Trước đây, trong cơ cấu các Toà, Phòng thuộc Toà án nhân dân cấp tỉnh, công tác thi hành án hình sự được xem là một bộ phận với vai trò một bộ phận đặc biệt thuộc Chánh án. Hoạt động chuyên môn trực tiếp thuộc Chánh án nhưng sinh hoạt hành chính thuộc Phòng giám đốc kiểm tra và phân công một thẩm tra viên làm công tác thi hành án. Ở cấp huyện, việc theo dõi và phụ trách công tác thi hành án hình sự do một Thư ký hoặc thẩm tra viên đảm nhận và cũng thuộc Chánh án cấp huyện quản lý trực tiếp.
Tuy nhiên, từ tháng 4/2016 Tòa án nhân dân hai cấp tỉnh Tuyên Quang đã tổ chức bộ máy cán bộ làm công tác thi hành án hình sự theo Quyết định 345/2016/QĐ-CA ngày 07 tháng 04 năm 2016 của Tòa án nhân dân tối cao như sau: Ở Tòa án nhân dân cấp tỉnh là Phòng kiểm tra nghiệp vụ và thi hành án có nhiệm vụ, quyền hạn: Giúp Chánh án Tòa án nhân dân cấp tỉnh thực hiện công tác thi hành án hình sự, theo dõi công tác thi hành án dân sự theo quy định của pháp luật. Hiện nay ở Tòa án nhân dân tỉnh Tuyên Quang giao 02 thẩm tra viên thực hiện công tác thi hành án hình sự (trong đó một thẩm tra viên kiêm nhiệm vừa làm công tác kiểm tra nghiệp vụ vừa làm công tác thi hành án hình sự).
Ở Tòa án nhân dân cấp huyện: Văn phòng Tòa án nhân dân cấp huyện có nhiệm vụ, quyền hạn thực hiện công tác theo dõi thi hành án theo quy định của pháp luật; và hiện giao cho 01 thẩm tra viên hoặc thư ký kiêm nhiệm làm công tác thi hành án. Hiện nay ở Tòa án nhân dân cấp huyện chưa có cán bộ
chuyên trách làm công tác thi hành án hình sư mà chủ yếu là thẩm tra viên, thư ký kiêm nhiệm lĩnh vực công tác thi hành án bao gồm cả việc tham gia phiên toà xét xử, theo dõi và ra quyết định thi hành án, tổ chức thực hiện quyết định thì hành án cũng như các công tác liên quan đến hoạt động thi hành án.