Bên cạnh những kết quả đạt được, còn có nhiều hạn chế, khó khăn và thách thức:
Cơ chế chính sách chưa kịp thời và đầy đủ, chậm được đổi mới. Một số văn bản quyết định của cấp Trung ương có sự thay đổi nhưng khi thực hiện không có sự thống nhất chung dẫn đến lúng túng trong triển khai, thành phố chưa kịp điều chỉnh cho phù hợp. Trong khi Chính phủ ban hành nghị định 117/2007/NĐ-CP vào năm 2007 và tiến hành sửa đổi, bổ sung tại nghị định số 124/2011/NĐ-CP năm 2011 quy định về sản xuất, cung cấp và tiêu thụ nước sạch thì căn cứ trên cơ sở đó UBND thành phố ban hành quyết định số 69/2013/QĐ-UBND vào năm 2013 và tiến hành sửa đổi, bổ sung tại quyết định số 17/2017/QĐ-UBND vào năm 2017 quy định về sản xuất, cung cấp, sử dụng nước sạch và bảo vệ các công trình cấp nước trên địa bàn thành phố Hà Nội. Có thể thấy được rằng, cùng trong một lĩnh vực cấp nước nhưng việc cụ thể hóa và ban hành văn bản ở Hà Nội là chậm trễ và rườm rà. Thay vì ban hành văn bản rồi sửa đổi, bổ sung thì Hà Nội chỉ cần ban hành một văn bản quy định trong hoạt động cấp nước căn cứ trên văn bản sửa đổi mới nhất về lĩnh vực cấp nước mà Chính phủ đã ban hành.
Trong công tác quy hoạch chưa thực sự đồng bộ với những lĩnh vực khác của hạ tầng kỹ thuật như: cấp điện, thoát nước, giao thông, thông tin liên lạc. Đồng bộ ở đây là sự ăn khớp, nhịp nhàng của các lĩnh vực về mặt không gian và thời gian chỉ cần một trong 2 yếu tố này thay đổi sẽ khiến cho hoạt động của các lĩnh vực khác hoặc là ngưng trệ hoặc là bị đảo lộn. Ví dụ, hiện nay hệ thống cấp nước và thoát nước của Hà Nội vẫn đang được khai thác sử dụng
trong một không gian, nghĩa là đường ống cấp nước cho các hộ gia đình nằm trọn trong hệ thống thoát nước hết sức thô sơ. Nếu như trong trường hợp xảy ra sự cố vỡ đường ống dẫn nước hay rò rỉ thì nước thải sinh hoạt rất dễ xâm nhập vào hệ thống cấp nước sạch, ảnh hưởng của nó là rất nghiêm trọng. Công tác phối hợp giữa các Sở, ban ngành chưa thực sự chặt chẽ. Công tác quy hoạch cấp nước cho thành phố đã có tuy nhiên tính kết nối với các địa phương, các quy hoạch vùng, các quy hoạch chi tiết còn thiếu hoặc chưa đầy đủ; còn có những khác biệt giữa quy hoạch lãnh thổ và quy hoạch ngành; chất lượng quy hoạch chưa cao, nhất là tính dự báo và những số liệu điều tra, khảo sát cơ bản. Các quy hoạch như quy hoạch xây dựng, quy hoạch giao thông, quy hoạch bưu chính viễn thông, quy hoạch điện lực, quy hoạch thoát nước và vệ sinh môi trường, quy hoạch cấp nước còn độc lập với nhau chưa có sự phối hợp đồng bộ thậm chí chồng chéo, chưa thực hiện ngầm hóa được những lĩnh vực này. Khi thực hiện quy hoạch dẫn đến tình trạng những hạng mục công trình xây dựng chấp vá, phá đi làm lại nhiều lần, ảnh hưởng nặng nề đến chất lượng công trình, gây nên lãng phí. Việc lựa chọn các giếng khoan để thực hiện khai thác chưa thật hợp lý, các trạm vận hành chưa được bao lâu thì hết nguồn nước. Đặc biệt, hệ thống các đường ống, vị trí nhiều tuyến ống mang tính nhất thời, không đồng bộ với các quy hoạch khác, rất nhiều tuyến ống phải di rời nhường chỗ cho công trình xây dựng mới, cho tái định cư, không ít tuyến ống trước đây năm ở lề đường bây giờ lại ở tim đường, dễ hư hỏng và gây khó khăn cho công tác bảo dưỡng, quản lý.
