Bên cạnh những mặt đã đạt được trong công tác thi hành án hình sự ở Tòa án nhân dân hai cấp tỉnh Tuyên Quang vẫn còn những hạn chế, đó là trong vai trò phối hợp với chính quyền địa phương, các cơ quan đoàn thể, cơ quan Viện kiểm sát, cơ quan Thi hành án hình sự và hỗ trợ tư pháp vẫn còn nhiều điểm chưa ăn khớp trong việc chuyển giao bản án cũng như phối hợp thi hành. Vẫn có tình trạng gửi quyết định thi hành án cho Viện kiểm sát cùng cấp, người bị kết án, nhà tạm giữ, trại tạm giam quản lý người bị kết án, cơ quan thi hành án hình sự và chính quyền địa phương nơi cư trú của người bị kết án còn chậm so với quy định, theo quy định của Luật thi hành án hình sự năm 2010 thì “Trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày ra quyết định thi hành án phạt tù và hình phạt bổ sung, Tòa án đã ra quyết định phải gửi quyết định thi hành án cho cá nhân, cơ quan “ [15, tr.11]. Thực tế từ năm 2013 đến 2017 đã gửi quyết định thi hành án chậm 07 lần và đã bị Viện kiểm sát kiến nghị, trong đó Tòa án nhân dân tỉnh 01 lần, Tòa án nhân dân huyện Sơn Dương 4 lần, Tòa án nhân dân huyện Na Hang 01 lần, Tòa án nhân dân thành phố Tuyên Quang 01 lần.
Vẫn còn tình trạng phải đính chính quyết định thi hành án do bản án quyết định có hiệu lực phải đính chính sửa đổi, bổ sung bản án, quyết định.
Theo báo cáo trong 5 năm từ 2013 đến 2017 ở Tòa án nhân dân hai cấp tỉnh Tuyên Quang đã phải đính chính 16 quyết định thi hành án.
Đến cuối năm 2017 theo thống kê tổng số người bị kết án còn tại ngoại là 47 bị án chưa bị bắt đi thụ hình vì nhiều lý do khác nhau như đang được hoãn thi hành án 32, bị án bỏ trốn công an đã ra quyết định truy nã 10 bị án, số chậm áp giải đi thi hành án là 05 bị án. Ngoài ra còn một số đang được tạm đình chỉ thi hành án vì lý do bệnh nặng.
Thực tế là ở một số trường hợp do chưa có sự quan tâm đúng mức trong việc đôn đốc thi hành án của cơ quan thi hành án hình sự các cấp, chính quyền địa phương; của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền trong thi hành bản án, quyết định của Toà án, đã để người bị kết án có quyết định thi hành án chưa được áp giải thi hành án dẫn đến có trường hợp tiếp tục phạm tội hoặc trốn, gây bức xúc trong quần chúng nhân dân.
Sự phối hợp giữa Tòa án nhân dân, Viện kiểm sát và cơ quan thi hành án hình sự công an các cấp có lúc còn thiếu kịp thời dẫn đến tình trạng người bị kết án được hoãn, tạm đình chỉ thi hành án chết nhưng Tòa án không nắm được ngay mà có khi cả tháng sau mới biết để ra quyết định đình chỉ thi hành án.
Thi hành án tử hình thực hiện chưa kịp thời do chưa bảo đảm đầy đủ điều kiện về cơ sở vật chất để thi hành án; một số trường hợp ra quyết định thi hành án của Tòa án và việc áp giải bị án đi thi hành án của cơ quan Công an còn chậm.
Công tác thi hành án bị phân tán ở nhiều cơ quan chức năng khác nhau, làm cho công tác quản lý Nhà nước về thi hành án không tập trung; hiệu lực của các bản án, quyết định của Tòa án tác dụng trong thực tế không cao, không kết hợp thi hành án phạt tù với các hình phạt bổ sung khác, do đó làm hạn chế đến hiệu quả của công tác thi hành án và tính nghiêm minh của hình phạt. Theo quy định của Luật thi hành án hình sự hiện hành thì Chính phủ thống nhất quản lý Nhà nước về công tác thi hành án trong phạm vi cả nước.
Bộ Công an, Bộ Quốc phòng giúp Chính phủ quản lý công tác thi hành án phạt tù và tổ chức công tác thi hành án phạt tù. Tuy vậy trong thực tế công tác thi hành án theo pháp luật hiện hành còn được giao cho nhiều cơ quan khác nữa cùng tham gia, thực hiện như Tòa án nhân dân, Uỷ ban nhân dân các cấp, cơ quan, tổ chức nơi người bị kết án cư trú, cơ quan y tế thi hành quyết định của Tòa án về bắt buộc chữa bệnh nhưng lại không có một cơ quan chuyên trách nào được giao nhiệm vụ theo dõi, quản lý việc thi hành đó…Vì vậy, mục đích của hình phạt và các biện pháp tư pháp khác không đạt được kết quả, tác dụng phòng ngừa vi phạm và tội phạm bị hạn chế.