Để đảm bảo tính khoa học, minh bạch trong phân bổ kinh phí, Bộ NN&PTNT cần đổi mới cơ chế phân giao dự toán theo cơ chế đặt hàng trong đào tạo bồi dưỡng theo nhu cầu thực tế của các cơ quan đơn vị quản lý sử dụng CCVC. Mặt khác, các nhiệm vụ đào tạo bồi dưỡng cán bộ công chức của Bộ cần được tập trung ở các Trường Cán bộ quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các trường đại học thuộc Bộ, từ đó việc quản lý điều hành ngân sách nguồn kinh phí đào tạo bồi dưỡng cán bộ công chức chặt chẽ, có hiệu quả và tiết kiệm hơn. Các đơn vị trong Bộ NN&PTNT đặt hàng với các cơ sở đào tạo trong đó có Trường Cán bộ quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn I và II để thực hiện chương trình đào tạo, bồi dưỡng. Đặc biệt là những chương trình đặc thù, chương trình đòi hỏi phải có kiến thức chuyên sâu…
Để hạn chế tình trạng kế hoạch đào tạo lập ra không thực hiện được (nhu cầu không có, không tổ chức được lớp ĐTBD do không có người học hoặc do thiếu kinh phí) thì việc lập kế hoạch đào tạo cần được tổng hợp dựa trên khảo sát nhu cầu đào tạo bồi dưỡng thực tế của các đơn vị và dựa vào chủ trương chính sách phát triển nguồn nhân lực từ đó xây dựng kế hoạch đào tạo bám sát mục tiêu, yêu cầu của Bộ, của ngành. Theo đó, Bộ cần xây dựng cơ chế đề cao trách nhiệm của người đứng đầu đơn vị sử dụng cán bộ, công chức, viên chức trong việc xác định nhu cầu và cử cán bộ, công chức, viên chức tham dự các khóa đào tạo, bồi dưỡng, bảo đảm hiệu quả gắn với yêu cầu công việc; cơ chế khuyến khích cán bộ, công chức, viên chức học và tự học để đáp ứng yêu cầu trình độ theo quy định, không ngừng nâng cao trình độ và năng lực làm việc.
Ngoài ra, để tránh việc phải xin phê duyệt điều chỉnh dự toán (do không xác định được số lượng học viên đăng ký nhập học, thay đổi địa điểm tổ chức lớp ĐTBD, tăng giảm bổ sung các lớp ĐTBD trong năm) thì việc lập dự toán cần được tính toán xây dựng các nội dung chi theo thực tế phát sinh nhưng vẫn phải bảo đảm đúng chính sách, chế độ và các nguyên tắc, tiêu chí, định mức phân bổ dự toán chi, chi trong phạm vi dự toán được giao, hạn chế tối đa việc điều chỉnh dự toán.