Tiền thân của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn là Bộ Canh nông, thành lập ngày 14 tháng 11 năm 1945, trên cơ sở Nha Nông-Mục-Thủy lâm thuộc Bộ Kinh tế quốc gia. Sau khi kiểm soát hoàn toàn miền Bắc, tháng 2 năm 1955, chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa thành lập Bộ Nông lâm, thay cho Bộ Canh nông cũ. Đến cuối năm 1960 tách Bộ Nông lâm thành 4 tổ chức: Bộ Nông nghiệp, Bộ Nông trường, Tổng cục Thủy sản và Tổng cục Lâm nghiệp. Đến tháng 12 năm 1969, Bộ Lương thực và Thực phẩm được thành lập trên cơ sở hợp nhất Tổng cục Lương thực với ngành Công nghiệp chế biến thực phẩm tách từ Bộ Công nghiệp nhẹ ra.
Ngày 1 tháng 4 năm 1971, Ủy ban Thường vụ Quốc hội Việt Nam Dân chủ Cộng hòa phê chuẩn việc thành lập Ủy ban Nông nghiệp Trung ương trên cơ
sở hợp nhất Bộ Nông nghiệp, Bộ Nông trường và Ban quản lý hợp tác xã sản xuất nông nghiệp.
Năm 1976, Ủy ban Nông nghiệp Trung ương được đổi tên lại thành Bộ Nông nghiệp với Bộ trưởng là ông Võ Thúc Đồng. Đồng thời, Bộ Hải sản cũng được thành lập trên cơ sở của Tổng cục Thủy sản, do Phó thủ tướng Võ Chí Công kiêm Bộ trưởng; và Bộ Lâm nghiệp được thành lập trên cơ sở của Tổng cục Lâm nghiệp, do ông Hoàng Văn Kiểu làm Bộ trưởng.
Tháng 1 năm 1981, Bộ Lương thực và Thực phẩm giải thể, thành lập 2 Bộ mới là Bộ Lương thực và Bộ Công nghiệp Thực phẩm. Đến tháng 7 cùng năm, Bộ Thủy sản được thành lập trên cơ sở Bộ Hải sản.
Ngày 16 tháng 2 năm 1987, Hội đồng Nhà nước ra Nghị quyết số 782/NQ-HĐNN7 về việc thành lập Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm trên cơ sở sáp nhập 3 Bộ: Nông nghiệp, Lương thực và Công nghiệp thực phẩm.
Từ ngày 3/10-28/10/1995, tại kỳ họp thứ 8 của Quốc hội khoá 9 thông qua Nghị định về việc thành lập Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trên cơ sở hợp nhất 3 Bộ: Bộ Lâm nghiệp, Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm và Bộ Thủy lợi. Ngày 31 tháng 7 năm 2007, Quốc hội Việt Nam ra Nghị quyết nhập Bộ Thủy sản vào Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn.