Chi cục Hải quan cửa khẩu Quốc tế Nậm Cắn hiện có 50 công chức và nhân viên hợp đồng lao động. Trong đó:
Một là, lãnh đạo Chi cục: 04 công chức. Trong đó, có 01 Chi cục trưởng và 03 Phó Chi cục trưởng.
Chi cục trưởng: chịu trách nhiệm trước Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh Nghệ An và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Chi cục Hải quan CKQT Nậm Cắn.
Các Phó Chi cục trưởng chịu trách nhiệm trước Chi cục trưởng và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công phụ trách. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức Chi cục trưởng, Phó Chi cục trưởng và các chức danh lãnh đạo khác của Chi cục HQCK QT Nậm Cắn được thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ của Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan.
Hai là, các Đội (Tổ) thuộc Chi cục có chức năng tham mưu tổng hợp và chuyên môn, nghiệp vụ gồm có: Đội Nghiệp vụ, Đội Tiếp nhận và quản lý thuế và Tổ Kiểm soát phòng chống ma túy.
- Đội Nghiệp vụ: hiện có 10 công chức. Trong đó có 01 Đội trưởng, 03 Phó Đội trưởng và 06 công chức thừa hành.
Đội Nghiệp vụ có nhiệm vụ thực hiện kiểm tra, giám sát hàng hoá XNK; hành lý XNC; phương tiện vận tải xuất nhập cảnh theo đúng quy trình nghiệp vụ và các quy định của Pháp luật...
- Đội Tiếp nhận và quản lý thuế hiện có 20 công chức và hợp đồng lao động. Trong đó có 01 Đội trưởng, 03 Phó Đội trưởng, 12 công chức thừa hành và 04 hợp đồng lao động.
Đội Tiếp nhận và quản lý thuế có nhiệm vụ tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ hàng hoá XNK, phương tiện vận tải, hành lý XNC, kiểm tra hoàn thành nghĩa vụ về thuế, lệ phí theo đúng quy định, thực hiện công tác kiểm tra sau thông quan tại Chi cục HQCK QT Nậm Cắn.
- Tổ kiểm soát phòng chống ma túy hiện có 16 công chức và hợp đồng lao động. Trong đó có 01 Tổ trưởng, 02 Phó Tổ trưởng, 11 công chức thừa hành và 02 hợp đồng lao động.
Tổ kiểm soát phòng chống ma túy có nhiệm vụ thực hiện công tác đấu tranh phòng, chống buôn bán, vận chuyển trái phép chất ma tuý qua biên giới trong phạm vi địa bàn hoạt động Hải quan tại CKQT Nậm Cắn.
Là một Chi cục có địa bàn quản lý hải quan rộng: 01 cửa khẩu quốc tế Nậm Cắn – huyện Kỳ Sơn – tỉnh Nghệ An, 01 Cửa khẩu phụ Tam Hợp - huyện Tương Dương – tỉnh Nghệ An và 04 lối mở: Tha Đo, Buộc Mú, Xiềng Trên, Keng Đu – huyện Kỳ Sơn – tỉnh Nghệ An. Để thực hiện tốt nhiệm vụ chính trị được giao, theo sự chỉ đạo của Cục Hải quan tỉnh Nghệ An, ngoài các Đội (Tổ) trên, Chi cục HQCK QT Nậm Cắn còn thành lập một số tổ chuyên trách để giúp lãnh đạo Chi cục trong công tác bao gồm: Tổ thu thập và xử lý thông tin, Tổ tư vấn và tham vấn trị giá tính thuế,
Tổ kiểm tra sau thông quan, Tổ xử lý vi phạm hành chính về hải quan, Tổ công tác tại cửa khẩu phụ, lối mở...
Sơ đồ 2.1: Tổ chức bộ máy Chi cục HQCK QT Nậm Cắn
"Nguồn: Phòng Tổ chức cán bộ - Thanh tra Cục Hải quan tỉnh Nghệ An"