Định hướng phát triển của Cục Hải quan Nghệ An đến năm 2020 xác định các mục tiêu như sau:
- Đẩy mạnh và thực hiện nghiêm các Nghị quyết của Chính phủ, quy định của Bộ, của Ngành về đơn giản hóa TTHC, trong đó có TTHC thuế; thực hiện cơ chế liên thông giữa TTHC thuế với một số TTHC khác có liên quan nhằm tạo thuận lợi và giảm thời gian thực hiện các thủ tục hải quan.
- Đẩy mạnh công tác hiện đại hóa, tiến tới 100% tờ khai, loại hình, doanh nghiệp, quản lý thu nộp thuế, thủ tục thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế được thực hiện bằng phương thức điện tử.
- Kiểm tra thực tế hàng hoá XNK bằng máy soi container tại địa điểm kiểm tra hàng hoá tập trung tại CKQT Nậm Cắn;
- Lựa chọn xây dựng 02 Đại lý làm thủ tục hải quan;
- Thực hiện thủ tục hải quan điện tử tại 100% Chi cục trực thuộc.
- Số thu nộp ngân sách hàng năm tăng khoảng 5% và hoàn thành xuất sắc chỉ tiêu thu ngân sách hàng năm, đảm bảo thực hiện đúng quy định về mọi mặt công tác trong đó có quản lý thu thuế XNK.
- Xây dựng hệ thống công nghệ thông tin hoạt động ổn định, đồng bộ, bảo đảm an ninh, an toàn, thông tin thông suốt, kịp thời đáp ứng yêu cầu nghiệp vụ hải quan, hướng tới thực hiện thủ tục hải quan điện tử; phục vụ chỉ đạo, điều hành, trao đổi với các cơ quan trong và ngoài ngành;
- 100% cán bộ công chức sử dụng thành thạo các chương trình quản lý hành chính liên quan đến công việc được phân công.
- Hải quan Nghệ An trở thành một trong những cơ quan hành chính đi đầu trong cải cách hành chính, hiện đại hóa ở tỉnh Nghệ An và là một trong các Cục Hải quan phát triển hàng đầu trong cả nước, có lực lượng hải quan đạt trình độ chuyên nghiệp, chuyên sâu; thủ tục hải quan đơn giản, hài hòa, thống nhất, đạt chuẩn mực quốc tế dựa trên nền tảng ứng dụng công nghệ thông tin, áp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro; trang thiết bị kỹ thuật hiện đại và sử dụng công nghệ cao.
- Tái cơ cấu hệ thống tổ chức bộ máy theo hướng gọn nhẹ, thống nhất nhằm đáp ứng yêu cầu cải cách, hiện đại hoá qui trình thủ tục hải quan và phương pháp quản lý hiện đại.
- Xây dựng trụ sở làm việc tại các Chi cục và đầu tư trang thiết bị kỹ thuật hiện đại tại Cục và các địa bàn trọng điểm.
- Không có cán bộ, công chức nào vi phạm bị xử lý đến mức kỷ luật, kiên quyết chống tiêu cực, gây phiền hà, sách nhiễu, vòi vĩnh trong mọi hoạt động quản lý của hải quan.
- Hoàn thành công tác chuẩn bị mọi mặt cho việc thay đổi phương thức quản lý nhân sự theo yêu cầu hiện đại hoá.
- Tranh thủ sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp ủy Đảng, chính quyền địa phương, sự phối hợp chặt chẽ với Sở, Ban, Ngành sở tại để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao góp phần tích cực phát triển kinh tế xã hội của địa phương.
- Thường xuyên chăm lo xây dựng tổ chức Đảng, đoàn thể, xây dựng các phong trào thi đua, chăm lo phát triển đội ngũ cán bộ công chức hải quan cả về vật chất và tinh thần để đáp ứng yêu cầu của công tác hải quan trong thời kỳ mới.
Với mục tiêu tổng quát sẽ xây dựng Cục Hải quan Nghệ An trở thành cơ quan hải quan điện tử hiện đại, hoạt động trên nền tảng ứng dụng công nghệ thông tin và quản lý rủi ro, với thủ tục đơn giản, minh bạch, hiện đại đạt chuẩn quốc tế.