Do tốc độ đô thị hóa tăng nhanh, cộng với sự gia tăng dân số, nên việc đầu tư phát triển cấp nước chưa đáp ứng kịp yêu cầu, có sự chênh lệch trong đầu tư vào phát triển nguồn và phát triển mạng lưới dẫn đến hệ quả là năng lực truyền tải không tương xứng với công suất cấp nước của hệ thống. Hiện nay trên địa bàn thủ đô Hà Nội vẫn không cung cấp đủ lượng nước sạch cho nhu cầu sinh hoạt của người dân thành phố, đặc biệt vào các dịp cao điểm. Ngoài ra, nhiều công ty đang hạn chế trong đầu tư và phát triển hệ thống cấp
nước, đặc biệt là trong khía cạnh của việc mở rộng hệ thống dịch vụ, hệ thống phân phối dẫn đến tình trạng là năng lực của các nhà máy xử lý cao nhưng tỉ lệ khai thác thấp. Mạng lưới đường ống cấp nước đô thị trải qua nhiều giai đoạn đầu tư đã cũ, rò rỉ gây ra tỉ lệ thất thoát nước cao, thậm chí có thể có sự xâm nhập chất thải.
Tình trạng đầu tư thiếu đồng bộ giữa phần mạng cấp nước và phần nguồn nước. Doanh nghiệp chỉ đầu tư nhiều vào các công trình gắn với nguồn nước mà ở đây là các công trình thu gom và xử lý nước vì khả năng sinh lợi cao, thời gian thu hồi vốn nhanh và dễ tính toán giữa chi phí đầu tư và giá nước sạch bán ra. Trong khi đó, việc đầu tư vào mạng ống cấp nước có chi phí đầu tư lớn và thời gian hoàn vốn đầu tư cũng lâu hơn. Đầu tư hệ thống mạng ống dẫn nước gặp nhiều trở ngại, khó khăn cho doanh nghiệp khi đầu tư không thấy lợi nhuận nên cho đến nay ít nhà đầu tư tư nhân nào tham gia vào lĩnh vực này.
Mạng lưới đường ống: Đây là khâu yếu nhất hiện nay của hệ thống cấp nước đô thị. Mạng lưới cấp nước hiện tại đáp ứng được 70% nhu cầu dùng nước. Nhiều đường ống vẫn tiếp tục xuống cấp và hư hỏng. Tình trạng đục đấu trái phép đường ống vẫn chưa chấm dứt. Thêm vào đó, mạng lưới đường ống xây dựng trước đây phần lớn chưa có quy hoạch hợp lý, chồng chéo qua một số giai đoạn nâng cấp, cải tạo. Chất lượng ống không đồng đều, nhiều tuyến ống cũ đã xuống cấp nghiêm trọng xen kẽ với các đường ống mới lắp đặt, gây khó khăn cho công tác quản lý. Gây nên tỉ lệ thất thoát, thất thu nước đô thị còn cao. Sự cố đường ống truyền tải nước sông Đà trong chưa đầy 6 năm vận hành đã vỡ đến 20 lần, gây thiệt hại trên 13 tỷ đồng để khắc phục sự cố, dừng cấp nước hơn 340 giờ, gây ảnh hưởng đến đời sống khoảng 177.000 hộ dân.
kiểm tra và vận hành, sửa chữa. Các thiết bị trên mạng lưới như: van xả khí, van xả cặn, họng cứu hoả, gối đỡ, van khoá, đồng hồ khu vực còn thiếu và chưa đảm bảo chất lượng, lạc hậu. Các thiết bị điều khiển từ xa chưa được tăng cường, nên việc quản lý mạng lưới hầu hết mang tính chất thủ công. Chưa có nhiều giải pháp hữu hiệu trong quản lý và vận hành tự động hoá các trang thiết bị kỹ thuật chuyên dùng trên mạng lưới.
Phạm vi dịch vụ chưa được bao phủ hết, chất lượng dịch vụ cấp nước cũng chưa ổn định. Dự án nhà máy nước mặt sông Đà giai đoạn 1 đã đi vào hoạt động tuy nhiên chỉ đạt được công suất 240.000m3/ngđ trong khi công suất thiết kế là 300.000m3/ngđ, chưa kể từ khi đi vào hoạt động đến nay đã có 20 lần vỡ đường ống nước. Các sự cố về đầu tư xây dựng hệ thống đường ống nước sông Đà đã ảnh hưởng rất lớn đến đời sống, sinh hoạt của nhiều hộ dân gây thiệt hại lớn về kinh tế và vẫn luôn tiềm ẩn những nguy cơ rủi ro khó lường.
Bộ phận chuyên trách ngành cấp nước chưa thật sự đổi mới để đáp ứng kịp thời nhiệm vụ được giao, chưa có bộ phận chuyên trách. Đội ngũ cán bộ quản lý nhà nước về hoạt động cấp nước đã được kiện toàn nhưng tính ổn định trong việc phân công, bố trí theo dõi hoạt động cấp nước chưa cao. Đội ngũ được phân công, phụ trách tại các đơn vị còn hạn chế về trình độ chuyên môn.
