường của một dự án mà chưa có một cái nhìn tổng hợp về xu hướng tác động tới môi trường của một bản quy hoạch phát triển, chưa giải quyết triệt để mâu thuẫn giữa môi trường và phát triển trong tương lai.