Hiện nay, để thực hiện tốt hoạt động thi hành án hình sự, cần phải xác định nhiệm vụ cấp bách là đổi mới tổ chức và hoạt động cơ quan làm công tác
thi hành án, trong đó đặc biệt là đổi mới hoạt động và tổ chức của cơ quan Tòa án và xác định việc đổi mới tổ chức, hoạt động thi hành án hình sự phải được đặt trong quá trình đổi mới hệ thống các cơ quan Tư pháp, phải kết hợp chặt chẽ với nhiệm vụ trọng tâm của việc xây dựng và hoàn thiện Nhà nước trong những năm trước mắt là cải cách nền hành chính nhà nước.
Tòa án nhân dân phải chịu trách nhiệm rất nhiều công việc về thi hành án hình sự. Tuy nhiên cơ cấu tổ chức, biên chế để thực hiện nhiệm vụ thi hành án hình sự chưa được quan tâm củng cố, hoàn thiện. Cán bộ làm công tác thi hành án hình sự đều là kiêm nhiệm, không có chuyên sâu, không được đào tạo, bồi dưỡng kiến thức thường xuyên và thường không ổn định. Trong thực tế, cán bộ làm công tác thi hành án hình sự thực hiện khối lượng công việc rất lớn từ việc ra quyết định thi hành án, theo dõi việc thi hành án, xem xét hoãn, tạm đình chỉ thi hành án; xét miễn giảm thi hành án... đến khâu cuối cùng là xóa án tích. Vì vậy cần tiếp tục đổi mới tổ chức và hoạt động của Toà án, trong đó, ngoài tập trung công tác xét xử thì cần phải đặt vấn đề thi hành án là vấn đề mấu chốt của hiệu lực, hiệu quả công tác xét xử; xây dựng và định hình đội ngũ cán bộ chuyên sâu, đủ mạnh để đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ xét xử và để thực hiện thẩm quyền trong thi hành án hình sự. Bổ sung biên chế làm công tác thi hành án hình sự; thường xuyên đào tạo, tập huấn cho cán bộ làm công tác thi hành án.
Đồng thời phải đổi mới hoạt động của Tòa án trong công tác thi hành án. Tòa án nhân dân các cấp cần: Phối hợp tăng cường công tác chỉ đạo, hướng dẫn và triển khai thực hiện công tác thi hành án hình sự, trong đó tập trung vào các nội dung sau:
- Tăng cường công tác kiểm tra đối với Tòa án nhân dân cấp huyện trong công tác thi hành án hình sự, nhất là việc hoãn, đình chỉ thi hành án.Có biện pháp nâng cao hiệu quả công tác quản lý người được hoãn, tạm đình chỉ thi hành án phạt tù; công tác giám sát, giáo dục đối với người thi hành hình
phạt tù được hưởng án treo, cải tạo không giam giữ. Tòa án nhân dân tỉnh cần tăng cường kiểm tra theo định kỳ và bất thường hoạt động thi hành án của Tòa án nhân dân huyện, thành phố; hàng năm mở hội nghị tập huấn nghiệp vụ cho cán bộ làm công tác thi hành án; kịp thời gửi biểu mẫu nghiệp vụ để Toà án nhân dân cấp huyện bàn giao cho cơ quan, tổ chức giám sát, giáo dục người bị kết án; chỉ đạo Tòa án cấp huyện xuống từng xã, phường, thị trấn đối chiếu, rà soát, nắm chắc số người bị kết án, số người được giám sát, số người hiện nay chưa quản lý, nêu rõ những thuận lợi, khó khăn trong hoạt động này; cán bộ Tòa án làm công tác thi hành án thường xuyên giữ mối liên hệ với cơ quan, tổ chức và người trực tiếp giám sát, giáo dục bị án, hướng dẫn họ các thao tác nghiệp vụ; giúp họ giải quyết những vướng mắc nghiệp vụ; báo cáo đầy đủ kịp thời tình hình thi hành án treo và cải tạo không giam giữ ở cơ sở cho Chánh án nắm được.