Chất lượng nước của một số trạm cấp nước quy mô nhỏ, tại một số khu đô thị mới, khu chung cư hay tại một số giếng khoan khai thác quy mô nhỏ lẻ còn hạn chế, chưa đạt yêu cầu quy định như: chỉ số clo dư thấp, ô nhiễm asen, amoni, chỉ tiêu vi sinh và một số chỉ tiêu khác. Hiện nay vấn đề ô nhiễm nguồn nước đang gia tăng, đặc biệt là hàm lượng amôni xuất hiện và gia tăng trong nhiều nguồn nước, nên chất lượng nước ăn uống sinh hoạt chưa thể kiểm soát được. Ngoài ra, chất lượng nước cung cấp tại các hộ gia đình không
được đảm bảo vệ sinh môi trường theo tiêu chuẩn, mặc dù chất lượng nước sau xử lý từ các nhà máy xử lý có thể đáp ứng tiêu chuẩn cấp nước.
Giá tiêu thụ nước sạch tại các đô thị được ban hành theo hướng tiệm cận với nguyên tắc tính đúng tính đủ, nhưng nhìn chung còn thấp so với yêu cầu đặt ra. Giá bán nước sạch chưa được bao gồm đầy đủ các chi phí đầu tư đảm bảo cấp nước an toàn, giảm thất thoát nước, khấu hao một số hạng mục đầu tư công trình; lợi nhuận doanh nghiệp thấp; việc điều chỉnh giá nước chưa phù hợp với sự biến động giá của thị trường. Nhìn chung giá tiêu thụ nước sạch chưa thực sự khuyến khích doanh nghiệp tư nhân tham gia đầu tư phát triển cấp nước, thủ tục trong đầu tư và quyết định giá nước sạch còn chậm trễ, rườm rà chưa theo sát với những biến động thực tế. Từ trước đến nay, có một thực tế là giá nước thấp hơn chi phí nên đầu tư phát triển là bài toán khó đối với doanh nghiệp. Không chỉ không có nguồn tái đầu tư mà kể cả vay vốn ngân hàng, doanh nghiệp cũng vướng vì dự án không có lãi, ngân hàng thẩm định không bảo đảm yêu cầu trả nợ. Hà Nội đứng trước nhu cầu phát triển nhanh, nhu cầu sử dụng nước tăng nhưng gần như rất ít nhà đầu tư nào vào lĩnh vực sản xuất nước sạch, vì giá bán không đủ chi phí, chưa nói đến lợi nhuận. Ngay cả các công ty nước sạch để duy trì hoạt động cũng phải kinh doanh thêm ở những lĩnh vực khác như cung cấp vật tư, thiết bị ngành nước, tư vấn, khảo sát, thiết kế…Hầu hết dự án nguồn nước trên địa bàn dựa vào vốn ngân sách hoặc vay ưu đãi nên việc đầu tư khó đồng bộ, như mong muốn.
Mặc dù công tác thanh tra kiểm tra về cấp nước đô thị trên địa bàn Hà Nội đã được quan tâm và chú trọng từ các cấp chính quyền tuy nhiên công tác thanh tra, kiểm tra hiện nay chủ yếu thực hiện theo kế hoạch định kỳ và việc thanh tra kiểm tra chưa thường xuyên, tần suất kiểm tra chưa nhiều. Ngoài ra thì do địa bàn rộng, trong khi đội ngũ cán bộ, công chức còn thiếu nên gây khó khăn trong việc thực hiện công tác thanh tra, kiểm ta về cấp nước đô thị trên địa bàn thành phố.
Hoạt động thanh tra, kiểm tra chỉ chủ yếu dừng ở các hoạt động đánh giá chất lượng xây dựng các công trình, đảm bảo các điều kiện an toàn hành lang cấp nước, kiểm tra chất lượng nước tại các nhà máy và nguồn nước thương phẩm từ nhà máy đi vào hệ thống mạng lưới cấp nước. Thanh tra, kiểm tra chất lượng nước tại các hộ gia đình, đơn vị sản xuất kinh doanh còn rất hạn chế dẫn đến tình trạng người dân bức xúc về chất lượng nguồn nước. Chưa xây dựng được một cơ chế phối hợp liên ngành giữa các bộ: Y tế, Xây dựng, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tài nguyên và Môi trường... trong việc kiểm tra, giám sát chất lượng nước, dẫn đến việc chồng chéo, trùng lặp trong việc kiểm tra chất lượng nước.