Định hướng phát triển Hải quan Việt Nam đến năm 2020 quán triệt các quan điểm sau:
Thứ nhất là đảm bảo sự lãnh đạo của Đảng và sự quản lý của Nhà nước; tuân
thủ các quy định của pháp luật, phù hợp với định hướng phát triển kinh tế - xã hội của đất nước và chương trình cải cách nền hành chính; thực hiện các cam kết quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Thứ hai là tạo thuận lợi cho hoạt động thương mại đồng thời tăng cường quản
lý nhà nước về hải quan theo quy định của pháp luật.
Thứ ba là lấy cải cách, hiện đại hoá làm cơ sở, tập trung đầu tư để hiện đại hoá hải quan tại các vùng, địa bàn trọng điểm, đồng thời có tính đến sự phát triển cân đối, hài hoà giữa các vùng, địa bàn đảm bảo sự phát triển, hiện đại hoá chung của Hải quan Việt Nam. Kết hợp phát huy nội lực là chính với tranh thủ sự hỗ trợ bên ngoài để phát triển nhanh, bền vững.
Thứ tư là phát huy sức mạnh tổng hợp của cả hệ thống chính trị, của các Bộ,
ngành, địa phương mà trong đó ngành Hải quan là nòng cốt và trên cơ sở giám sát, thực hiện của cộng đồng doanh nghiệp và nhân dân.
Mục tiêu chiến lược phát triển Hải quan Việt Nam giai đoạn 2011-2020 là xây dựng Hải quan Việt Nam thành một tổ chức hiện đại, có trình độ quản lý thuộc 4 nhóm đứng đầu khu vực Đông Nam Á, thủ tục hải quan đơn giản, hài hoà đạt chuẩn mực quốc tế, trên nền tảng ứng dụng công nghệ thông tin, xử lý dữ liệu tập trung và kỹ thuật quản lý rủi ro, lực lượng hải quan đạt trình độ chuyên nghiệp, chuyên sâu, được trang bị và làm chủ kỹ thuật hiện đại, hoạt động có hiệu lực, hiệu quả; góp
phần nâng cao sức cạnh tranh của nền kinh tế, đảm bảo an ninh quốc gia, an toàn xã hội, bảo vệ quyền lợi của nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân.
Phấn đấu đến năm 2020 có 100% các Cục Hải quan, 100% các Chi cục Hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử, 80% doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử; thời gian thông quan hàng hóa bằng với mức của các nước tiên tiến trong khu vực Đông Nam Á tại cùng thời điểm; tỷ lệ kiểm tra thực tế hàng hóa đạt dưới 7%; tỷ lệ các giấy phép XNK thực hiện trong cơ chế một cửa hải quan quốc gia là 90%.