- Chỉ đạo thực hiện tốt hơn nữa trong việc chuyển giao hồ sơ, tài liệu thi hành án hình sự cho các cơ quan chức năng có liên quan, đảm bảo đầy đủ, kịp thời; tiến hành rà soát, đánh giá lại việc cho tại ngoại, ra các quyết định hoãn, tạm đình chỉ thi hành án phải đúng điều kiện, tiêu chuẩn; chấn chỉnh, xử lý nghiêm đối với các trường hợp ra quyết định trái pháp luật; kịp thời gửi các quyết định về hoãn, tạm đình chỉ thi hành án để Cơ quan thi hành án hình sự Công an các cấp và chính quyền địa phương tổ chức quản lý, giám sát ngay từ cơ sở.
- Chỉ đạo thống nhất cách thức, quy trình gửi và tống đạt các quyết định đến đối tượng thi hành án, nắm rõ kết quả tống đạt nhằm khắc phục tình trạng sai sót trong quá trình chuyển, gửi, tránh trường hợp người chấp hành án không biết để tự nguyện chấp hành án hoặc khi cơ quan Công an tổ chức áp giải đối tượng cho rằng chưa nhận được quyết định thi hành án nên chống đối, không chấp hành.
- Tăng cường chấn chỉnh công tác xét giảm thời hạn đối với người chấp hành án tại xã, phường, thị trấn (án treo, cải tạo không giam giữ, quản chế...) khắc phục tình trạng đối phó, hình thức trong công tác xét giảm, đảm bảo công tác này được thực hiện nghiêm túc, đầy đủ, kịp thời, công khai, minh bạch để người chấp hành án được hưởng các quyền lợi của mình theo quy định pháp luật. Tiến hành rà soát các đối tượng bị kết án phạt tù đang tại ngoại, bản án đã có hiệu lực pháp luật, có quyết định thi hành án nhưng trốn thi hành án để đề nghị cơ quan Công an tổ chức truy bắt, áp giải thi hành án.
- Tăng cường trao đổi thông tin hoàn thiện, bổ sung đầy đủ các thủ tục, tài liệu, hồ sơ thi hành án hình sự.
- Tăng cường vai trò, trách nhiệm của tòa án trong việc theo dõi, kiểm soát, thống kê, giải thích, đính chính các bản án, quyết định đã được tòa ra quyết định thi hành.
- Chỉ đạo, quán triệt cho các thẩm phán sau khi kết thúc việc xét xử các vụ án hình sự phải khẩn trương hoàn thiện bản án, quyết định để tiến hành bàn giao cho các cơ quan, người có liên quan theo quy định của pháp luật.
- Phối hợp với lực lượng Công an cùng cấp tiến hành chỉ đạo việc rà soát, kiểm kê những người bị kết án trước đây mà bản án, quyết định đã có hiệu lực pháp luật nhưng chưa lập hồ sơ quản lý hoặc đã có hồ sơ nhưng bị thất lạc, mất mát, hư hỏng… kịp thời bổ sung đầy đủ theo quy định, chuyển giao cho lực lượng Công an cùng cấp để lập hồ sơ đưa vào diện quản lý, nhất là đối tượng chấp hành hình phạt tại xã, phường, thị trấn.
- Tiến hành rà soát các đối tượng bị kết án phạt tù đang tại ngoại, bản án đã có hiệu lực pháp luật, có quyết định thi hành án nhưng trốn tránh việc thi hành án để đề nghị cơ quan Công an tổ chức truy bắt, áp giải thi hành án.
- Tổ chức tốt việc xét giảm thời hạn chấp hành hình phạt tù, đặc xá cho phạm nhân và người chấp hành án phạt khác đảm bảo kịp thời, chính xác,
khách quan nhằm thực hiện tốt chính sách khoan hồng của Đảng, pháp luật Nhà nước đối với người phạm tội nhân dịp các ngày lễ, tết.